Но публичные клятвы верности явно не соответствовали новой политике старых сталинских выдвиженцев, а сохранение сталинских принципов управления страной — назревшей потребности в реформах. На следующий день после похорон, 10 марта, Г.М. Маленков, выступая на Президиуме ЦК КПСС, подверг критике советскую печать: «считаем обязательным прекратить политику культа личности». П.Н. Поспелову, секретарю ЦК по пропаганде, было приказано контролировать прессу, а Н.С. Хрущев должен был проследить за материалами о Сталине, которые собирались публиковать.
Новое руководство страны предприняло попытку отделить партийную власть от государственной. 14 марта 1953 г. на Пленуме ЦК КПСС Маленков попросил освободить его от обязанностей секретаря ЦК КПСС, «имея в виду, как было записано в постановлении Пленума, — нецелесообразность совмещения функций председателя Совета министров СССР и секретаря ЦК КПСС».
Однако Маленков в качестве Председателя Совета министров СССР получил право вести заседания Президиума ЦК КПСС. Хрущеву, как секретарю ЦК, поручалось руководить только секретариатом ЦК КПСС и председательствовать на заседаниях Секретариата. Все заместители Председателя Совмина СССР были членами Президиума ЦК. Единственным человеком из числа членов Президиума, не имевшим формальных позиций в государственном руководстве, был секретарь ЦК КПСС Н.С. Хрущев.
Итоги пленума свидетельствовали, что государственный аппарат оказывался более влиятельным, чем аппарат партии. Специальным постановлением были расширены права союзных министров, а число союзных и союзнореспубликанских министерств сокращено вдвое — с 51 до 25.
Начало реформ.
Первыми реформами, вышедшими за пределы Кремля и Старой площади, стало прекращение репрессий. Л.П. Берия, став министром внутренних дел, начал пересмотр политических дел, которые велись в послевоенный период: «дела арестованных врачей», «дела арестованных бывших сотрудников МГБ СССР», «дела арестованных бывших работников Главного артиллерийского управления Военного министерства СССР» и ряда других. 2 апреля Л.П. Берия подал в Президиум ЦК КПСС записку об убийстве С.М. Михоэлса и фальсификации, по распоряжению Сталина, дела о Еврейском антифашистском комитете. Уже на следующий день Президиум ЦК принял решение «о полной реабилитации и освобождении из-под стражи врачей и членов их семей», арестованных по так называемому «делу о врачах-вредителях» и «привлечении к уголовной ответственности работников бывшего МГБ СССР, особо изощрявшихся в фабрикации этого провокационного дела и в грубейших извращениях советских законов». Состоялась реабилитация военных и руководителей авиационной промышленности, осужденных в 1946 г. по «делу авиаторов», были оправданы участники «ленинградского дела».Наряду с реабилитацией обвиненных по отдельным политическим процессам, Берия предложил провести амнистию в стране. В записке, адресованной в Президиум ЦК КПСС 26 марта 1953 г., он сообщал, что в стране в тюрьмах, колониях, исправительно-трудовых лагерях находилось 2 526 402 человека, из которых особо опасными считались 221 435 человек. Берия внес предложение амнистировать около 1 млн человек, осужденных на срок до 5 лет за должностные преступления (председателей и бригадиров колхозов, инженеров и руководителей предприятий), осужденных за самовольный уход с работы, женщин, имеющих детей до 10 лет, несовершеннолетних, тяжелобольных и престарелых. 27 марта 1953 г. Президиум Верховного Совета издал соответствующий указ «Об амнистии».
Уже в первые дни своего управления МВД Л.П. Берия обратился к Г.М. Маленкову с предложением о передаче из состава МВД в промышленные министерства целого ряда предприятий и строек, на которых использовался труд заключенных, а «исправительно-трудовые лагеря и колонии с лагерным аппаратом и военизированной охраной» — в ведение Министерства юстиции СССР.
Со времени окончания войны на западных границах СССР от Эстонии до Западной Украины сохранялось националистическое вооруженное подполье, которое поддерживала часть населения территорий, присоединенных к СССР в 1939-1940 гг., шли боестолкновения с частями МВД. Руководство МВД направило в Президиум ЦК ряд документов, в которых была дана крайне критическая оценка государственной политики в трех республиках — на Украине, в Литве и Белоруссии, однако оценки, содержавшиеся в этих документах, касались и ряда других республик СССР.