Наконец, прибыли долгожданные подкрепления. Митрадат Пергамский, опытный воин школы Митрадата Эвпатора, побочным сыном которого он себя называл, вел по сухому пути из Сирии армию, составленную из разнообразных элементов: из итиреев ливанского князя, бедуинов Ямвлиха, сына Сампсикерама, иудеев во главе с министром Антипатром, — вообще из контингентов мелких владетелей и общин Киликии и Сирии. Из Пелузия, которым Митрадату удалось завладеть в день прибытия, он продвинулся по большой дороге к Мемфису, чтобы избежать пересеченной местности на нильской дельте и перейти Нил до его разветвления; при этом его войско не раз получало поддержку со стороны иудеев, в большом количестве поселившихся в этой части Египта. Египтяне, во главе которых стоял теперь молодой царь Птолемей, отпущенный Цезарем к его народу в напрасной надежде ослабить при его помощи восстание, выслали войска к Нилу, чтобы задержать Митрадата на противоположном берегу реки. Это войско еще по ту сторону Мемфиса, у так называемого иудейского лагеря, между Онием и Гелиополем, встретилось с неприятелем; но Митрадат, привыкший маневрировать и защищаться по римскому образцу, после удачных схваток перешел на другой берег реки у Мемфиса, Цезарь же, как только получил известие о прибытии подкреплений, направил часть своих войск на судах к краю Мареотидского озера, на запад от Александрии, и обошел вокруг него, затем двинулся берегом Нила навстречу приближающемуся Митрадату. Обе армии соединились, и неприятель даже не попытался помешать этому.
Цезарь вступил в дельту, куда тем временем отошел царь, и, несмотря на глубокий канал, находившийся перед фронтом египтян, отбросил их авангард с первого же натиска и вслед за этим начал штурмовать египетский лагерь, расположенный у подножия возвышенности между Нилом, отделенным от нее только узкой дорогой и труднопроходимыми болотами. Цезарь приказал войскам ринуться одновременно с фронта и сбоку по дороге у Нила на лагерь и во время этого штурма незаметно повел третий отряд на возвышенность за лагерем. Победа была полная; лагерь был взят; те египтяне, которые не погибли под ударами неприятельских мечей, утонули, пытаясь доплыть до судов нильского флота. В одной из лодок, переполненных народом и пошедших ко дну, был молодой царь, погибший в волнах родной реки.
Прямо с поля битвы Цезарь двинулся со стороны материка, во главе своей конницы, в занятую египтянами часть столицы. В траурных одеждах, держа в руках изображения своих богов, встретили его враги, моля о мире; его же сторонники, увидев, что он победоносно возвращается не с той стороны, откуда он ушел, встретили его с безграничным ликованием. Судьба города, который осмелился помешать приведению в исполнение планов властителя вселенной и едва не довел его до гибели, была в руках Цезаря, но, как настоящий правитель, он не был злопамятен и обошелся с александрийцами так же, как с массалиотами. Цезарь указал гражданам на их сильно разоренный город, лишившийся, в то время когда горел флот, и хлебных запасов, и знаменитой библиотеки, и других важнейших зданий; он убеждал жителей впредь заняться исключительно искусством и ремеслами и стараться залечить раны, которые они сами себе нанесли; он довольствовался тем, что признал за проживавшими в Александрии иудеями такие же права, какими пользовалось греческое население города, а вместо прежней римской оккупационной армии, повиновавшейся, по крайней мере на словах, египетским царям, оставил в Александрии настоящий римский гарнизон, состоявший из двух уже находившихся здесь легионов и третьего, прибывшего позже из Сирии; во главе этого гарнизона был поставлен лично назначенный Цезарем начальник. На этот ответственный пост был умышленно избран человек, происхождение которого не позволяло ему злоупотреблять своей властью, — Руфион, опытный воин, но сын вольноотпущенника. Правление Египтом под главенством Рима было вверено Клеопатре и ее младшему брату Птолемею. Для того чтобы принцесса Арсиноя не могла давать повода к восстанию египтянам, которые как истые дети Востока были преданы династии, но совершенно равнодушны к отдельным ее представителям, она была отвезена в Италию; Кипр снова стал частью римской провинции Киликии.