В Иллирии также происходили во время пребывания Цезаря в Египте очень серьезные события. Далматийское побережье уже в течение многих веков было больным местом римского государства, а население его находилось во вражде с Цезарем еще со времен боев под Диррахием; в стране было множество бежавших туда еще с фессалийской войны помпеянцев. Однако Квинт Корнифиций с пришедшими из Италии легионами сумел держать в повиновении как жителей страны, так и беглецов и вместе с тем выполнить трудное в этих диких местах задание снабжения войска продовольствием. Даже когда даровитый Марк Октавий, победитель при Курикте, появился в этих водах с частью Помпеева флота, чтобы руководить на море и на суше войной против Цезаря, Корнифиций, опираясь на корабли и на гавань ядестинов (Зара), не только сумел удержаться, но даже выиграл несколько сражений на море с флотом противника. Но, когда зимой 706/707 г. [48/47 г.] новый иллирийский наместник Авл Габиний, возвращенный Цезарем из ссылки, прибыл в Иллирию сухим путем с пятнадцатью когортами и 3 тыс. всадников, вся система ведения войны изменилась. Вместо того чтобы, как его предшественник, ограничиться малой войной, этот смелый, деятельный человек немедленно предпринял, несмотря на суровое время года, экспедицию в горы со всем своим войском. Однако неблагоприятная погода, трудность добывания продовольствия и мужественное сопротивление далматов изнурили войска; Габиний должен был начать отступление, был застигнут далматами, постыдно разбит и с трудом добрался с жалкими остатками своей значительной армии до Салон, где он вскоре после этого и умер. Большинство иллирийских приморских городов после этого сдалось флоту Октавия; те же, кто держал сторону Цезаря, как, например, Салоны и Эпидавр (Ragusa Vecchia), были так стеснены на море флотом, а на суше варварами, что капитуляция находящихся в Салонах остатков войска казалась уже недалекой. Тогда комендант брундизийских складов, энергичный Публий Ватиний, велел, за неимением военных судов, снабдить корабельными носами обыкновенные лодки и посадить на них солдат, выпущенных из лазаретов, и с этим импровизированным военным флотом близ острова Тавриса (Торкола, между Лелиной и Курцолой) дал флоту Октавия, значительно превосходившему его силами, сражение, в котором, как это нередко бывает, мужество предводителя и солдат вознаградило за все недостатки судов, и цезарианцы одержали блестящую победу. Марк Октавий покинул эти воды и удалился в Африку весной 707 г. [47 г.]. Далматы оборонялись еще, правда, с большим упорством в течение многих лет, но это было уже не что иное, как местная горная война. Когда Цезарь вернулся из Египта, энергичный его помощник уже устранил грозившую Иллирии опасность.
Тем серьезнее были дела в Африке, где с начала гражданской войны конституционная партия господствовала неограниченно и где власть ее постоянно усиливалась. До фарсальской битвы здесь, собственно, правил царь Юба; он одержал верх над Курионом, и вся сила войска заключалась в его легкой коннице и бесчисленных стрелках; наместник Помпея Вар играл рядом с ним такую второстепенную роль, что был вынужден даже выдать царю сдавшихся ему солдат Куриона и смотреть на то, как их казнили или ссылали внутрь Нумидии. Все это изменилось со времени фарсальского сражения. О бегстве к парфянам не думал, кроме самого Помпея, ни один из выдающихся членов разгромленной партии. Так же мало попыток делалось и к тому, чтобы удержать соединенными силами власть на море; экспедиция Марка Октавия в иллирийских водах оставалась одиночным явлением и не имела прочного успеха. Значительное большинство как республиканцев, так и помпеянцев направилось к Африке, — единственному месту, где еще возможна была достойная и законная борьба против узурпатора. Там мало-помалу объединились остатки армии, разбитой при Фарсале, гарнизонные войска из Диррахия, Керкиры и Пелопоннеса и остатки иллирийского флота; туда же прибыл второй главнокомандующий Метелл Сципион, оба сына Помпея, Гней и Секст, политический вождь республиканцев Марк Катон, храбрые военачальники Лабиен, Афраний, Петрей, Октавий и другие. Хотя силы эмиграции уменьшились, ее фанатизм, насколько это было возможно, увеличился. Не только пленных, но даже и парламентеров Цезаря продолжали убивать, а царь Юба, в котором озлобление сторонника партии сливалось с яростью полуварвара-африканца, установил правило, чтобы во всякой общине, подозреваемой в симпатиях к неприятелю, город сжигался, а граждане предавались истреблению, и, действительно, применил эту теорию на практике по отношению к некоторым местностям, как, например, к злосчастной Ваге близ Гадрумета. Если главному городу провинции, цветущей Утике, на которую, как некогда на Карфаген, давно уже завистливо поглядывали нумидийские цари, не пришлось испытать подобного же обращения со стороны царя Юбы, и относительно его граждан, не без основания обвиняемых в симпатии к Цезарю, ограничились одними мерами предосторожности, то этим они были обязаны только энергичному вмешательству Катона.