Дальнейшее продолжение похода не соответствовало, однако, его блестящему началу. Удвоенным напряжением сил Бибулу удалось несколько исправить свою первоначальную оплошность. Он не только захватил около тридцати возвращавшихся транспортных судов, которые были сожжены по его приказанию вместе со всем, что на них находилось, но и организовал вдоль всего занятого Цезарем побережья, от острова Сазона (Сазено) до керкирских гаваней, самую бдительную сторожевую службу, как ни затруднена она была суровым временем года и необходимостью доставлять сторожевым судам все необходимое, даже дрова и воду, из Керкиры; преемник его Либон — Бибул вскоре умер от чрезмерного напряжения сил — блокировал даже одно время брундизийскую гавань, пока, наконец, недостаток в воде не прогнал его с маленького острова, на котором он укрепился. Военачальники Цезаря не могли доставить своему главнокомандующему второй транспорт войск. Взять Диррахий ему тоже не удалось. Помпей, узнав от одного из эмиссаров Цезаря об его приготовлениях к высадке на эпирском берегу и ускоривший вследствие этого переход, как раз вовремя занял этот важный военный пункт.
Положение Цезаря было критическое. Хотя он и занял Эпир, насколько позволяли его незначительные военные силы, снабжение оставалось все-таки затруднительным и необеспеченным, между тем как враги, обладая диррахийскими складами и господствуя на море, пользовались обилием во всем. Со своим войском, немногим превышавшим 20 тыс. человек, он не мог дать сражения армии Помпея, по крайней мере вдвое более многочисленной, а должен был считать для себя счастьем, что Помпей действовал методически и, вместо того чтобы немедленно заставить Цезаря сразиться с ним, расположился на зимних квартирах между Диррахием и Аполлонией на правом берегу Апса, как раз напротив Цезаря, стоявшего на левом берегу, с тем чтобы весной, после прибытия легионов из Пергама, победить врага непреодолимым превосходством сил. Так проходили месяцы. Если наступление лучшего времени года, которое должно было дать врагу возможность получить значительное подкрепление и свободно пользоваться своим флотом, застало бы Цезаря все в том же положении, то стиснутый со своим небольшим отрядом в эпирских скалах между сухопутным войском, которое было втрое сильнее его, и громадным флотом, он был бы, по-видимому, обречен, а зима уже подходила к концу. Все надежды возлагались все еще на транспортный флот; едва ли можно было ожидать, чтобы ему удалось проскользнуть и прорваться через блокаду; но после первого смелого натиска необходим был и второй, такой же отважный поступок. Насколько самому Цезарю его положение казалось отчаянным, видно из его решения отправиться (так как его суда все не прибывали) одному на рыбачьей барке по Адриатическому морю в Брундизий, чтобы привести флот; это не было приведено в исполнение, потому что не нашлось ни одного моряка, который согласился бы на такое отчаянное путешествие.
Но личного появления Цезаря не понадобилось, чтобы убедить преданного воина, командовавшего в Италии, Марка Антония, сделать эту попытку для спасения своего начальника. Вторично отплыл из Брундизия транспортный флот с четырьмя легионами и 800 всадниками, и сильный южный ветер помог ему счастливо миновать галеры Либона. Но тот же ветер, который спас флот, помешал ему причалить, как было приказано, к аполлонийскому берегу и заставил его, миновав лагерь Цезаря и Помпея, направиться севернее Диррахия в Лисс, город, который, к счастью, был еще на стороне Цезаря.