Суды чести состояли из 5-7 человек из числа работников министерств и ведомств, избираемых тайным голосованием на один год. Рассмотрение дел в Суде проводилось в открытом заседании. Решение принималось простым большинством голосов членов Суда, решение обжалованию не подлежало. В период с апреля по октябрь 1947 г. в 82 министерствах и ведомствах были созданы Суды чести, решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 23 сентября 1947 г. Суд чести появился в аппарате ЦК, а 5 апреля 1948 г. — в Совмине СССР. На Суд чести при СМ СССР и ЦК ВКП(б) возлагалось рассмотрение «антигосударственных и антиобщественных проступков», совершенных министрами СССР и их заместителями, начальниками главных управлений СССР и их заместителями, секретарями ЦК союзных республик, председателями Советов министров союзных республик и министрами союзных республик.
Как руководитель Управления кадров ЦК, А.А. Кузнецов непосредственно участвовал в преследовании военных («дело Жукова» и «дело авиаторов»). Усиление «ленинградской группы» означало ослабление ряда прежних лидеров. В конце 1945 г. Л.П. Берия был снят с должности наркома внутренних дел. «Дело авиаторов» прямо затронуло Г.М. Маленкова, отвечавшего в годы войны за состояние авиационной отрасли и едва не ставшего подследственным по этому процессу.
И.В. Сталин сознательно инспирировал соперничество в руководстве страны. Ослабив группу Маленкова-Берии, он нанес следующий удар уже по своим недавним фаворитам из Ленинграда. В 1948 г. в ЦК ВКП(б) была восстановлена отраслевая структура аппарата. В июле 1948 г. Маленков был вновь назначен секретарем ЦК ВКП(б), отвечавшим, в частности, за деятельность органов безопасности. В 1949 г. были арестованы Н.А. Вознесенский, которого Сталин прежде называл своим будущим преемником, и А.А. Кузнецов, а дальше было сфабриковано дело о так называемой «ленинградской антипартийной группе», куда включили Председателя Совмина РСФСР М.И. Родионова, первого секретаря Ленинградского обкома и горкома П.С. Попкова, второго секретаря Ленинградского горкома Я.Ф. Капустина, председателя Ленинградского горисполкома П.Г. Лазутина, секретарей Ярославского и Крымского обкомов.
Аресты затронули широкий круг партийных и государственных деятелей и членов их семей, заставляя вспомнить о репрессиях 1937-1938 гг. Вознесенского и Кузнецова обвиняли в том, что они руководили «антипартийной группой», а Родионова, Попкова и ряд других — в «великодержавном шовинизме», выражавшемся в настойчивых просьбах Родионова, адресованных Сталину, о воссоздании Бюро ЦК ВКП(б) по РСФСР, в проведении в Ленинграде Всероссийской оптовой ярмарки (хотя эта ярмарка проходила с согласия Совмина СССР). Арестованных пытали. 1 октября 1950 г. был оглашен приговор, по которому Вознесенский, Кузнецов, Родионов, Попков, Капустин и Лазутин были приговорены к расстрелу. Аресты людей, связанных по прежней работе о обвиняемыми, продолжались до 1952 г.
«Дело Еврейского антифашистского комитета», начатое Министерством государственной безопасности еще в 1946 г., привело к расстрелу в 1952 г. по обвинению в государственной измене выдающихся представителей еврейской интеллигенции; оно переросло в «дело врачей-вредителей», спровоцировавшее антисемитскую кампанию по всей стране, что в свою очередь спровоцировало разгром Министерства государственной безопасности, руководство которого было обвинено Сталиным в преступной халатности по отношению к «врачам-вредителям». Министр госбезопасности В.С. Абакумов и большинство его заместителей были арестованы.
Репрессии подбирались к ближайшим сталинским соратникам. В 1949 г. В.М. Молотов был снят с должности министра иностранных дел, а его жена — П. Жемчужина — арестована и осуждена. От обязанностей министров были освобождены Л.М. Каганович и К.Е. Ворошилов. На XIX съезде Молотов, Микоян, Ворошилов были обвинены Сталиным в уступках буржуазному влиянию. Это публичное обвинение могло стать предпосылкой к их устранению из политической (и не только) жизни.
На XIX съезде ВКП(б) была переименована в Коммунистическую партию Советского Союза (КПСС). В структуре руководства партии на смену Политбюро пришел Президиум ЦК, включавший 25 членов и 11 кандидатов, Секретариат ЦК был увеличен до 10 человек, а Оргбюро — упразднено. Расширенный состав Президиума и Секретариата создавал своего рода «запасную команду». В Президиуме ЦК оказалось много новых людей. Такое расширение состава объективно ослабляло позиции той руководящей группировки в партии, которая сложилась после войны. На высшие посты в партии пришли люди, возглавлявшие местные партийные организации и относительно новые для аппарата ЦК.
После XIX съезда прошли новые аресты, на этот раз — в ближайшем окружении И.В. Сталина. Среди них были бессменный секретарь и помощник Сталина А.Н. Поскребышев, начальник личной охраны Сталина генерал-лейтенант Н.С. Власик, сотрудник личной охраны генерал-майор С.Ф. Кузьмичев и др. Угроза нависла и над Л.П. Берией, на которого стали собирать компрометирующие материалы в ходе инициированного Сталиным «Мингрельского дела».