Неожиданно из центрального входа выбежал мужчина с автоматом в руках. Казалось, он сам не ожидал так близко столкнуться со спецназовцами и на несколько секунд замешкался. Прежде чем террорист поднял оружие, один из бойцов штурмовой группы открыл по нему плотный автоматный огонь, и тому ничего иного не оставалось, как тут же ретироваться назад в здание терминала. Отбросив опустошенную обойму, израильский спецназовец нырнул внутрь здания, преследуя террориста. Вбежав в помещение, он заметил мужчину и женщину с автоматами на изготовку прижавшихся к одной из стен. Не ожидая, пока по нему откроют огонь, спецназовец в броске на пол скосил террористов несколькими короткими очередями. В ту же секунду следом за ним в помещение старого пассажирского терминала ворвались остальные бойцы «Сайерет Маткаль». Рассеявшись по залу между лежавшими на полу заложниками, спецназовцы сделали еще несколько контрольных выстрелов по трупам террористов, чтобы исключить любую непредвиденную случайность. В этот момент в другом конце залав темноте всплыл еще один силуэт с автоматом в руках. Террорист попытался выстрелить, но тут же получил длинную автоматную очередь в голову и грудь. Все происходило настолько молниеносно, что со стороны захваченных врасплох террористов фактически не было оказано никакого существенного сопротивления. Начиная с первой стычки с угандийскими часовыми до окончания зачистки первого этажа и освобождения заложников миновало не более 15 секунд.
Вместе с тем, к сожалению, не обошлось без жертв среди заложников. Когда в зал пассажирского терминала ворвалась основная группа «Сайерет Маткаль», один из спецназовцев через мегафон стал кричать, успокаивая заложников: «
Параллельно с зачисткой помещений на первом этаже двое бойцов «Сайерет Маткаль» стали подниматься на верхние этажи старого пассажирского терминала. Необходимо было сразу прикрыть лестницу, ведущую на второй этаж, чтобы предотвратить возможность неожиданной контратаки. Они успели подняться всего лишь на два лестничных пролета, как навстречу им выбежала большая группа угандийских солдат. Бой был скоротечный, но чрезвычайно ожесточенный. Прежде чем на второй этаж успела подоспеть помощь товарищей, в коридоре уже лежало 12 бездыханных тел угандийских солдат и двоих террористов, попытавшихся найти убежище в комнате ожидания для высокопоставленных пассажиров VIP-класса.
После того как была окончательно завершена зачистка всех этажей старого пассажирского терминала, заложникам было приказано бросить все вещи и приготовиться к эвакуации. Никто не знал, что происходит снаружи. Со всех сторон доносились звуки длинных пулеметных очередей, прерываемые глухими разрывами артиллерийских снарядов. Это уже походило не на ювелирную антитеррористическую операцию, а на широкомасштабные военные действия.
Бригадный генерал Дан Шомрон, руководивший наземной частью антитеррористической операции, вздохнул с облегчением, получив сообщение по рации о том, что все заложники освобождены и спецназ готов начать их вывод к самолетам. К этой минуте стало ясно, что среди заложников было шестеро раненых и один убитый. Однако и «Сайерет Маткаль» понес тяжелые потери.
На подходе к старому пассажирскому терминалу по штурмовым группам «Сайерет Маткаль» был открыт огонь снайперами, засевшими на контрольной вышке. Именно в эти первые секунды штурма снайперским выстрелом в спину был смертельно ранен командир «Сайерет Маткаль» подполковник Йонатан (Йони) Нетаньяху. Он практически сразу лишился сознания и на протяжении всего боя продолжал лежать, истекая кровью, прямо перед центральным входом старого пассажирского терминала. Перед высадкой в Энтеббе подполковник Нетаньяху лично отдал приказ: до окончания зачистки старого пассажирского терминала никому из раненых не оказывать помощь, чтобы не сбить темп атаки. Однако, как выяснилось позже, ранение было настолько серьезным, что у него не было ни единого шанса выжить, даже при оказании своевременной медицинской помощи.