Как и на других имперских окраинах, центральная власть сознавала, что важнейшим путем инкорпорации Прибалтики в состав империи является включение местного дворянства в общероссийскую элиту. Так, в 1730 г. был создан лейб-гвардии Измайловский полк, офицерский состав которого формировался из лифляндцев, эстляндцев и курляндцев. В 1731 г. основан Сухопутный Шляхетный кадетский корпус для дворянских детей, причем из 200 его воспитанников 50 должны были быть остзейцами. В уставе корпуса специально оговаривалось, что «в одном покое могут жить по 6 и по 7 человек кадетов, и у всех позволяется быть двум служителем; и можно определить к российским чужестранных, а к эстляндским и лифляндским российских служителей, дабы тем способом всякой наилучше другим языком обучаться и к оным привыкать мог». Требования представителей лифляндского и эстляндского рыцарства в Уложенной комиссии подтвердить его традиционные привилегии вызвало у Екатерины II нескрываемое раздражение, и в последующие годы на прибалтийское дворянство было оказано сильное давление, в частности с целью уменьшить произвол в его отношениях с крепостными. Вместе с тем императрица активно использовала опыт прибалтийских провинций в организации местного управления при подготовке Учреждений для управления губерниями 1775 г.
Общая направленность губернской реформы Екатерины II, как уже говорилось, была связана с перераспределением власти между центром и регионами в пользу последних, что, по-видимому, по мысли императрицы, должно было предотвратить повторение событий, подобных Пугачевщине. При этом одной из причин, вызвавших это восстание, было как раз стремление центра регламентировать жизнь яицких и донских казаков, а также народов Поволжья.
Среди историков нет единства мнений относительно влияния реформы 1775 г., имевшей многоаспектный характер, на управление страной с точки зрения централизации власти. Так, некоторые исследователи полагают, что смысл политики централизма остался неизменным, в то время как другие обращают внимание на то, что контроль за низшими звеньями местного управления переместился из центра непосредственно в губернии. По мнению одних (О.А. Омельченко), именно этой реформой Екатерина построила «грандиозное здание бюрократической монархии», а другие историки (Я. Зутис, Дж. ЛеДонн) считают, что она, напротив, носила антибюрократический характер. Не вызывает, однако, сомнения, что центральная власть в результате реформы не ослабла, а ее проведение способствовало унификации системы управления империи в целом, ликвидации остатков автономии провинций и превращению России в унитарное политическое образование.
Так, в прибалтийских губерниях начиная с 1779 г. началось постепенное вытеснение традиционных административных и судебных органов институциями, предусмотренными Учреждениями 1775 г., что вызвало сопротивление местного дворянства, и потому процесс растянулся на несколько лет. Правительство при этом действовало крайне осторожно: в 1783 г. права прибалтийских дворян по владению земельными имениями были приведены в соответствие с общероссийскими, а на местное население распространена подушная подать, но одновременно было подтверждено освобождение от рекрутской повинности. Окончательная ликвидация элементов остзейской автономии была осуществлена в 1785–1786 гг. после издания жалованных грамот дворянству и городам, что привело фактически к ликвидации остзейского рыцарства в качестве особой привилегированной корпорации. Неслучайно с конца XVIII в. начинается процесс ассимиляции прибалтийских дворян, в частности посредством заключения браков с представителями русского дворянства, и обрусения значительной их части.
Аналогичные процессы шли и на других имперских окраинах, в том числе в Северном Казахстане, где после ликвидации в 1785 г. ханской власти началось создание учреждений, предусмотренных реформой 1775 г., причем предпринимались усилия по инкорпорации традиционной родовой знати в российскую административную структуру и переводу кочевников на оседлый образ жизни. Важное с точки зрения взаимоотношений имперского центра и окраин значение имела проводившаяся с начала царствования Екатерины II политика веротерпимости, в частности в отношении мусульманского населения Поволжья. Она значительно облегчила, например, интеграцию в состав империи Крымского полуострова и Кубани, хотя при этом значительное число крымских татар и ногайцев все-таки предпочли эмигрировать в пределы Османской империи. С другой стороны, невозможность вписать в общеимперскую социальную структуру многочисленное еврейское население территорий, полученных в результате разделов Польши, привела к установлению в 1791 г. черты оседлости, ограничивавшей расселение евреев сперва Белорусской, Екатеринославской и Таврической губерниями, а позднее Минской, Волынской, Подольской, Витебской, Могилевской, Киевской, Черниговской и Новгород-Северской, Виленской, Гродненской и Курляндской губерниями.