Монах-хронист писал в XIII веке: «Двенадцатый век не закончил своего пути так, как он его начал. Когда при наступлении вечера он склонился к закату, собираясь перейти в вечность, церковь, казалось, склонилась вместе с ним, преисполненная дум о будущем». Еще до эпохи албигойских войн люди во многих странах начали открыто говорить, что «церковь не способствует их счастью». Повсеместно заговорили о церковной реформе, способной, казалось, освободить многих людей от тягот и страданий сложной и непредсказуемой жизни Средневековья. Монах писал: «Раскол и ересь, которым благоприятствовали плохое состояние духовной дисциплины и возрождение языческих наук, пошатнули на Западе дело Христово, в то время как неблагополучное окончание крестовых походов, довершило его крушение на Востоке».
В некоторых городах Франции слово «священник» стало ругательством, сами священники на людях старались скрыть свой сан. Дворяне переставали давать деньги церкви, духовенство пополнялось только за счет крепостного, зависимого населения. Перелом в истории западного монашества совершил Франциск Ассизский, учредив нищенствующий орден, названный по его имени.
Джованни Бернардоне (1181–1226), выросший в богатой купеческой семье в 1206 году начал проповедовать евангельскую бедность, отказался от владения имуществом, не брал в руки денег. У него появились последователи, которые дали обет соблюдения полной бедности. Этот обет давали все монахи, но в начале XIII века почти никто из них не принимал его всерьез. Джованни Бернардоне, ставшим Франциском из Ассизи, возвел бедность в положительный идеал, вытекающий из идеи следования примеру Иисуса Христа. Он преобразил монашество, заменив монаха в монастыре монахом миссионером, призывающим людей к миру и покаянию. Франциск обладал живым, отзывчивым чувством сострадания. Его жизнерадостная натура и поэтическое чутье преобразило сострадание в сочувствие, чаявшее живую душу во всем живущем. Его сочувствие распространялось на всю одушевленную и неодушевленную природу. Его проповеди призывали людей к покаянию, сопровождавшемуся глубоким смирением. Он никогда никого не осуждал, просто призывал к евангелическому совершенству, и это вызывало у окружающих прилив религиозного энтузиазма.
Нищий странник и проповедник побывал во многих городах и деревнях Франции, Испании, Египте, Палестине, везде создавая общины своих последователей, не имевших никакой собственности. Очень быстро последователи Франциска распространились по всем европейским странам, в Германии, Франции, Англии, Бельгии, Польше, Венгрии, Дании, Норвегии, даже ледяной Исландии.
В Риме с Франциском встретился папа Иннокентий III, оценивший искренность его веры. Общество францисканцев стало монашеским орденом. Иннокентий III признал за Франциском и его орденом право проповеди бедности. Он взял с Франциска клятву послушания папе. Его соратники были обязаны иметь тонзуру, сделавшую их священниками. Орден францисканцев получил устав и стал подчиняться Святому Престолу. Франциск и его соратники получили право совершения таинств. Число членов ордена быстро росло, небольшие группы проповедников-францисканцев уходили проповедовать по всему миру. Миссионеры проповедовали в арабских странах, у язычников, половцев, греков, болгар, эфиопов, иберийцев, алан, готов, якобитов, славян, нубийцев, индийцев, монголов, татар, турок. Сам Франциск совершил путешествие на Восток и читал проповеди турецкому султану. Когда Франциск вернулся, то обнаружил первый построенный францисканский монастырь. Его друг римский папа Григорий IX убедил будущего святого изменить деятельность ордена. Франциск поселился в шалаше близ Ассизи. Ежегодно в день Троицы францисканцы-миссионеры приходили к главе ордена и строили вокруг его жилища свои шалаши. Так возникли сборы всех членов францисканского ордена – генеральные капитулы. На собрании 1219 года вокруг Франциска стояло пять тысяч шалашей.
Францисканцы пользовались огромной популярностью, получали множество пожертвований, строили приюты, школы, больницы, монастыри. Устав ордена был написан Франциском и утвержден буллой папы Гонория III «Solet annuere» в ноябре 1223 года. Он в XX веке действует в ордене Святого Франциска: «Устав и жизнь Братьев Меньших таковы – соблюдать святое Евангилие Господа нашего Иисуса Христа, живя в послушании, без собственности и в чистоте».
Желающие вступить в братство францисканцев целый год проходили испытания и по принятию в орден уже не могли из него выйти – «никто, возложивший руку на плуг и озирающийся назад, неблагонадежен для Царства Божьего». В 1223 году христолюбивое братство Франциска превратилось в монашеский орден.