Особенно ощутимо это противоречие было в армии. Офицерский и генеральский корпус армии-победительницы был молод и справедливо гордился преемственностью традиций со старой русской армией. В годы войны шло сознательное копирование отдельных ее черт и признаков — были восстановлены традиционные воинские звания, ношение погон; военные суворовские и нахимовские училища для малолетних воспитанников создавались по образу и подобию кадетских корпусов.
Фронтовые порядки сказались на системе управления промышленностью. Директора заводов, производивших продукцию для армии, получали офицерские и генеральские звания, поддерживали тесные отношения со своими заказчиками-военными.
Война повлияла на деятельность аппарата ЦК ВКП(б). Он был построен по отраслевому признаку, появились отделы авиационной, танковой, минометной промышленности. Руководители партии и государства в рамках Государственного комитета обороны отвечали за деятельность отдельных отраслей военной промышленности. Г.М. Маленков — за авиацию, Н.А. Вознесенский — за металлургическую, нефтяную и химическую отрасли, В.М. Молотов — танковую, Л.П. Берия обеспечивал производство вооружения и боеприпасов. Сотрудники аппарата привлекались в качестве членов военных советов армий и фронтов. Сам Сталин, Председатель Совмина СССР, секретарь ЦК ВКП(б), нарком обороны и Председатель Государственного комитета обороны, стал в 1943 г. маршалом, а после победы — генералиссимусом.
Восстановление прежних, довоенных принципов управления, предполагавших персональную ответственность нижестоящего начальника перед вышестоящим и всех перед главой партии и государства И.В. Сталиным, началось с армии.
Военным Сталин не доверял никогда. Не доверял даже тем, кто, казалось, были его старательными исполнителями. Первым под удар попал маршал Г.К. Жуков, который позволял себе критически высказываться по поводу военных способностей Верховного главнокомандующего, недобрым словом поминал репрессии 1930-х годов против офицерского корпуса. Кроме этого, Жуков, принимавший Парад Победы, становился ее символом, популярным в народе, он имел к тому же и международную известность. Сразу после окончания войны Г.К. Жуков был назначен главнокомандующим Группой Советских войск и главноначальствующим Советской военной администрации в Германии. Должность эта была военно-политической и предполагала тесные контакты с западными союзниками. Он принимал участие в работе Потсдамской конференции в июле 1945 г., поддерживал постоянные контакты со своими коллегами — главнокомандующими оккупационных войск: США — генералом армии Д. Эйзенхауэром, Великобритании — маршалом Б. Монтгомери, Франции — генералом корпуса П. Кенигом.
В марте 1946 г. Жукова вызвали в Москву и назначили на должность Главнокомандующего сухопутными войсками. Тогда же начались аресты в окружении маршала.
В мае 1946 г. Военная коллегия Верховного Суда СССР осудила на различные сроки авиаторов-военачальников во главе с главкомом ВВС А.А. Новиковым и руководителем авиапромышленности во главе с наркомом авиапрома А.И. Шахуриным, а в июне того же года Жукова отправили командовать Одесским, а позже — Уральским военным округом, вывели из числа кандидатов в члены ЦК ВКП(б). Аресты в окружении Жукова продолжались, возвращение Жукова в Москву произошло в марте 1953 г. после смерти Сталина.
После разгрома командования ВВС и сухопутных войск очередь дошла и до руководства военно-морского флота. Осенью 1947 г. были обвинены в передаче секретных сведений англичанам нарком ВМФ (до 1946 г.), Герой Советского Союза адмирал Н.Г. Кузнецов, его заместитель в войну адмирал Л.М. Галлер, бывший начальник Главного морского штаба В.А. Алафузов, вице-адмирал Г.А. Степанов, начальник Управления военно-морских учебных заведений ВМФ, некоторое время исполнявший должность начальника Главного морского штаба. Их обвинили в передаче англичанам во время войны секретной документации на парашютную торпеду. То, что эти документы, как и лоции передавались союзникам, что эта документация была необходима для провода северных конвоев в Мурманск и Архангельск, что, наконец, сам факт передачи этих документов был санкционирован И.В. Сталиным, в расчет не шло.
В конце 1940 — начале 1950-х годов под суд пошли маршал артиллерии, заместитель министра Вооруженных сил СССР Н.Д. Яковлев, начальник Главного артиллерийского управления И.И. Волкотрубенко, заместитель министра Вооруженных сил СССР И.А. Мирзаханов. Генералов-победителей сменили чиновники, вроде нового министра Вооруженных сил СССР Н.А. Булганина.