Афанасьевский монастырь изначально был основан в том же XIV в. как самостоятельный монастырь и только в XVI в. стал подворьем Кирилло-Белозерского монастыря. Как бы то ни было, он имел официальный монастырский статус, настоятелей в ранге строителей, братию и назывался таковым в документах, что ни разу не зафиксировано ни для одного из многочисленных тогда в Кремле «чистых» монастырских подворий. Поэтому он включен в «Материал» В. В. Зверинского и имеет достаточные основания рассматриваться именно как монастырь в определенное время своего существования.
По поводу посвящения монастыря все историки единодушны: и храм, и монастырь построены в честь свв. Афанасия и Кирилла, архиепископов (или иногда – патриархов) Александрийских. Мотивировкой посвящения было широкое почитание этих святых на Руси как борцов с ересями, в связи с чем им посвящались многие монастыри и храмы.
В обыденном церковном сознании свв. Афанасий и Кирилл слились в так называемых «парных святых», в честь которых сооружались парные престолы в храмах и монастырях. Применение же в названии церкви или монастыря одного из парных святых могло в редких случаях быть следствием скорописи или упрощения речи, но чаще всего означало либо специальное выделение одного из святых, либо посвящение другому святому, не связанному с данной парой.
Обратимся теперь к тем немногим документам, в которых упоминаются события, связанные с Афанасьевским монастырем, что Кирилловское подворье в Кремле. В XIV в. их всего два. Это уже упоминавшиеся сообщения о погребении Семена Ямы в Афанасьевском монастыре в 1386 г., сохранившееся в Патриаршей летописи, и о пожаре 21 июля 1389 г., начавшемся от Афанасьевской церкви, когда сгорел чуть не весь Кремль. В первом из них для нас важно упоминание монастыря, и в обоих – посвящение и монастыря, и церкви во имя св. Афанасия, причем одного Афанасия, без указания его звания и географического имени. Второе сообщение содержится в Уваровской, Никоновской, Ермолинской, Постниковской, Пискаревской, Бельской летописях, Дополнениях к летописному своду 1497 г. и других документах.
Отвергнутое большинством ученых сообщение некоторых летописей о погребении Семена Ямы в Вознесенском монастыре и мнение Н. М. Карамзина о том, что пожар 1389 г. произошел от церкви св. Афанасия в Вознесенском монастыре, также не представляются простыми ошибками летописца и историка. Тем более было бы странно видеть здесь какой-то умысел, что случалось в русском летописании, – здесь такой умысел трудно объяснить.
Дело в том, что церковь свв. Афанасия и Кирилла, архиепископов Александрийских в Вознесенском монастыре все-таки была. Известный историк Вознесенского монастыря А. Пшеничников, имевший доступ к монастырскому архиву еще при его существовании, отмечает, что в архивных документах монастыря упоминается такая церковь, как придельная у храма Вознесения Господня и имеющая самостоятельный причт, состоящий из священника и пономаря, которым выдавалась руга из дворцовой казны материалами и деньгами (51, с. 106)
.И. Е. Забелин, правда без ссылки, сообщает, что с 1625 г. в соборном храме Вознесения существовали «два придела – один Афанасия и Кирилла, другой – Михаила Малеина» (23, с. 252)
. Обычно новые приделы в храмах устраивали в случае необходимости введения в существующий храм придела во имя нового святого, тезоименитого какому-то значительному лицу или ктитору. Известно устройство придела св. Михаила Малеина, покровителя царя Михаила Федоровича его матерью, «инокиней Великой Старицей» Марфой Ивановной в том же Вознесенском соборе. Новые приделы устраивались также в случаях разрушения или разборки соименных храмов, связанных со стихийными бедствиями или перепланировкой территории.Представляется, что организация придела свв. Афанасия и Кирилла в Вознесенском соборе связана именно с разрушением посвященного им отдельно стоящего храма и строительством на его месте церкви великомученицы Екатерины. Дополнительным подтверждением существования придельной церкви свв. Афанасия и Кирилла в Вознесенском соборе являются хранившиеся в его ризнице некоторые священные предметы из этого храма.
Если можно считать документально подтвержденной дату упразднения отдельной церкви Афанасия и Кирилла в Вознесенском монастыре, то дата ее основания может быть установлена только по сумме косвенных свидетельств. Самым важным из них представляется бракосочетание 16-летнего великого князя московского Дмитрия Ивановича с дочерью князя суздальского и нижегородского Дмитрия Константиновича, Евдокией Дмитриевной, состоявшееся в 1366 г. в городе Коломне 18 января, в день памяти свв. Афанасия и Кирилла.