Военный лексикон пополнился новым словом — «переговоры», хотя далеко не каждому легко произнести его. Поводом для переговоров, а также для передачи оружия командиром Кутоанганом президенту Маркосу послужил указ президента от 11 января 1973 года, согласно которому объявлялась амнистия тем, кто выступал против правительства в защиту своих религиозных или политических взглядов. 28 июня 1974 года президент подтвердил свою позицию другим документом, заявив следующее: «…полная и абсолютная амнистия всем мусульманам Филиппин, которые участвовали в повстанческом движении, вели военные действия с целью отделения каких-либо территорий от государства, вели преступную деятельность по отношению к правительству, совершали акты предательства в провинциях Котабато, Султан Кударат, Магинданао, Южный Ланао, Северный Ланао, Басилан, Сулу, Тавитави и в городах Котабато, Хенераль-Сантос, Илиган, Марави, Замбоанга, Пагадиан, Диполог и Дапитан, подпадающих под существующие законы, а также мусульманам, которые оказывали сопротивление законным властям Республики Филиппины, но сдали свое оружие…»
Социально-экономическое развитие севера и юга Филиппин на протяжении многих столетий имело различное направление. Испанскому колониальному режиму никогда не удавалось до конца покорить юг. В 1596 году патриоты из Буайяна убили испанского губернатора острова Минданао, и испанцы вынуждены были оставить свои форпосты в местах, населенных мусульманами. Но конкистадоры не смогли примириться с этим и, завладев страной, вновь и вновь предпринимали попытки поставить мусульман на колени. Они захватывали их торговые суда, нападали на деревни и сжигали их, убивая каждого десятого жителя. Жестокие войны, которые испанцы вели с мусульманами, вошли в историю под названием «мусульманских». При этом они стремились не только поработить южные султанаты, но и насильственно обратить мусульман в христианство, искоренить ислам. Таким образом, защита земли и имущества, защита семьи и родины тесно сплелись в сознании мусульман с защитой ислама. А борьба за защиту отечества стала священным долгом мусульман.
Кампанию, которую испанские священники развернули в 1876 году против населения острова Холо, манильская пресса охарактеризовала как «священную войну». Одним из самых коварных способов воздействия на сознание в духе, враждебном филиппинским мусульманам, во второй половине XIX века были инспирированные манильским духовенством так называемые «моро-моро» — пьесы, в которых изображались «зверства» мусульман. Цель их — посеять раздор, и небезуспешно, между мусульманами и все более христианизирующимся населением севера.
Так и продолжалась столетиями эта изнурительная для мусульман борьба за независимость. Испанские колонизаторы силой вербовали на военную службу рекрутов на острове Лусон, а затем принуждали их совершать «карательные экспедиции» против мусульман на юге. Мусульмане в отместку устраивали походы на север. На винтах — легких парусниках — они доходили даже до берегов Лусона.
С приходом на Филиппины колониализма обстановка в стране не стала спокойнее. Хотя американские методы господства были более эффективны, чем испанские, тем не менее здесь продолжались те же тенденции: на административных должностях на юге американцы использовали филиппинцев с севера.
Филиппинцы-мусульмане юга доверчиво заключали с американцами всевозможные договоры, и США управляли ими теперь при помощи филиппинцев-католиков. Одновременно начался незаконный захват земель при посредничестве крупных филиппинских помещиков, которые фантастически обогащались, обирая в союзе с колонизаторами южан.
Из сказанного выше понятно, что в так называемой проблеме Минданао главное — вовсе не религиозный конфликт, а классовая проблема, завуалированная религиозными разногласиями. Суть проблемы еще более обнажилась после 1946 года, то есть после достижения страной независимости, когда положение на юге стало крайне напряженным в связи с захватом земель на Минданао крупными землевладельцами и махинациями буржуазии. Режим, господствовавший на Филиппинах в 60-х годах, использовал Минданао в качестве отдушины для накопившегося недовольства и организовал переселение на «райские» южные острова безземельных филиппинцев с севера. Столкновения оказались неизбежными, тем более что разница в социально-экономическом развитии севера и юга Филиппин становилась все более явственной.
На южные острова прибывало все больше народу с островов Лусон и Бисайских. Доля мусульманского населения на юге сокращалась. Многие мусульмане опасались, что будут насильственно изгнаны с земли своих предков.