Между тем, как только мятежный сын Евпатора Махар узнал о том, где находится с войском Митридат и что он вот-вот может появиться в Тавриде, как им овладела паника. Очевидно, царевич не был храбрым человеком, он мог ударить в спину, напакостить исподтишка, но сойтись с отцом в открытом бою было выше его сил. Да и воины понтийского гарнизона Пантикапея вряд ли стали бы сражаться против своего законного царя, стоило Митридату явиться перед ними, как войска сразу же перешли бы на его сторону. Заметавшись, Махар стал совершать непонятные поступки. Распорядился сжечь флот, который стоял в Пантикапее, а затем, вместо того чтобы бежать к римлянам, удрал в Херсонес. И если поступок с кораблями можно как-то объяснить, к примеру, тем, чтобы они не достались Митридату и тот не организовал за ним погоню, то бегство в Херсонес логике не поддается. А Митридат, судя по всему, взял корабли у меотов и ахейцев, погрузил на них свои войска и отплыл в Пантикапей — город сдался без боя и открыл ворота. Укрепившись на Акрополе, Евпатор тут же распорядился послать суда в погоню за Махаром, зря царевич старался, царь все равно привел за собой солидный флот. Зная отношение Митридата к предательству и не желая попасть к нему в руки, поскольку справедливо опасался, что граждане Херсонеса его выдадут, бывший наместник Боспора покончил с собой. И здесь вновь проявилась принципиальность царя — всех приближенных Махара, которых он назначил к нему советниками, Евпатор велел казнить, а тех, которые считались личными друзьями царевича и верно ему служили, распорядился отпустить на все четыре стороны.
А в скором времени на Боспоре завершился жизненный путь и другого сына Митридата, Ксифара, того самого, ради которого Стратоника открыла ворота крепости Помпею и выдала царские сокровища. Он не злоумышлял против отца и не плел заговоры в пользу римлян, а просто оказался заложником взаимоотношений между отцом и матерью. Частые измены родных и близких ему людей ожесточили Митридата, он отстранился от них, словно опасался нового предательства, и смотрел уже на свою родню, как на чужаков. Складывается такое впечатление, что он уже не видел существенной разницы между тем, кем ему приходится человек — родственник он ему или нет, для него он был просто подданный. А потому, когда он узнал, что Стратоника последовала за его войском через Кавказ и теперь находится на другом берегу Боспора Киммерийского (Керченского пролива), в Фанагории, то он послал ей приглашение явиться в назначенное время на берег. И когда жена явилась, то прямо у нее на глазах, на противоположном берегу пролива, по приказу царя был убит Ксифар, а тело его брошено непогребенным.
После того, как Евпатор обосновался на Боспоре и почувствовал себя достаточно уверенно, он послал к Помпею послов с предложением выплаты постоянной дани, если ему вернут Понт. Но римлянин был непреклонен, он требовал безоговорочной капитуляции и личного появления царя в его ставке, на что получил ответ Евпатора, который гласил, что пока он остается Митридатом, то никогда на это не согласится. Для дальнейшего урегулирования вопроса царь обещал прислать кого-то из своих сыновей и советников, но дальше этого дело не пошло и заглохло. Зато все свое внимание Митридат уделил другим мероприятиям — по всей стране ковали оружие, изготавливали доспехи, собирали метательные машины, а также проводили набор в вой\' ска. Брали не только свободных, но и рабов, а все население поголовно обложили новыми налогами, выколачивая деньги на грядущую войну. И все было бы ничего, но в этот ответственный момент царь заболел: