В 1749 году в сильный паводок Яика вновь «Орская крепость потоплена, что жители едва могли с нуждой убраться. Строения все повредились, а особенно в оной находящаяся церковь». И летом 1749 года все постройки были перенесены на новое место. Под обычную застройку использовалась в основном только южная, примыкающая к горе, часть первоначальной крепости, а в 1751 году на горе Преображенской, на месте бывшей цитадели, была выстроена новая полукаменная церковь.
Орская крепость вплоть до 1746 года оставалась крупным торговым центром на юго-востоке России, о чем свидетельствует рост торговли с киргиз-кайсацкими (казахскими) Жузами и Средней Азией на ее Меновом дворе. В дальнейшем торговля упала в связи с развитием Оренбургского Менового двора. Но при этом Орск не терял значение торгового пункта, так как ближайшие торговые пути из Хивы и Бухары, а также из Зауралья в Оренбург и обратно проходили через Орскую крепость.
Укрепления крепости поддерживались в надлежащем состоянии вплоть до 1830-х годов, о чем писал П.И. Рычков в 1762 году в «Топографии Оренбургской губернии». «…Она поныне из новопостроенных крепостей, исключая новый Оренбург, лучше и регулярнее укреплена и снабжена достаточной артиллерией. Гарнизон ее состоит из двух рот драгунских и из половины пехотной, да из пятидесяти казаков, которые почти все иноверцы. И как она больше всех на полдень, следовательно в Киргиз-Кайсацкую степь выдалась, и Киргизцы обеих орд, то есть Меньшей и Средней, поблизости ее часто кочуют, то для их и для всяких заграничных дел всегда командир этой дистанции тут находится. Церковь в ней каменная во имя Преображения Господня, построенная на каменном круглом кургане, который имеет нарочитую вышку, из красных яшмовых камней состоит и называется Преображенской горой, отчего церковь со всех сторон весьма далеко видна и крепости немалое украшение причиняет. Жительства в ней и вне крепости дворов до трехсот». В это время Орская крепость была главной крепостью при Орской дистанции Верхне-Яицкой укрепленной линии. В ее подчинение входили 5 крепостей и 9 редутов.
В конце XVIII века Орская крепость была небольшим укреплением третьего разряда, не имеющим никаких наружных пристроек «могущих служить усилению обороны крепости». Она имела на горе полукаменную церковь, домов – 47, солдатских казарм – 3, других строений – 9. Всего жителей в крепости мужского пола – 129. В Форштадте, в котором жили вольнонаемные русские, казахи, татары, а также семьи солдат – 73 души. Казенные строения – комендантский дом, караульня, провиантский магазин, склад, артиллерийский цейхгауз – обветшали. Дома были деревянные, низкие, с окнами вовнутрь дворика и только дом коменданта был каменный.
Летом 1769 года в Орской крепости побывал академик Петр Симон Паллас – русский естествоиспытатель и путешественник.
В 1813 году Орская крепость насчитывала около 100 дворов.
С 1835 года в связи со строительством новой пограничной линии и переносом ее далее в казахскую степь, Орская крепость утрачивает свое значение как пограничный укрепленный пункт. С этого времени начинается период, длившийся почти полвека, который характеризуется тем, что Орская крепость, утратив свое чисто военное значение, в то же время утратила и значение основного «степного рынка» на восточных границах России. Статус крепости не дает развиваться Орску как гражданскому поселению с соответствующим развитием промышленности, ремесел, торговли; препятствует приросту населения.
На долгое время Орская крепость становиться местом транзитной торговли и местом ссылки неугодных правящему режиму людей. Здесь отбывали наказание некоторые члены декабристских обществ, участники польских восстаний, в том числе, Ян Виткевич (с июля 1824 года), который пробыл здесь несколько лет (впоследствии первый российский востоковед и первый посланник в Кабуле).
11 июня 1837 года Орскую крепость посетил русский поэт В.А. Жуковский, сопровождая наследника престола цесаревича Александра Николаевича (будущего царя Александра II) в его путешествии по России. Свои впечатления об Орской крепости поэт оставил в своем дневнике, где был дан и ее рисунок.
Более полутора лет из десяти, проведенных в ссылке в Оренбургском крае, великий украинский поэт Т.Г. Шевченко пробыл в Орской крепости (июнь 1847г. – май 1848г., 12 мая – 5 сентября 1850г.) рядовым под номером 191 третьей роты пятого линейного батальона.