Военными приготовлениями в македонском лагере руководил главнокомандующий Помпей. Его всегда трудное и стесненное положение еще больше ухудшилось из-за несчастных событий 705 г. [49 г.]. В глазах его приверженцев вина падала, главным образом, на него. Это было несправедливо во многих отношениях. Значительную часть понесенных неудач надо было отнести за счет бездарности и непокорности низших военачальников, в особенности консула Лентула и Луция Домиция. С той минуты, как Помпей стал во главе армии, он руководил ею мужественно и искусно и во всяком случае спас от гибели крупные силы; было бы несправедливо ставить ему в упрек, что он не мог сравниться с признанным всеми выдающимся гением Цезаря. Тем не менее успех решал дело. Уповая на своего полководца Помпея, конституционная партия порвала с Цезарем; гибельные последствия этого разрыва были, конечно, приписаны тому же Помпею и, хотя вследствие явной неспособности всех остальных военачальников не было сделано ни одной попытки сменить главнокомандующего, доверие к нему все же пошатнулось. К этим последствиям перенесенных поражений присоединилось еще вредное влияние эмиграции. Среди прибывавших беглецов были, правда, хорошие солдаты и способные офицеры, в особенности из прежней испанской армии; но число людей, приехавших сюда, чтобы служить и сражаться, было так же незначительно, как страшно велико было число аристократических генералов, называвших себя с таким же правом, как Помпей, проконсулами и императорами, и число знатных господ, более или менее неохотно состоявших на действительной военной службе. Они занесли в лагерь столичный образ жизни, что не принесло пользы войскам. Палатки подобных господ напоминали изящные беседки; стены были украшены ветками, пол нарядно покрыт свежей травой; на столе стояла серебряная утварь, и нередко даже среди бела дня кубок переходил из рук в руки. Эти изящные воины представляли резкий контраст с неприхотливыми бойцами Цезаря и с ужасом отворачивались от черного хлеба, который те употребляли в пищу, заменяя его в случае необходимости даже кореньями и клянясь скорее грызть древесную кору, чем отступить от врага. Если, далее, неизбежная зависимость от коллегиального, лично ему враждебного учреждения уже сама по себе стесняла деятельность Помпея, то затруднение это усилилось в значительной степени, когда эмигрантский сенат стал заседать чуть не в самой главной квартире и весь яд эмиграции стал изливаться на этих сенатских заседаниях. Не было ни одной выдающейся личности, которая могла бы противопоставить себя всем этим нелепостям. Сам Помпей был для этого слишком ничтожен в умственном отношении, слишком нерешителен, неповоротлив и скрытен. Марк Катон имел бы по крайней мере необходимый для этого моральный авторитет, и он готов был поддержать Помпея своим авторитетом, но, вместо того чтобы призвать его на помощь, Помпей с ревнивой недоверчивостью отстранил его и предпочел передать, например, начальство над флотом, имевшее такое важное значение, неспособному во всех отношениях Бибулу, а не Катону.
Если Помпей и выполнял свои политические функции со своей обычной бессмысленностью и продолжал портить то, что уже было испорчено, то он зато с похвальным рвением взялся за выполнение своей обязанности — организации значительных, но расстроенных военных сил своей партии.
Ядро их состояло из привезенных им из Италии войск, которые по присоединении к ним иллирийских военнопленных и проживавших в Греции римлян составили пять легионов. Три других легиона прибыли с Востока — два сирийских, составленных из остатков армии Красса, и один, составленный из двух слабых отрядов, до этого стоявших в Киликии. Ничто не мешало Помпею вывести эти несшие гарнизонную службу войска из провинции, так как, с одной стороны, помпеянцы имели соглашение с парфянами и даже могли бы заключить с ними союз, если бы только Помпей с негодованием не отказался внести требуемую за это плату, а именно, уступить присоединенную им к римскому государству сирийскую область, с другой стороны, план Цезаря послать в Сирию два легиона и опять поднять иудеев с помощью находившегося в Риме в плену их царя Аристобула был расстроен отчасти из-за смерти Аристобула, отчасти по другим причинам. Далее, был составлен легион из поселенных на Крите и в Македонии выслуживших срок солдат, а из малоазийских римлян было составлено еще два легиона. К этому присоединилось 2 тыс. добровольцев из остатков испанских кадровых отрядов и из других подобных же источников и, наконец, контингенты римских подданных. Подобно Цезарю, и Помпей не хотел набирать из них пехоту; только для защиты берегов было созвано эпирское, этолийское и фракийское ополчение, и, кроме того, в состав легковооруженных войск было принято 3 тыс. греческих и малоазийских стрелков и 1 200 метателей копий.