В августе–декабре 1940 г. коммунисты предприняли наступление в Северном Китае, известное как «битва ста полков», и нанесли поражение силам нанкинского режима, но вмешательство японцев свело успех на нет. Выступившая против них Новая 4‑я армия формально входила в состав НРА, поэтому Чан Кайши, отмежевавшись от операции, отдал приказ о ее расформировании. В течение 1940-1941 гг. японцы при поддержке войск Нанкина и Маньчжоу–го с переменным успехом вели локальные операции против «партизанских» или «освобожденных районов», находившихся под контролем КПК и получавших советскую помощь.
Кроме «Китайского инцидента» перед руководством Японии стояли два неотложных вопроса: выбор позиции в глобальном противостоянии блоков и авторитарная перестройка в форме «новой политической структуры» внутри страны. Кабинет Ёнаи уклонялся от решения обоих и был вынужден уйти. 22 июля 1940 г. Коноэ сформировал правительство и возглавил движение за создание «новой структуры» и Ассоциации помощи трону как ее основы. «Программа новой структуры» от 17 августа предусматривала «полное уничтожение существовавшей в прошлом системы индивидуализма в политической, экономической и культурной областях» и базировалась «на единой государственной идеологии, помогающей народу целиком посвятить себя служению императору». «Новая структура» должна была стать «руководящей силой», которая, «сотрудничая с правительством, возьмет на себя роль политического руководителя народа»: «При принятии правительством курса государственной политики через парламент или по другим соответствующим каналам окажет правительству помощь путем дачи советов и рекомендаций, а при проведении правительством в жизнь этого курса будет сотрудничать с ним, способствуя тому, чтобы народ проявлял полное понимание этой политики». К концу 1940 г. в «новую структуру» влились все политические партии, организации, профсоюзы и т. д. Усмотрев в Ассоциации помощи трону потенциального конкурента, чиновники при поддержке военных добились ее «реорганизации» весной 1941 г. Ассоциация превратилась во вспомогательный орган бюрократической системы и утратила политическое значение, хотя формально существовала до января 1945 г.
Важнейшими внешнеполитическими акциями кабинета Коноэ, в котором МИД возглавил Мацуока Ёсукэ, стали Тройственый пакт с Германией и Италией (27 сентября 1940) и Пакт о нейтралитете с СССР (13 апреля 1941). Тройственный пакт закрепил «признание и уважение руководящего положения» Японии в «Великой Восточной Азии» при установлении «нового порядка», поскольку «предоставление каждому государству возможности занять свое место в мире» необходимо для «сохранения длительного мира». Пакт о нейтралитете разрядил атмосферу напряженности и взаимного недоверия: ни Япония, ни СССР войны не хотели и нападать друг на друга не собирались, но не исключали подобных действий с другой стороны. Несмотря на это, Мацуока после 22 июня 1941 г. оказался единственным членом правительства, выступавшим за немедленное вступление в войну против СССР на стороне Германии; остальные соглашались лишь при условии полного разгрома Красной армии вермахтом. Когда конфликт достиг апогея, Коноэ 16 июля подал в отставку и два дня спустя сформировал новый кабинет, удалив из него строптивого министра.
Правительство отказалось от планов участия в войне против СССР, избрав «южный вариант» экспансии. Для этого требовалось обеспечить нейтралитет США и предотвратить полное прекращение американского экспорта в Японию. Проходившие с марта 1941 г. переговоры оказались безрезультатными из–за антияпонской позиции президента Ф. Д. Рузвельта. Принятые 6 сентября «Принципы осуществления государственной политики империи» предусматривали начало войны, если к октябрю «не появятся перспективы на возможность удовлетворения наших требований». Замена Коноэ на посту премьера военным министром Тодзио Хидэки 18 октября сопровождалась попыткой «начать все сначала». 5 ноября были одобрены два варианта плана урегулирования отношений с США. Первый предполагал вывод японских войск из Индокитая по завершении «Китайского инцидента», затем из самого Китая, за исключением северной части и Внутренней Монголии, — в обмен на возобновление торговых отношений в прежнем объеме, совместную эксплуатацию Голландской Индии и прекращение помощи режиму Чан Кайши. Позиция США побудила выбрать второй, более жесткий вариант, переданный 20 ноября Рузвельту. Переговоры было решено закончить 25 ноября.