Всего во время атаки погибло 2403 (по данным Н. Яковлева 2897) служащих базы, было уничтожено 188 самолетов [6][50], старое судно-мишень «Юта», минный заградитель «Оглала», эсминцы «Кэссин», «Дауне» и «Шоу» и линкор «Аризона», горящий образ которого стал символом разгрома Перл-Харбора. Гибель «Аризоны» принесла наибольшее количество жертв – 47 офицеров и 1056 нижних чинов, однако добавила ряд вопросов. Согласно исследования Нимица «Аризона» была уничтожена пикирующим бомбардировщиком «Val»-234, но он бы не смог поднять 800-кг бомбу, которой якобы был разрушен линкор, торпедных попаданий «Аризона» также не получила [27]. Более того обследование водолазами судна показало, что линкор, считавшийся непреступной крепостью пошел ко дну в результате серии взрывов, произошедших внутри судна. Морской министр Фрэнк Нокс тогда заключил, что бомба угодила в дымовую трубу линкора, однако многим вспомнилась история крейсера «Мен», якобы уничтоженного вместе с командой испанцами в 1898 году, в реальности же подорванный американскими спецслужбами, чтобы развязать войну против Испании [27] [51]. Историю крейсера «Мен» с оговоркой
Рузвельт сам назначил состав первой комиссии верховного судьи О. Робертса, которая должна была выяснить обстоятельства трагедии. Ее отчет публиковался множество раз, но ни разу до 1946 года широкой общественности не были представлены 1887 страниц протоколов опросов и более 3000 страниц документов, так как их содержание очевидно противоречило выводам [27], тем не менее президент поблагодарил О. Робертса «за тщательное и всестороннее расследование», свалившее всю вину на начальника гарнизона Уолтера Шорта и Хасбенда Киммеля, 1 марта отправленного в отставку с обещанием позже предать суду военного трибунала. После судьбоносной трагедии оба работали в сфере военного производства. В 1943 году Киммель запросил материалы военно-морского министерства, но ему под предлогом обеспечения безопасности отказали [6].
В 1944 году кандидат в президенты Томас Дьюи (Thomas Dewey) был намерен обнародовать историю с японскими шифрами из которой явно следовало, что Рузвельт знал о готовящейся операции, однако председатель Объединенного комитета начальников штабов (Chairman of the Joint Chiefs of Staff) генерал Дж. Маршалл убедил его не раскрывать карты перед японцами во время военных действий [40]. На следующий год сенат рассмотрел законопроект Э. Томаса, предусматривавший 10 лет тюрьмы за разглашение шифрованных материалов, но республиканцы его отклонили, и новой комиссии было представлено более 700 дешифрованных японских документов. Хотя члены комиссии со стороны республиканцев проявляли особое рвение в расследовании, но им было запрещено самостоятельно изучать архивы правительственных ведомств, а документы из личного архива покойного к тому времени президента секретарь Грэс Талли выдавала по собственному усмотрению [6]. Были и другие странности.