Обитель обустроили в Биргу, защищенном земляными укреплениями, а не крепостными валами. Обержи, размещенные в небольших домах, по причинам экономии занимали только молодые рыцари, которые спали в общих дормиториях. Командорам приходилось самим покупать себе дома с доходов или трофеев, хотя они должны были каждый день посещать службу и читать положенные молитвы и обедать «в зале» трижды в неделю. Выходя за пределы обители, братья надевали облачение только на официальные мероприятия, однако их новая форма не давала забыть о религии – черный камзол с нашитым белым льняным крестом и белый эмалированный крест, который носили на шее. Разрозненные здания созданной наскоро обители не были объединены коллахием, и там были неизвестны ни распутство, ни дуэли. За серьезные проступки нарушителя заключали в особенно мрачные донжоны Святого Антония или исключали из ордена. Когда английский брат убил свою любовницу-мальтийку и в то же время одного капеллана-новобранца поймали на краже драгоценных камней из храма Богоматери Филермской, эту жалкую пару связанными сунули в мешки, отвезли в море на лодке и сбросили за борт. В 1532 году камергер приора Рима убил провансальского рыцаря на дуэли; разразился скандал и даже ожесточенная уличная драка между французским, итальянским и испанским лангом. Кочевая жизнь разбередила орден.
В 1534 году потрепанный жизнью Великий магистр де л’Иль-Адам в возрасте уже за 75 умер. До самой смерти он тосковал о Родосе и оставил после себя значительный флот. Основным боевым кораблем оставалась галера, которая лучше всего годилась для тактики небольшой флотилии: быстрая атака и отход. Огромная каракка ордена с тупым носом, четырьмя мачтами и четырехугольными парусами иногда сопровождала караваны. В основном ее задачей была охрана и сопровождение ценного груза или важного посольства. Во время плавания из Кандии в Мессину в 1523 году брат Уильям Вестон управлял таким судном, способным перевозить 500 человек с провиантом на 6 месяцев. Его корпус был обшит свинцом от пушечных ядер, как и у шестипалубной, 1700-тонной «Санта-Анны», построенной для ордена в 1530 году. Среди прочих кораблей были бригантины – легкие, беспалубные двухмачтовики с четырехугольными парусами, пригодные для перевозки войск, а также целый сонм фелук, тартан и саэтт (кораблей с косыми парусами), которые высматривали добычу для галер. Хотя братья давали обет бедности, им разрешали брать свою долю денежной добычи – спольо, хотя их состояние, за исключением одной пятой, которую они имели право завещать, после смерти отходило ордену. В затрудненных обстоятельствах обитель продавала рыцарям право оснащать свои собственные галеры.
В 1535 году император атаковал Тунис, недавно захваченный Хайреддином Барбароссой, деем Алжира. Его кораблями командовал грозный Андреа Дориа, а орден прислал четыре галеры, большую каракку и восемнадцать бригантин под началом своего вице-адмирала Оттавио Боттиджелы, приора Пизы. Хотя гарнизон включал 6 тысяч турок, христиане во главе с рыцарями вскоре штурмовали Голетту, а как только Барбаросса выступил из Туниса, несколько братьев среди пленных (во главе с Паоло Симеони, героем Лероса) разделались со своими тюремщиками и захватили цитадель, после чего мусульманская армия за стенами бежала, и Симеони открыл ворота императорским войскам. Братья устроили для Карла торжественный пир на борту «Санта-Анны»; найдя великолепие их столовой утвари и дух роскоши безнравственными, он саркастически пробормотал: «Что же они делают ради Бога?» Боттиджела ответил: «Они предстают перед Богом без оружия и формы, в сандалиях, в простой одежде и власянице, и не стоят, а простираются ниц. Если бы ваше величество вступили в орден, вам дали бы место на хорах, черный капюшон и розарий».