Активная, в том числе внешнеполитическая, деятельность привела Л.П. Берию сначала к скрытому, а затем и к явному конфликту с другими членами Президиума ЦК. Разоблачение недавних репрессий создавало угрозу для Г.М. Маленкова, который, по поручению Сталина, непосредственно контролировал следствие по «ленинградскому делу» и «делу врачей». Осуждение деятельности ЦК Компартии Украины в 1944-1952 гг. заставляло вспомнить о том, что Н.С. Хрущев сразу же после освобождения Украины в 1944 г. был Председателем Совмина Украины, а с 1947 г. до конца 1949 г. — первым секретарем ЦК КПУ. Открытое недовольство вызывали попытки Берии вмешаться в кадровую политику ЦК в союзных республиках.
25 июня 1953 г. Берия направил в Президиум ЦК КПСС записку о расследовании обстоятельств возникновения «ленинградского дела» и «дела врачей». Из записки следовало, что продолжение следствия неминуемо ведет к Маленкову. На следующий день Л.П. Берия был арестован на заседании Президиума Совмина СССР.
Арест Берии, одного из трех реальных руководителей страны после смерти Сталина, требовал публичных объяснений. Для этого было решено собрать пленум ЦК, который состоялся 2-7 июля 1953 г. и на котором обсуждался вопрос «О преступных антипартийных и антигосударственных действиях Берии». Он был обвинен в том, что пытался поставить МВД над партией, угрожал отменить колхозы, оскорблял память Сталина, стремился изменить национальный состав руководящих кадров в союзных республиках и заменить их местными кадрами, пытался установить отношения с Югославией. Хрущев и Маленков перекладывали всю ответственность за репрессии 1930 — начала 1950-х годов на Берию. Давние члены сталинского Политбюро — Л.М. Каганович и А.А. Андреев клеймили Берию как фашистского заговорщика, шпиона, врага, стремившегося реставрировать капитализм.
В итоговом документе пленума Берии были предъявлены обвинения в шпионаже и заговоре, в декабре 1953 г. он был расстрелян (по некоторым данным это произошло сразу же после ареста).
Устранение Берии не смогло остановить необходимых, вынужденных изменений во внутренней и внешней политике страны, и прежде всего — в сельском хозяйстве. Летом 1953 г. полным ходом шла подготовка к его реформе. Основы колхозно-совхозного строя она не затрагивала. Но важность реформы для судеб деревни и ее жителей была несомненна.
Маленков — несостоявшийся реформатор.
Старт реформе дал Председатель Совета министров Г. М. Маленков в своем выступлении на V сессии Верховного Совета СССР 7 августа 1953 г. Он провозгласил в качестве необходимой задачи «в течение двух-трех лет резко повысить обеспеченность населения продовольственными и промышленными товарами — мясом, рыбой, маслом, сахаром, кондитерскими изделиями, тканями, одеждой, обувью, посудой, мебелью». Для достижения этих целей были значительно снижены нормы «обязательных поставок с личного подсобного хозяйства колхозников», в два раза снижался денежный налог с каждого колхозного двора и списывались все налоговые недоимки по сельхозналогу. Целый ряд категорий населения вообще освобождался от сельхозналогов — инвалиды, учителя, врачи, агрономы. Местным Советам предписывалось обеспечить население покосами.Курс Маленкова на этом этапе был поддержан Хрущевым. На сентябрьском Пленуме 1953 г. была принята программа подъема сельского хозяйства. Пленум признал неоправданно высокими налоги, собиравшиеся с приусадебных участков, и указал на связь между этими налогами и снижением числа коров, свиней и овец в хозяйстве колхозников. Были в несколько раз повышены цены на мясо, молоко, картофель, другие сельхозпродукты.
На этом пленуме должность Н.С. Хрущева была изменена с секретаря ЦК КПСС на первого секретаря ЦК КПСС. Следует заметить, что этот пост тогда вообще не был предусмотрен уставом КПСС, утвержденным на XIX съезде КПСС. С устранением Берии роль Хрущева явно возросла.
Подход Г.М. Маленкова к решению проблем сельского хозяйства — дать деревне передохнуть, снизить налоги, поднять закупочные цены, снять ограничения на содержание домашнего скота и так, исподволь, без значительных затрат со стороны государственной казны, увеличить объем сельскохозяйственного производства. Этот подход стремительно сделал Маленкова самым уважаемым человеком в российской деревне. За пять последующих лет частный аграрный сектор доказал свою эффективность. Он обеспечил более половины прироста мяса, 35-38% — картофеля, овощей, молока, шерсти, 87% яиц и 93% махорки в стране.
Радикальный характер носили предложения Г.М. Маленкова об изменении инвестиционной политики. Выступая на сессии Верховного Совета в августе 1953 г., он поставил задачу «всемерно форсировать развитие легкой промышленности», добиваться выравнивания темпов экономического роста двух основных отраслей индустрии: производства средств производства и производства предметов потребления. Это был разрыв с прежней советской экономической политикой, ставившей во главу угла развитие тяжелой, оборонной промышленности.