Приступы повторились 18,19,20 и 24 августа, и все разы они кончались полнейшим истощением обеих сторон. Ла Валетт, несмотря на свои 70 лет, обнаруживал истинно изумительную деятельность; не боясь никакой опасности, он показывался на опаснейших местах и распоряжался везде, где надо было ободрить сражающихся, причем, хотя был ранен, принимал участие в схватке.
По отступлении турок на всем острове осталось под оружием едва 600 защитников, почти все переранены».
Мальтийский орден стали называть морским щитом Европы, а Бирга получила название «Чита Витториза» – «город Победы».
В 1566 году султан вторично приказал штурмовать Мальту, но поход не состоялся. Перед отплытием флота в Стамбуле взорвался арсенал, уничтожив большую часть турецких галер, весь порох и запасы продовольствия также взлетели на воздух.
28 марта 1568 года на восточном побережье острова Мальта на горе Сцебрасс был основан город Лавалетта, названный так в честь Великого Магистра – победителя турок. Жан да Ла Валетт умер 21 августа 1568 года и был погребен в построенной им самим церкви Матери Божией Победительницы. Планирование и строительство города вели Джероламо Кассар и специально присланный римским папой известный архитектор Франческо Лапарелли. 15 марта 1571 года в новую столицу Мальты торжественно въехали рыцари во главе с Великим Магистром. Орден отчеканил памятные медали с изображением нового города и надписью «Malta renescens» – «Возрождающая Мальта», и датой. В 1573 году в Лавалетте действовал самый большой госпиталь, в котором лечились одновременно несколько тысяч человек. В 1577 году на Мальте был построен Кафедральный собор святого Иоанна и Дворец великих магистров. В 1616 году в Лавалетту был проведен водопровод, который обеспечил население столицы питьевой водой. На острове прекратились частые прежде эпидемии.
С 1565 года флот мальтийских рыцарей постоянно участвовал в совместных походах и морских сражениях европейских христианских государств Испании, Рима, Венеции, Генуи, Неаполя, Пармы против Турции.
7 октября 1571 года три галеры Мальтийского ордена под началом Пьетро Джустиниани на левом фланге в составе объединенного испано-венецианского флота участвовали в грандиозном морском сражении с двухсот сорока судами турок при Лепанто. Три мальтийские галеры выдержали страшный удар тридцати турецких судов, потеряв только один свой корабль. Общие потери турок составили сто сорок судов и тридцать тысяч солдат. Еще пять тысяч солдат были взяты в плен. Турция больше не властвовала на Средиземном море.
В начале XVII века флот Мальтийского ордена имел славу лучшего флота в Средиземном море. Мальтийский орден участвовал в военных действиях испанцев против Алжира в Северной Африке. Только за первую половину века рыцари одержали двадцать больших побед на море над тунисскими и алжирскими пиратами. В 1602 году мальтийские рыцари на западном побережье Пелопонесского полуострова захватили города Лепанто и Патры, в 1611 году – город Коринф. В 1615 году на Мальте попытался высадиться пятитысячный турецкий десант, но был сразу же сброшен в море. В 1645-1669 годах флот Мальтийского ордена участвовал в венециано-турецкой войне. В 1656 году у выхода из пролива Дарданеллы в Эгейском море мальтийские галеры участвовали в разгроме турецкого флота.
В 1670 году Мальта была значительно укреплена. Система фортификационных сооружений была расширена, построены новые форты и бастионы. Лавалетта, Бирга и Сенглеа составляли единый укрепленный комплекс вокруг Большой Мальтийской гавани. Мальтийские форты считались неприступными.
К концу XVII века Мальтийский орден превратился в могущественное независимое государство, обладавшее прославленным флотом. На Мальте была создана морская академия, вскоре ставшая лучшей в Европе. Сыновья многих владетельных сеньоров и даже государей учились на Мальте. Многие европейские монархи брали себе на службу моряков-рыцарей Ордена.
На Мальте были построены школы и знаменитый Мальтийский колледж, быстро ставший университетом, известным в Европе. Рыцарский орден покровительствовал занятиям наукой, музыкой, искусством. Иоанниты построили крупнейшую в Европе библиотеку, к концу XVIII века насчитывавшую около миллиона редчайших рукописей и книг. По всей Европе Орден иоаннистов основывал самые современные для того времени монастыри, в которых изучали анатомию и инфекционные болезни, занимался лечением душевнобольных, чего до него не делал почти никто.
В начале XVIII военно-морские подвиги мальтийских рыцарей продолжали удивлять Европу. Рыцарь Адриан Ланго на корабле «Святая Екатерина» атаковал сразу семь алжирских кораблей и захватил самый большой из них с сорока пушками и четырестами членами экипажа. Остальные корабли бежали, а мальтийская галера потеряла во время боя семь матросов. В 1715-1718 годах Мальтийский орден участвовал в войне с турками за Морею. Последний турецкий десант на десяти кораблях адмирала Абди – паши произошел в 1721 году. Рыцари даже не дали туркам высадиться на берег, отогнали корабли орудийным огнем с фортов.