Через 15 лет после возобновления в монастыре церкви свв. Афанасия и Кирилла Александрийских, в 1527 г., на южной границе его территории была построена церковь вмч. Георгия. История ее строительства связана с опытом сохранения исторической памяти при конкретных действиях правительства, в частности с изменением Московского герба. Как известно, на древнем гербе Москвы изображался св. Георгий Победоносец в виде всадника на коне, поражающего копьем дракона. Царь Иван III Васильевич, при котором окончательно было свергнуто владычество Золотой Орды (1480) и ликвидированы последние вольницы мятежного Новгорода, будучи женатым на византийской принцессе Софии Палеолог, принимает на себя функции наследника Византии, разгромленной в 1453 г. турками-османами. Он вводит впервые в России обряд венчания на царство, принимает в сношениях с иностранцами титул царя и соединяет древний московский герб с изображением Георгия Победоносца, поражающего дракона, с византийским гербом – двуглавым орлом, становящимся гербом Российского государства.
В связи с этим по царскому приказу на Фроловской стрельнице, как называлась тогда Спасская башня Кремля, был воздвигнут двуглавый орел, а старый московский герб в виде крупного скульптурного изображения всадника на коне, изваянного из белого камня, был поставлен внутри Кремля на возвышенном месте неподалеку от Спасских ворот (51, с. 108)
. Уже в царствование его сына Василия III, в 1527 г., на этом месте был сооружен храм во имя св. Георгия Победоносца. Храм был небольшой, одноглавый, трехапсидный. Его западная и северная стены примыкали к стенам Вознесенского монастыря, а восточная и южная выходили на площадь у Спасских ворот. В начале XVIII в. он был покрыт тесом и отремонтирован с пристройкой с правой стороны придела св. вмч. Дмитрия Солунского, от которого сохранился только храмовый образ, находившийся впоследствии в трапезе церкви св. Михаила Малеина. Храм св. Георгия Победоносца был ружный и получал из приказа Большого Дворца припасы и необходимую утварь. Его причт состоял из двух священников, дьякона, дьячка, пономаря и просвирни. В пожаре 1737 г. по описи Мичурина сгорел его иконостас со всеми иконами, кроме храмового образа вмч. Георгия, который был восстановлен, а остальные образа написаны заново. В монастырской ризнице хранился напрестольный восьмиконечный серебряный крест с мощами святых, с чеканной надписью на нижней доске: «лета (1527) года совершен сей крест в церковь Вознесения девича монастыря Георгия страстотерпца, что у Спасских ворот в кремле граде строение церковное и мирское. Весу в кресте 2 ф. без 3 золотников» (51, с. 109). Храм был снесен в начале XIX в. при строительстве новой Екатерининской церкви, алтарь которой был сооружен на его месте.Южная часть этого храма была ограждена при игумении Сергии чугунной на каменном фундаменте решеткой, идущей от Спасских ворот до Екатерининской церкви, в середине которой находились сквозные чугунные ворота для проезда на черный двор монастыря.
В Смутное время, после убийства Федора Борисовича Годунова и его матери, летом 1606 г., в Москву торжественно въехал Лжедмитрий, который низложил патриарха Иова и возвел на его место рязанского архиепископа грека Игнатия, венчавшего Самозванца на царство. По языческому варварскому обычаю Лжедмитрий сделал своей наложницей несчастную царевну Ксению Годунову и насильственно постриг ее в Вознесенском монастыре. По его приказу сюда же перевезли из Углича мать царевича Дмитрия, царицу Марию Федоровну Нагую, в пострижении инокиню Марфу, «признавшую» под угрозами в Самозванце своего сына. Лжедмитрий выстроил ей в монастыре богатые хоромы и, назначив царское содержание, ежедневно приходил к ней на поклон. Он ждал приезда своей невесты Марины Мнишек, блистательное шествие которой с огромной свитой, пройдя через Спасские ворота, остановилось у ворот Вознесенского монастыря. Предполагалось, что до официального бракосочетания Марина будет жить в уединенных кельях монастыря «при матери» будущего царя, изучая русские законы и готовиться к крещению. На деле там, в течение пяти дней, что жила в монастыре Марина, происходили ежедневные празднества в присутствии Лжедмитрия, после чего Марина перешла в царский дворец и торжественно обвенчалась с женихом. Инокиня Марфа после смерти Лжедмитрия 21 мая 1607 г. отреклась от своего ложного сына и жила в монастыре до своей кончины в 1608 г. Она была погребена как бывшая царица в соборном храме. Первый царь рода Романовых Михаил Федорович возложил на ее гробницу в 1628 г. богатый покров (23, с. 256–257).