Во главе его стоял генеральный министр, областями руководили провинциальные министры, общинами заведовали кустоды. Собрания орденских братьев проходили раз в три года. Франциск Ассизский отказался руководить орденом. Он пользовался огромным уважением, но последние три года жизни уже не имел влияния на руководство францисканцев. В 1226 году он умер и уже через год был канонизирован. Часть ордена выступившая против отхода от идеи Святого Франциска подверглась преследованиям. Римский папа разрешил «правильным францисканцам» свободно преподавать в европейских университетах. Бунт французских профессоров, протестовавших против безконкурсного занятия кафедр францисканцами, был погашен и осужден.
Несмотря на жесткую централизацию и изменения цели его ордена, Святой Франциск положил начало новому западному монашеству. Его суть состояла не только в самоусовершенствовании и духовных подвигах, но и в конкретной помощи ближнему, миссионерстве, постоянной проповеди. Монашество стало не только созерцательным, но и деятельным, хотя и постоянно подвергалось процессу обмирщвления.
Еще зимой 1218 года в Риме папа Григорий IX познакомил Франциска Ассизского с Домиником де Гусманом, основателем ордена доминиканцев. Они встречались несколько раз. Доминик предложил объединить ордена, но Франциск отказался. Папа предложил Франциску и Доминику назначать на высшие церковные должности священников из их орденов. Оба будущих святых от этого отказались, но именно францисканцы и доминиканцы возглавили Incuisitio hacreticae pravitatis – Святую Инквизицию, учреждение римско-католической церкви, главной целью которого были розыск, суд и наказание еретиков.
Испанский каноник и дворянин из Старой Кастилии Доминик де Гусман (1170–1221) в 1205 году для борьбы с ересью катаров основал монастырь в Южной Франции. Получивший хорошее богословское образование, Доминик предложил, чтобы проповедники не ходили с большой и пышной свитой, а усилили саму проповедь и соединили ее с праведной жизнью. Только это могло произвести впечатление на жителей Южной Франции. Доминик приступил к созданию нового ордена. Его члены должны были противостоять проповедникам альбигойцам словом, примером, молитвой. Для достижения личной святости будущим доминиканцам были необходимы созерцание, молитва, аскеза, скитание и бедность, соединенные с глубокими католическими знаниями. Семеро первых доминиканцев, поддержанные руководителями крестового похода графом Симоном де Монфором, отправились в Рим на Латеранский собор. В 1216 году на соборе папа Гонорий II утвердил новый Доминиканский орден, члены которого действовали во Франции, Испании, Италии. Доминиканцы считали очень важным для подготовки правильных проповедников глубокое изучение теологии. Центрами доминиканцев стали Париж и Болонья – два крупнейших европейских университетских города.
У каждого доминиканца была своя келья, чем обеспечивалась возможность научных занятий. Для борьбы с еретиками требовались знания, обучение братьев, библиотеки. В каждом из доминиканских монастырей была своя школа. Доминиканские университеты были в Момпелье, Болонье, Кельне, Оксфорде. Восемь лет будущих проповедников обучали философии, богословию, церковной истории и праву. Через 13 лет учебы наиболее талантливые ученики становились магистрами богословия и получали высший сан ордена. Таким же почетным был сан «общего проповедника», который присваивали за успешную двадцатипятилетнюю проповедническую деятельность. Доминиканцами были Альберт Великий, Фома Аквинский, Джероламо Савонарола. Уже при Доминике шестьдесят монастырей ордена действовали в Испании, Провансе, Франции, Англии, Германии, Ломбардии, Романье, Венгрии. Доминиканцы активно проповедовали, занимались миссионерством, богословием. На белую рясу сверху они одевали черную мантию с черным капюшоном. Герб Доминиканского ордена изображал голову собаки с горящим факелом во рту. «Псы господние» охраняли церковь от ересей и несли в мир проповедь истины. Еще в 1218 году в Риме Доминик был назначен папой высшим цензором – «magister sacri palatii». Он считал вполне допустимым меч в борьбе с еретиками, истреблять закоренелых еретиков. Под именем «Милиции Иисуса Христа» Доминик создал союз светских людей обоего пола для защиты церкви и стремления к нравственному совершенству.