После ухода Волошина в 2003 году, Медведев занимал его место вплоть до ноября 2005 года. И здесь он снова проявил себя способным многостаночником. В 2000–2008 годах с перерывом всего на год он занимал должность председателя Совета директоров ОАО «Газпром», где постепенно вытеснил прежнее руководство и навел порядок в финансах, положив конец бесконтрольным утечкам денег. Это то, чего и ожидал от него Путин. На фоне ушедшего «серого кардинала» Волошина Айфончик выглядел бледно. Похвастаться ему было нечем, разве что вяло шедшей под его руководством реформой госслужбы. Кто-то в Кремле занимался внешней политикой, кто-то выстраивал вертикаль власти, а за Медведевым оставалась скучная бюрократическая работа. Но это и было то, что нужно Путину. «У Медведева есть тщательность, скрупулезность, ответственность и в некоторых вещах осторожность. Для Путина это был плюс», — полагает бывший сотрудник администрации. Тем не менее окружение Путина насторожило его первое интервью в качестве главы президентской администрации. После того как был наложен арест на имущество ЮКОС, он сказал: «Зря Генпрокуратура так. Арест акций компании на экономику дурно повлияет». Индейцы в таком случае сказали бы: „Запахло западным ветром“»…
В апреле 2004 года Медведев получает статус постоянного члена Совета Безопасности России. С 21 октября 2005 года по 10 июля 2008 года — возглавляет Совет при президенте России по реализации приоритетных национальных проектов и демографической политике.
Кремлевские чиновники за глаза называли Д. Медведева «визирь» и «великий визирь» («Профиль», 17 ноября 2003). В Османской империи Великий визирь (Vezîr-i Azam
В первое время казалось, что груз новых обязанностей будущего преемника Путина как бы придавил. Он сильно похудел и стал еще ниже ростом, словно старался стать незаметным в гулких коридорах власти. Только взобравшись на вершину властного Олимпа и став президентом, Медведев начал выступать без бумажки. А в те годы все свои публичные речи готовил заранее и зачитывал с выражением. На публике всячески показывал, что он всего лишь тень Путина, не более того. И Путину это импонировало. В тех ролевых играх, которые были тщательно распределены в его империи, он играл роль вожака — тут американское посольство не ошиблось, хотя и был беспородным серым волком, а «потомственный интеллигент» Медведев вроде бы оставался до поры «лягушонком» Маугли, если брать аналогии у любимого Путиным Киплинга. Это точно подметил журнал «Ньюсуик» незадолго до выборов 2008 г., в статье посвященной Медведеву: «При «суверенной демократии», которую создал Путин, у Медведева нет реальных соперников. Большинство наблюдателей ожидают, что «мышонок» поступит по воле своего хозяина: он уже пообещал назначить Путина премьер-министром и сохранить на своем месте людей, которые, по выражению Медведева, являются эффективной командой, созданной нынешним президентом. (Хотя они дружат почти два десятка лет, Медведев до сих пор обращается к начальнику в официальном стиле, на «вы» — эквивалент обращения «мистер Путин» в английском).