4-я и 5-я гробницы размещались слева от южного входа. К западу от трех первых, у самой южной стены располагалось упоминавшееся надгробие княжны Параскевы Иоанновны, сестры императрицы Анны Иоанновны, а весь юго-западный угол собора занимали в два ряда гробницы захоронений разного времени.
6. Государыня, Царевна и Великая Княжна Феодора Алексеевна (младенец), последняя дочь Алексея Михайловича и Натальи Кирилловны. Скончалась трех лет от роду 28 ноября 1667 г. (возможно, в 1677 г., так как отмечено, что она умерла уже после смерти отца, произошедшей в 1676 г.).
7. Царица и Великая Княгиня Мария Феодоровна (Нагих), в инокинях Марфа, последняя супруга царя и великого князя Иоанна Васильевича IV Грозного, мать св. царевича Дмитрия. Скончалась в 1608 г.
8. Царица и Великая Княгиня Марфа Васильевна, третья супруга Ивана Грозного. Скончалась 13 ноября 1571 г., через две недели после бракосочетания.
9. Царица и Великая Княгиня Мария Темрюковна, вторая супруга Ивана Грозного, дочь Темрюка Айдаровича, одного из знатнейших Черкесских князей, покоренных войсками Ивана Грозного. Приняв св. крещение 21 августа 1561 г., стала русской царицей и преставилась через 8 лет после замужества от тяжелой продолжительной болезни 1 сентября 1569 г.
10. Царица и Великая Княгиня Анастасия (Романова), первая супруга Ивана Грозного, дочь окольничьего Романа Юрьевича. Основала в Костроме Анастасиин Ризположенский монастырь, соединенный в 1773 г. с Крестовоздвиженским женским монастырем. Скончалась от тяжелой болезни 7 августа 1560 г. после 13 лет замужества, оплакиваемая не только Двором, но и всей Москвой.
11. Великая княгиня Елена Васильевна (Глинская), вторая супруга великого князя Василия III Ивановича, мать Ивана Грозного, бывшая в течение 5 лет (1533–1538) правительницей Российского государства в связи с малолетством официального наследника – Ивана IV Васильевича. Пятилетнее ее правление сопровождалось непрерывными смутами, связанными с борьбой за власть. Скончалась скоропостижно 3 апреля 1538 г., и в тот же день тело ее было перенесено в Вознесенский монастырь и предано земле.
12. Великая Княгиня София Фоминишна (из рода Палеологов), супруга великого князя Иоанна Васильевича III, дочь деспота Морейского, племянница последнего византийского императора Константина Палеолога. Скончалась 17 апреля 1503 г.
13. Великая княгиня Мария Борисовна, первая супруга князя московского Иоанна Васильевича III, дочь великого князя тверского Бориса Александровича. Скоропостижно скончалась после пятилетнего супружества 22 апреля 1467 г.
14. Великая Княгиня Мария Ярославна, в инокинях Марфа, супруга великого князя московского Василия Васильевича Темного, дочь князя Ярослава Владимировича, внука князя Владимира Андреевича Храброго, мать Иоанна Васильевича III. Оставшись вдовой в 1462 г., после 29 лет супружества, она посвятила свою жизнь благочестию. В частности, она завершила в 1468 г. строительство и оборудование храма Вознесения Господня, заложенного его основательницей преп. Евфросинией еще в 1497 г. На 17 году своего вдовства княгиня Мария Ярославна приняла иноческий сан от игумена Кириллова монастыря с именем Марфы. Скончалась 4 июля 1484 г.
15. Великая Княгиня София Витовтовна, супруга великого князя Василия I Дмитриевича, дочь великого князя литовского Витовта Кейстутовича, мать великого князя Василия Васильевича Темного, продолжившая строительство Вознесенского собора, начатое ее свекровью преп. Евфросинией и доведшая церковь «по кольцо верха». Скончалась 15 июня 1453 г., приняв иноческий чин.
16. Царица и Великая Княгиня Ирина Феодоровна (Годунова), супруга царя Феодора Иоанновича, сестра царя Бориса Годунова, ставшая после смерти мужа, в 1598 г., первой самодержавной русской царицей, которой присягнула Москва. Она не пожелала власти и постриглась в том же году в Новодевичий монастырь с именем Александры. Дата смерти неизвестна.
17. Царевна Мария Иоанновна, дочь Ивана Грозного и его первой супруги, Анастасии Романовны. Дата смерти неизвестна.
18. Царевна Феодосия Феодоровна (младенец), единственная дочь царя и великого князя Феодора Иоанновича и царицы Ирины Феодоровны Годуновой. Скончалась одного года от роду.
19. Царевна и Великая Княжна Анна Васильевна, дочь царя и великого князя Василия Шуйского.
20-23. Надгробия над могилами четырех великих княжон, дочерей царя Михаила Феодоровича и царицы Евдокии Лукиановны: Пелагии, Марии, Софии и Евдокии, скончавшихся в младенчестве в 1628–1637 годы.
В северо-западном углу собора, у западной и северной стен, размещались девять гробниц.
24–25. Надгробия над погребениями великих княжон, дочерей царя Иоанна Алексеевича и царицы Параскевы Федоровны – Марии и Феодосии, скончавшихся в младенчестве в 1692 и 1691 гг.
26. Благоверная Государыня Царица и Великая Княгиня Мария Владимировна (Долгорукова), первая супруга царя Михаила Феодоровича, дочь боярина князя Владимира Тимофеевича Долгорукова, скончавшаяся вскоре после бракосочетания.