Переговоры об унии в Базеле начались с того, что византийцы потребовали созыва Вселенского Собора. Необходимость его проведения не вызвала ни у кого возражений. Разногласия возникли в связи с выбором места для его проведения. После дискуссий было решено утвердить представленный греками список городов Европы, где предполагалось провести объединительный Собор, решение же самого вопроса было отложено[262]. У греков была инструкция императора, согласно которой делегация должна была настаивать на Константинополе как месте проведения объединительного Собора, но эта просьба была решительно отвергнута базельцами. После дебатов византийцы вынуждены были согласиться с тем, чтобы Собор состоялся на Западе, но потребовали, чтобы Западная Церковь взяла все расходы по его проведению и доставке восточной делегации на себя[263].
После устранения всех шероховатостей и недомолвок кафигумен Исидор отслужил Божественную литургию, а 7 сентября 1434 года был принят декрет
Вскоре, 15 ноября того же года, к решениям Собора присоединился и папа Евгений IV. Но здесь внезапно вмешалось в дело событие, которое всех слегка вывело из равновесия. Дело в том, что император Иоанн не довольствовался переговорами с одними лишь базельцами, но без их ведома начал переговоры с папой. Пока в Базеле шли переговоры, в Константинополь от папы прибыл Христофор Гаратони[267], который, естественно, был тех же мыслей о Соборе, что и папа, и предлагал со стороны Евгения IV более выгодные условия, нежели могли предложить в Базеле.
В сложившейся ситуации император отправляет на Собор теперь уже второе посольство, состоящее из двух человек: Георгия и Мануила Дисипатов. Второму посольству были даны новые инструкции, по которым первой делегации следовало приостановить переговоры. Как раз эти инструкции и ввели всех в шоковое состояние. Послы сообщали, что император поддерживает предложение папы и настаивает на созыве Собора в Константинополе. Исидору, как духовному главе первой делегации, и его спутникам приказано изменить в этом смысле заключенные ими условия[268]. Однако ситуацию на этот раз спас не кто иной, как тот же папа Евгений IV. Он, желая оставаться верным обещаниям, которые дал, принимая 15 ноября Базельский декрет, и не желая единолично решать этот вопрос, предоставил его решение суду базельцев. Естественно, в этих условиях «грекам пришлось отказаться от Собора в Константинополе и согласиться на его созыв где-нибудь на Западе»[269]. Теперь оставалось лишь добиться утверждения выработанных условий у императора Иоанна VIII. После этого, 24 июня 1435 г.[270] делегаты разъехались, причем не вместе, а поодиночке. Исидор уехал, если доверять сообщению Иоанна Рагузанского, раньше всех, в Венецию, в сопровождении трех делегатов от Базельского Собора[271], миссия которых, видимо, состояла в довершении переговоров. Тот же автор считал Исидора противником Базельского Собора[272]. Из Венеции они отправились в Константинополь. До конца неизвестно, почему византийское посольство было вынуждено разделиться. Иоанн Рагузанский сообщает, что Исидор уехал, отделившись из-за чрезмерных амбиций со своей стороны. По какому поводу они разыгрались, он не указывает. Вероятно, среди членов первой и второй делегации произошел конфликт, поэтому, возможно, они и были вынуждены разъединиться[273].