Несчастная жертва не могла дать ответов на эти вопросы, даже если бы очень этого захотела, потому все пытки были тщетны. Провалившись в попытках принудить узника говорить, император указал обращаться с ним более мягко и снисходительно и даже позволил ему пользоваться книгами, бумагой и письменным прибором.
Известия об удручающем положении Келли достигли ушей доктора Ди в Мортлейке, и он обратился к королеве Елизавете, дабы она уговорила императора Рудольфа отпустить англичанина, но всё было тщетно. Заключенный, потеряв надежду на спасение, решился на побег. Его друзья подкупили тюремщиков, опоили стражей отравленным составом, раздобыли хороших лошадей и спрятали их в удобных укрытиях. Келли выбрался из своей камеры, по, спускаясь по веревке по стене темницы, упал с большой высоты, сломал ногу и повредил внутренние органы; он был тотчас схвачен и снова замурован в крепости, где смерть вскоре освободила его от страданий. Сэру Эдварду исполнилось тогда сорок два года. Некоторые историки утверждают, что он был ирландцем но рождению, и что его настоящее имя было Талбот, но он сменил его после того, как был наказан за воровство.
В заключении Келли написал на латыни труд о Философском Камне, который в октябре 1596 г. посвятил «Самому могущественному повелителю Священной Римской империи, Рудольфу II, Королю Венгрии и Богемии». Первый параграф, адресованный бывшему покровителю, демонстрирует смелую самонадеянность и надменность автора, которые не покинули его даже в столь тяжелое время:
«Пусть я уже дважды был в заточении здесь, в Богемии, пусть здесь мне было оказано столь великое неуважение, как нигде прежде, мой разум остается свободным, и все это время провел я в усердных занятиях философией, которую отвергают лишь злые глупцы, но мудрые принимают в самое сердце и возводят на пьедестал. Никто, кроме дураков и адвокатов, не ненавидит и не презирает алхимию — это уже стало пословицей. Поскольку три года я провел в трудах и заботах, пытаясь открыть Тайну для Вашего Величества, что могла бы принести Вам счастье и благополучие, то и в заточении, под гнетом бедствий, обрушившихся на меня по воле Вашего Величества, не мог я стать лентяем и бездельником. И потому я написал трактат, с помощью которого Ваш императорский разум сможет проникнуть в Истину древней философии; но если мое учение возмутит Вас, то, отвергнув его, Вы заблудитесь в поисках Истины, и лишь впустую потратите свои деньги, время, труд и надежды… Нет ничего более древнего, великолепного и желанного, чем правда, и тот, кто отворачивается от нее, обречен всю свою жизнь провести во мраке… Я смею надеяться, однако, что моя жизнь и мои деяния станут известны потомкам, и я буду почитаем среди тех, кто пострадал за правду».
Шекспир, по-видимому, вспомнил об этом наглом хвастуне, когда написал, что пустой сосуд производит много шума.
Элиас Эшмол составил в «Theatrum Chemicum Britannicum» (Лондон, 1652) гороскоп Келли и показал, что «Сомневающийся Философ» («Philosophus Dubius») не смог бы избежать горестной судьбы, начертанной ему звездами, ибо велико было в миг его рождения влияние «Хвоста Дракона».
Когда вести о трагической смерти сэра Эдварда достигли Градчан, вся его собственность была конфискована, и придворный поэт Мардехай де Делле написал строки, которые при переводе с немецкого теряют изрядную долю своего язвительного шарма: