На Родосе окончательно сложилась иерархическая структура ордена иоаннитов. Великий Магистр избирался пожизненно рыцарями – выборщиками, находившимися в Ордене не менее тринадцати лет и воевавшими не мене трех лет. Совместно с восемью столпами – начальниками «языков» Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии. Великий Магистр руководил Советом и Священным Капитулом Ордена. Столп Франции и Великий Госпитальер считался первым заместителем Великого Магистра. Столп Прованса считался казначеем Ордена, столп Арагона – интендантом. Столп Кастилии и Великий Канцлер являлся министром иностранных дел и хранителем архива. Столп Оверни и Великий Маршал командовал орденской пехотой, столп Англии – кавалерией. Столп Германии и Великий Бальи был главным фортификатором. Позднее в Ордене была введена должность Главного санитара – инфермерария. Столп Италии и Великий адмирал командовал орденским флотом. В 1448 году папа Николай V в очередной раз признал юрисдикцию Ордена родосских рыцарей над его территорией, независимость иоаннитов от властей, право обмена посольствами с другими странами, право чеканить монету и взимать налоги. Эти права подтверждались папами Пием II (1458-1464) и Иннокентием VIII (1484-1492). Орден родосских рыцарей в духовно-религиозных вопросах подчинялся Святому Престолу и в решении политических и светских проблем был совершенно независим.
На Родосе рыцари создали великолепный военно-морской флот, использовав лучшие достижения моряков всего мира. Были построены большие галеры с обшивной броней и пятьюдесятью гребцами в двух рядах. На галере находились несколько рыцарей и двести солдат. Иоанниты в морском бою использовали знаменитый греческий огонь, горючую смесь из нефти и серы. Самый большой корабль иоаннитов «Святая Анна», построенный в XV веке, по праву называли первым броненосцем. Иоанниты сражались с мамелюками, совершали рейды на сирийское и ливанское побережье.
В 1310 году флот родосских рыцарей разгромил у острова Аморгоса, находившегося в ста пятидесяти километрах от Родоса, турецкую флотилию нового Османского государства, образованного в 1299 году Осман-беем и Орхан-беем. Через восемь лет у острова Хиос рыцари просто разогнали по морю восемьдесят турецких судов. В 1320 году тридцать рыцарских кораблей отбросили восемьдесят турецких судов, попытавшихся высадить на Родосе десант. В 1347 году флот иоаннитов в сражении при острове Имроз разгромил турецкий флот из ста судов. В 1365 году иоанниты в союзе с войсками кипрского правителя Пьера да Лузиньяна участвовали в разгроме египетского флота и взятия Александрии. Иоанниты совершали рейды на города Леванта, Малой Азии, Египта, постоянно увеличивая свою военную мощь.
В 1440 году рыцари отбросили от Родоса десант египетского султана, потеряв в десять раз меньше воинов, чем египтяне. В 1140 году рыцари снова отбились от египтян, выдержав сорокадневную осаду двадцатитысячной армии, осадившей столицу Родоса. Египетский флот сумел блокировать родосские гавани, но неоднократные штурмы египтян к успеху не привели.
Султан поклялся разорить Родос, но в 1448 году иоанниты подписали мирный договор с Египтом.
В 1453 году в результате длительной осады и кровавого штурма войска турецкого султана Мехмеда II взяли Константинополь и уничтожили Византийскую империю. Через год Мехмед потребовал от родосских рыцарей ежегодной уплаты большой дани в две тысячи дукатов. Турецкому послу ответили, что Орден иоаннитов состоит из военных монахов, а Родос приобретен рыцарской кровью. Орден с радостью готов посвятить жизни своих рыцарей на защиту христианского острова. Султан пришел в ярость и объявил войну Родосу. Тридцать турецких галер высадили большой десант на родосский берег. Рыцари подождали, пока высадятся все солдаты и стерли их с земли острова.
Рыцари начали активно укреплять Родос. Готовясь к турецкому нашествию, иоанниты построили много укреплений. Со стороны моря была построена стометровая стена высотой до десяти метров, выкопаны рвы.
В 1479 году турецкому султану было передано письмо Великого Магистра иоаннитов француза Пьера д’Обюссона. Орден требовал от Турции прекратить нападения на Родос и его острова. 23 мая 1480 года семидесятитысячная турецкая армия подошла к острову и попыталась захватить его. Турки начали высаживаться в заливе Трианда. На Родосе их встречали.
Великий Магистр полностью приготовил владения Ордена к битве. На его призыв со всей Европы на Родос собрались рыцари – иоанниты. Первый турецкий десант был сброшен в море. Турки попытались высадиться на родосские острова, но их отбили опять. С двухсот судов в гавани Фиско на Родос высадились семьдесят тысяч турок с осадной артиллерией. От них отбивались шестьсот рыцарей и несколько тысяч родоссцев. Турки овладели горой Святого Стефана и потребовали сдачи.