Тем не менее централизованная система, на которую опирался Сухарто, плохо подходила для такой разнообразной страны, как Индонезия. Она состоит из 17 500 островов, протянувшихся с запада на восток на расстояние более 5000 км и населенных более чем 200 различными этническими группами. В 1960-х гг. Го Кенг Сви заявлял, что распад Индонезии практически неизбежен. Он признавал, что в этой рассредоточенной по архипелагу стране действуют иные силы, чем те которые могли бы проистекать из чувства единства, обусловленного общей культурой или историей.
Одним из факторов, позволивших предотвратить распад, стал язык, и в этом вопросе Сукарно, несмотря на все свои недостатки и эксцентричные выходки, сумел проявить дальновидность. В качестве государственного языка он выбрал малайский (который здесь называют индонезийским), а не яванский. При этом для выбора яванского языка имелось множество веских причин. Яванцы составляют самую многочисленную этническую группу в Индонезии. У них очень развитый язык, на котором написана самая древняя и богатая литература в стране. Сам Сукарно был яванцем по происхождению, и столица страны Джакарта, которая является не только ее политическим, но и ее экономическим и культурным центром, расположена на острове Ява. Но Сукарно понимал, что яванский не объединит нацию, поскольку для населения многих регионов Индонезии это чужой язык. Оно сочло бы это дискриминацией, и страна распалась бы на части. В то же время малайский уже был широко распространен как второй язык, так как это был язык моряков и коммерсантов, путешествовавших не только по стране, но и по всей Юго-Восточной Азии. Сукарно выбрал малайский государственным языком и постановил, что отныне во всех школах обучение будет вестись на малайском, а местный язык или диалект будет преподаваться в качестве второго языка. В результате сегодня люди во всей стране понимают друг друга. Это было гениальное решение и величайший дар Сукарно Индонезии.
Однако одного только общего языка было недостаточно. Сухарто сохранял единство страны при помощи жесткой военной силы, беспощадно подавляя любые мятежи, как, например, в провинции Ачех. Но силовые методы работали только до поры до времени. Постепенно ситуация изменилась. В последние дни своего президентства Сухарто попытался приказать командующему армией, генералу Виранто, подавить восстание студентов и рабочих. Но Виранто отказался, поскольку хорошо понимал ограниченные возможности силовых акций. Когда Хабиби сменил Сухарто на посту президента, возникла реальная опасность того, что сепаратистские движения постараются воспользоваться изменением политической ситуации и начнут рвать страну на части.
Правительство Хабиби видело один выход: пойти по пути регионализации. Но вместо того чтобы передать власть 30 или около того провинциям, которые со временем могли бы почувствовать силу и потребовать независимости, Джакарта переиграла местные элиты, объявив, что основными единицами управления становятся 300 округов и муниципалитетов. Позже, в 2004 г., правительство признало недостатки такого подхода и приняло законы, восстанавливающие иерархические отношения между провинциями и округами. Тем не менее после 2001 г. каждый регион получил широчайшие полномочия по решению вопросов местного значения в таких сферах, как здравоохранение, образование, гражданское строительство, сельское хозяйство, транспорт, торговля, окружающая среда, труд и т. д. Полномочия по лицензированию инвестиционной деятельности также были делегированы местным органам власти, за исключением таких секторов, как нефть, газ и радиоактивные материалы. Вероятно, свою роль сыграл и тот факт, что президент Хабиби был не яванцем, а уроженцем провинции Южный Сулавеси. Если бы на смену Сухарто также пришел яванец, он бы, скорее всего, сохранил существующую централизованную систему по крайней мере еще на какое-то время. Но Хабиби 20 лет учился и работал в Германии — стране с федеральной, а не унитарной формой устройства — и был впечатлен ее успехами. К счастью, Абдуррахман Вахид, ставший президентом Индонезии в конце 1999 г., был согласен с курсом, выбранным его предшественником, и сделал все возможное для того, чтобы претворить эти законы в жизнь. В докладе Всемирного банка о процессе регионализации Индонезии говорится, что начиная с 2001 г. две трети всех государственных служащих, ранее подчинявшихся напрямую центральному правительству, перешли в подчинение местных органов власти, и в ведение местных властей было передано более 16 000 объектов, включая школы и больницы.