Каждый год все больше турецких корсаров совершали набеги на Средиземноморское побережье, чуть ли не до самого Вечного города. Триполи находился в особой опасности, и уже в 1551 году иоанниты рассматривали перенос обители в это скопление оазисов в окружении обжигающего песка и каменистых холмов. Самым страшным корсаром теперь был Тургут-реис, который обосновался в Махдии между Тунисом и Триполи, где так донимал христиан, что в 1550 году император выслал экспедицию с 140 братьями, чтобы выжечь это осиное гнездо. Тургут, прозванный «обнаженным мечом ислама», поклялся отомстить. В июле 1551 года он бросил якорь у Марсамшетта. Биргу был слишком силен, и потому корсар осадил Мдину и опустошил остров. Туркопольер Николас Аптон, с надеждой назначенный после смерти Генриха VIII, выступил с 30 рыцарями и 400 всадниками из местных жителей и нанес Тургуту тяжелый удар; победа омрачилась смертью Аптона, ужасно тучного человека, от теплового удара. Тогда корсар отправился в Триполи, где небольшой гарнизон изнемогал от жары в обветшалом замке. Его начальник, маршал Гаспар де Валье, храбро сражался, но не дождался ни подмоги, ни даже гонца и тогда сдался. Вернувшись в обитель, он встретил холодный прием. Там его раскритиковал Великий магистр д’Омедес, поддавшийся старческой злобе, и маршала исключили из ордена и посадили в тюрьму; если бы один отважный рыцарь не вступился за него, разъяренный старик его бы обезглавил.
И все же караваны становились все успешнее. Военно-морская иерархия ордена приняла свою окончательную форму во главе с гранд-адмиралом, иногда его представлял вице-адмирал, и капитан-генералом галер. Патронам, теперь называвшимся капитанами, помогали лейтенант и шкипер, который был нанятым служащим, моряком. Мусульманские купцы боялись Строцци и Ромегаса не меньше, чем христианские – Тургута. Леоне Строцци назначили капитан-генералом еще в юности, но затем он оставил орден, чтобы сражаться против Карла V, после того как его отец, заключенный императором в тюрьму, покончил с собой. Человек желчный и сварливый, он в конце концов был вынужден уехать из Франции, но Омедес отказался принимать этого буяна, который сделался кондотьером и говорил, что «один Бог» ему друг. Небольшая флотилия Строцци стала притчей во языцех, ибо он был превосходным моряком, который ничего не боялся, и орден с радостью снова принял его, как только он обратился с такою просьбой; но затем брат Леоне снова отправился вести вендетту с Медичи и умер во время тайного рейда на тосканское побережье. В своих «Мемуарах» Бенвенуто Челлини говорит о Строцци так: «Этот превосходный офицер был одним из величайших людей века, в котором жил, и в то же время одним из несчастнейших». Он жил в одно время с тем свирепым солдатом Блезом де Монлюком, которого приор Капуи называл «одним из храбрейших людей, которые за сто последних лет выходили в море». Самым знаменитым моряком ордена был Матюрен д’О де Леско Ромегас, у которого не было ни единого случая в жизни, чтобы он атаковал вражеский корабль и при этом не захватил или не потопил его. Он часто в одиночку завязывал бой с дюжиной турецких судов. Он был непобедим. Ночью 23 сентября 1555 года на Мальту налетела ужасная буря, потопив все корабли в Большой гавани. На следующее утро со стороны киля галеры Ромегаса, которая плавала днищем вверх, послышался стук; доски отодрали, и оттуда выбралась корабельная мартышка, а уже за нею доблестный капитан.