В 2006 году Пономарев становится заместителем руководителя некоммерческого общественного фонда РИО-центр, которое возглавил— Игорь Юргенс. Этот центр, разрабатывавший «сценарии социально-экономического развития страны» функционировал абсолютно легально и даже получил поддержку Министерства информационных технологий и связи. В марте 2008 года на основе РИО-Центра и был создан Институт современного развития (ИНСОР), где как мы уже знаем Попечительский совет возглавил Дмитрий Медведев, а председателем правления стал все тот же Юргенс. Пономареву было поручено координировать экспертную работу института по законодательному обеспечению инновационной деятельности. Не прошло и двух лет, как в июне 2010 года он стал советником президента Фонда «Сколково» Виктора Вексельберга, где ему и выдали те самые 720 тысяч долларов, которые ему пришлось хотя бы частично возвращать в казну по суду, а затем скрываться за рубежом от международного розыска.
До вступления Медведева на пост президента весьма бурно развивалась и политическая карьера Пономарева. В декабре 2007 года он был избран депутатом Государственной Думы РФ по списку партии «Справедливая Россия» от Новосибирской области, на следующий год он стал членом этой партии и вошел в ее центральный совет. В Госдуме возглавлял подкомитет по технологическому развитию комитета по информационной политике, информационным технологиям и связи. Однако в системной оппозиции, где особых шансов на продвижение вверх у него не было при таком политическом тяжеловесе, как Сергей Миронов, Пономарев чувствовал себя не в своей тарелке. Он продолжал участвовать в деятельности несистемных левых оппозиционных организаций, и вскоре был избран в Координационный совет оппозиции (КС) от Левого фронта.
Но действительно ли он такой левый, каким выступает на протестных митингах?
Очень любопытная история произошла с ним в 2012 г. на выборах этого совета, о которой рассказала Ксения Собчак. «Для регистрации на выборах в КС каждый кандидат обязан был перечислить в избирком 10 тысяч рублей. На эти собранные деньги и планируется проводить выборы, — говорит Собчак. — Платили все. Удальцов, поговаривают, продал рукав своей легендарной куртки. Но никто не спорил. Раз договорились о таком правиле, все его соблюдали. Но депутат Пономарев, видимо, с этим правилом был решительно не согласен. И платить не захотел. Типа регистрируйте так и только посмейте отказать. Избирательная комиссия во главе с Леонидом Волковым была, мягко говоря, в растерянности, но неизбежно сняла бы его с выборов. А как иначе? Правила-то нарушил. Пономарев, конечно, устроил бы скандал, стал бы критиковать «имущественный ценз» и разглагольствовать о социальной справедливости. Илья ведь у нас легендарный борец с роскошью и излишествами. Он непримирим и непреклонен даже тогда, когда люди нуждаются в помощи и поддержке.
Сам Илья Пономарев далек от аскетичного образа жизни. О том, как надо всех «повесить за ноги» (это, видимо, является неизбежной частью социальной справедливости), он рассказывал мне в интервью в новенькой дорогой «Ауди». Единственный раз встречу активист Илья назначил мне в модном новиковском ресторанчике «Аист», пожурив меня за робкое предложение поговорить в более демократичной «Академии». Ну и, к слову, будучи депутатом Госдумы, он получает из бюджета ежемесячно 150 тысяч рублей, плюс имеет многомилионный доход от какого-то бизнеса. Но ему-то можно, он ведь «левый» и «буржуев» на митингах критикует. Такие вот «левые» всегда считают, что для них правила особые.
В общем, платить за участие в выборах наравне со всеми Пономарев не захотел. И я в итоге решила заплатить за него. Отправила на счет избиркома эти самые 10 тысяч. Честно говоря, — съехидничала под конец этой заметочки К.Собчак, — я первый раз плачу за мужчину (стриптизер Даниэль из клуба «Красная шапочка» не в счет). Но делаю это с радостью, потому что абсолютно уверена: сейчас крайне важно, чтобы в выборах КС принимали участие все. Сходите, господин Пономарев, в какой-нибудь ресторан и погуляйте на сэкономленное. Устрицы обязательно закажите. Рекомендую «Белон»». (журнал «Шум», Санкт-Петербург, 23.09.12).