Местонахождение палат Марии Нагой и Марины Мнишек в монастыре точно неизвестно, тем более что они были скородельными, временными и деревянными, подверженными недоброй памяти и знаменитым московским пожарам. Вряд ли они могли располагаться в западном корпусе, при кельях монастырской игуменьи, напротив главного входа в собор. В северной ограде монастыря оформленных проездов не было, но претензии Вознесенского монастыря на часть усадьбы Голицыных, располагавшейся именно к северу от них, предполагают наличие связи между этими владениями. Кельи Марии Нагой могли занимать и один из восточных корпусов монастыря, наиболее отдаленных от монастырского центра.
В 1613 г. в монастыре поселилась «Великая старица», мать первого царя из рода Романовых Михаила Федоровича, инокиня Марфа Ивановна. Царский дворец, как и многие здания Кремля, были разорены, стояли без кровель, полов, окон и дверей, разобранных поляками на отопление. Первоначально для инокини Марфы приспособили бывшие палаты царицы Марии Нагой в Вознесенском монастыре, но, узнав, что там жила и Мнишек, она отказалась и для нее были выстроены небольшие отдельные палаты позади царицыных хором, называвшиеся «избушкой», где она и жила до своей кончины в 1631 г. и была погребена в родовом склепе Романовых в Новоспасском монастыре.
С 1617 г. в монастыре упоминается деревянная церковь во имя преп. Михаила Малеина, подвизавшегося на афонской горе Малеон, а с 1626 г. церковь мч. Феодора «иже в Пергии Памфилийской», которые считались покровителями царствующего сына Великой старицы – Михаила Федоровича и ее мужа Федора Никитича Романова, затем патриарха Филарета. Первоначально это были приделы в Вознесенском храме. Позднее, по-видимому, был сооружен отдельный деревянный храм во имя этих святых, так как через три года после кончины инокини Марфы и через год после кончины патриарха (1634) царь Михаил Федорович в течение одного лета, от 1 мая до сентября, построил на месте деревянного каменный храм во имя Михаила Малеина с приделом Феодора Пергийского. Строителями храма были подмастерья каменных дел Бажен Огурцов и Семейка Белой (23, с. 262).
Храм был поставлен в юго-восточном углу монастыря у самых Спасских ворот, так что алтарные апсиды подходили вплотную к кремлевской стене (илл. 27
). Это была двухэтажная теплая двухпридельная церковь с трапезной и колокольней. Церковь имела в плане 10 саженей в длину, 7 в ширину и в высоту 10 саженей (соответственно 21,4 x 10,7 x 21,4 м). Высота колокольни достигала 35 м. Алтарная часть, состоявшая из двух полукруглых апсид, и прямоугольная трапезная имели одинаковую высоту, а находившийся между ними храм был почти на пять метров выше. В нижнем этаже, под алтарем, располагались две кельи, а под храмом были проездные ворота в хозяйственную зону монастыря. Под церковью были обширные подвалы, занятые погребами. Над церковью и приделом в повышенной части здания, на сводах, были устроены два глухих барабана, обработанные аркатурно-колончатым поясом с главками, крытыми железом с морданным золочением и четырехконечными крестами с завитками, сияниями и полулуниями, укрепленные цепями (илл. 28).Илл. 27.
Церковь целиком выстроена из большемерного обожженного кирпича на известковом растворе с применением железных связей.
Фасад главной церкви преп. Михаила Малеина был обращен на юг, к Спасской улице, и поэтому его отделка более декоративна, чем у придельного фасада, выходившего во двор и в значительной степени загороженного примыкающим келейным корпусом и хозяйственными постройками. Снаружи стены были гладко оштукатурены. Декоративные детали скромных форм применены только в функциональных местах. Первый этаж отделен от второго поясом из одного ряда кирпича на ребро, обрамленного тонкими штукатурными тягами простых профилей. Аналогично решены карнизы. Центральная часть церкви выделена двойными полуколонками с простыми византийскими базами и капителями типа лопаток. Эти полуколонки в центре продолжены вверх, и на них опирается фризовый пояс центрального объема, поддерживающий пяты трех небольших арок с простым трехчастным профилем под кровлей. В местах опирания арок фриз раскрепован с завершением внизу небольшими висячими замками. На первом этаже прямого продолжения полуколонок не получилось, так как они оказались привязаны к проезду и обрамляют его, опираясь на простой цоколь, проходящий по всей длине здания. Железная кровля над самим храмом шатровая, с резными железными подзорами, над алтарем и трапезной – двускатная.