Работая на Старой площади, Федоров быстро защитил докторскую диссертацию по проблемам функционирования международных рынков капиталов (кандидатская была написана им еще во времена пребывания в Госбанке) и стал одним из самых молодых докторов экономических наук России наряду с Егором Гайдаром и Сергеем Глазьевым.
Конечно, с одной стороны, следует признать, что сотруднику ЦК не столь уж трудно было защититься. Попробовал бы кто-нибудь из членов ученого совета кинуть столь влиятельной персоне «черный шар» — сильно пожалел бы. Но, с другой стороны, объективное сравнение книги Федорова, написанной на базе диссертационного исследования, с основной массой создававшихся тогда советскими экономистами трудов показывает, что Борис Григорьевич был уже посильнее академиков, сформировавшихся на описании мифических преимуществ социалистической системы хозяйствования.
Впрочем, диссертация в ту эпоху уже не имела практически никакого значения. Главное, что сделал Федоров за время работы в ЦК, — это президентская программа реформ. К концу 1989 г. стало ясно, что академик Леонид Абалкин — главный реформатор правительства Николая Рыжкова — не может представить по-настоящему серьезный документ. Его движение к рынку было слишком медленным, слишком осторожным, а потому в условиях быстро разваливающейся советской экономики уже совершенно бесперспективным. Федоров понимал, что реформа Рыжкова-Абалкина никогда на практике осуществлена не будет, а потому подбивал Анатолия Милюкова — своего коллегу по социально-экономическому отделу ЦК — написать вдвоем альтернативную концепцию. Такая концепция к концу 1989 г. появилась на свет и через помощника президента Николая Петракова была представлена самому Горбачеву.
Весной следующего года Милюков и Федоров под покровительством Петракова приступили к написанию официальной президентской программы на специальной «госдаче», где принято было работать над такого рода документами. Текст получился неплохой, однако Горбачев оказался не способен однозначно встать на сторону реформаторов. Президент СССР маневрировал, пытаясь сделать готовящиеся преобразования приемлемыми как для партийных консерваторов, так и для широких народных масс. Вскоре в этом маневрировании он должен был начать учитывать еще и позицию российского руководства, во главе которого оказался вдруг опальный Борис Ельцин.
Внезапно Федоров стал одним из членов этого руководства. Ему предложили должность министра финансов. Сегодня трудно представить себе, что столь высокий пост может достаться столь молодому человеку, не входящему в команду «хозяина». Но тогда в правительство России мало кто стремился. Ведь вся власть сосредоточивалась у союзного руководства.
Скорее всего, протекцию Федорову оказал Григорий Явлинский, занимавший пост российского вице-премьера и знавший нашего героя как сильного, профессионального экономиста. Собственно говоря, только с Явлинским Федоров мог в том правительстве серьезно обсуждать экономические проблемы. В целом же российский кабинет министров, подобранных по политическим, а не по профессиональным критериям, был малокомпетентен.
Правительство это ничем примечательным в истории страны не отметилось и рухнуло сразу же после путча-91, поскольку в новых условиях Ельцину понадобились люди, способные осуществить по-настоящему серьезные преобразования. Федоров же с Явлинским в 1990 г. прославились скорее не своей административной работой, а участием в написании знаменитой программы реформ «500 дней». Мало кто в стране знал их тогда как министра и вице-премьера, но все люди, интересующиеся политикой, слышали об экономистах, предложивших альтернативу непопулярному правительственному курсу.
Авторский коллектив «500 дней» сложился в соответствии с договоренностью Горбачева, который уже не доверял своему правительству, и Ельцина, который пока еще вынужден был доверять Горбачеву. Со стороны президента СССР в группу были делегированы Петраков и Федоров, со стороны российского лидера — Явлинский и его ближайшие помощники: Михаил Задорнов с Алексеем Михайловым. Из группы Абалкина ушел к молодым экономистам Евгений Ясин, приведший еще и своего аспиранта Сергея Алексашенко. А для того чтобы во главе всей этой сборной команды стоял человек, относительной независимый как от Горбачева, так и от Ельцина, пригласили академика Станислава Шаталина.
Программу «500 дней» сразу же стали назвать программой Шаталина-Явлинского, взяв имена двух наиболее известных в тот момент ее авторов. Однако они наряду с Петраковым скорее осуществляли общее руководство коллективом и «политическое прикрытие» в верхах. Текст же писали специалисты в конкретных областях экономики. Так, Федоров подготовил главный в условиях быстро нарастающей макроэкономической нестабильности раздел — финансы, кредит и внешнеэкономические связи.