После пяти лет отсутствия в Англии Джон Ди получил от королевы приглашение вернуться. Ему удалось скопить достаточно денег, пока он гостил у Розенберга, и он организовал свое возвращение с большой торжественностью, наняв для себя и своей семьи три кареты, каждая из которых была запряжена четверкой лошадей, несколько багажных экипажей и двадцать четыре вооруженных всадника для охраны. Он покинул Требону в марте 1589 г., и по пути домой посетил Бремен, где его навестил знаменитый герметический философ доктор Генрих Кунрат[18]
из Гамбурга и где у него завязались дружеские отношения с ландграфом Гессе, которому Ди подарил двенадцать венгерских лошадей. По прибытии в Англию в ноябре он обнаружил, что его резиденция в Мортлейке была разорена в его отсутствие местными жителями, обвинявшими его в некромантии; вся мебель была разломана, драгоценная библиотека сожжена, а философские инструменты и диковинки из музея — сломаны или украдены. Ди попытался получить компенсацию от государства, но, несмотря на то, что королева милостиво приняла его в Ричмонде, он так никогда и не вернул своего имущества и не получил никаких денег. Он остался в Мортлейке. Там его неожиданно, как в старые добрые времена, навестила королева; позже, на Рождество 1590 г., она послала ему две сотни золотых ангелов и другие подарки. Став фаворитом при дворе, Ди мог продолжать свои исследования и эксперименты, однако прошло еще шесть лет, прежде чем он начал получать за них соответствовавшее их значимости вознаграждение. В 1595 г. в церкви Святого Павла он был пожалован титулом канцлера, а через несколько месяцев назначен ректором Манчестерского колледжа, где «был весьма несчастлив, страдая от взрывного нрава тамошних студентов и преподавателей». Эти титулы он сохранил до своей смерти на восемьдесят первом году жизни, когда он «снискал уважение и похвалы всех выдающихся и просвещенных ученых своего времени, своими достижениями обеспечив себе славу в веках».Находясь при дворе Рудольфа, доктор Ди оставлял Келли на заднем плане из недоверия и, возможно, ревности, но после изгнания алхимика Келли заручился поддержкой многих, кто был вхож в придворный круг. Ему в то время было около тридцати лет — немногим меньше, чем императору, и он умел располагать к себе тех, кто не распознавал печати низкого коварства на его лице. Он перенял благородные манеры, которые вкупе с неизменной безапелляционной уверенностью помогали ему воплощать в жизнь его замыслы. Он завоевал доверие императора, обещая ему самые разные невероятности, дав ему испить Эликсира Жизни, изготовленного по собственному тайному рецепту, и подарив порошок, с помощью которого можно было получать золото. Этот порошок был из остатков того самого, что содержался в шаре из слоновой кости, обнаруженном в могиле святого Дунстана. В своих опытах перед императором Келли пользовался скорее ловкостью своих рук и хитростью, нежели познаниями в металлургии, а молва и сплетни раздували его эфемерные успехи, как ветер раздувает пламя, и его слава в Праге стала поистине велика. Рудольф выплачивал ему огромное жалованье как придворному алхимику, и пожаловал ему обширные земли. Он даже возвеличил этого интригана и шарлатана, провозгласив его рыцарем Богемского Королевства. Королевский патент, датированный 23 февраля 1590 г., провозглашал сэра Эдварда «Золотым Рыцарем» (Eques Auratus).