Достаточно сложная ситуация сложилась и в 80-е гг. XV столетия, когда возникла, по С. П. Бартеневу, церковь Афанасия и Кирилла «у Мстиславского двора, ниже дьячих палат», и когда при митрополите Геронтии (1473–1489) произошло открытие и разбирательство ереси «жидовствующих», духовных наследников секты стригольников, проникшей в самые верхние слои церковной иерархии, включая тайного их сторонника, следующего после Геронтия митрополита Зосиму. Борьба с ересью могла включать и строительство храмов и монастырей во имя тех же святых, признанных борцов с ересями.
В последнем случае возможно и другое, более прозаическое происхождение церкви с таким посвящением, и о нем намеком сообщает Забелин (23, с. 239)
. Эта версия связана с тем, что участок между Архангельским собором и двором Мстиславского в ранней истории Москвы принадлежал младшему сыну Ивана Калиты, князю Андрею Ивановичу, а затем его сыну Владимиру Андреевичу Храброму, двоюродному брату Дмитрия Донского, герою Куликовской битвы, женатому на Елене Ольгердовне, дочери князя Ольгерда Литовского. В 1389 г. у них родился сын Ярослав Владимирович, будущий князь Серпуховской и Боровский, дочь которого Мария стала женой великого князя Василия Васильевича Темного. Князь Ярослав Владимирович родился 18 января, как раз в день памяти свв. Афанасия и Кирилла, и в крещении был наречен Афанасием. По этому поводу у княжеского двора могла быть построена церковь во имя его небесных покровителей совершенно независимо от названий двух первых вышеупомянутых храмов во имя Афанасия и Кирилла. Место этого двора, к востоку от Архангельского собора и к югу от Ивановской площади, надолго сохранило название «Ярославичева места».В этом объяснении имеются некоторые шероховатости, связанные с тем, что дата сооружения церкви предполагается более ранняя по сравнению с датой первого упоминания о ней в 1484 г., приближаясь ко времени сооружения двух первых храмов. Тем не менее возможность строительства деревянной церкви, что не всегда отмечалось в документах, во имя духовного покровителя новокрещеного Ярослава-Афанасия практически на территории его родового двора кажется вполне вероятной. Позднее ее личное посвящение могло быть переосмыслено как антиеретическое (в честь свв. Афанасия и Кирилла), она могла быть перестроена в камне и под новым названием попасть в документы.
В 1462 г., в последний год царствования Василия II Васильевича Темного, в Кремле была возведена каменная церковь во имя св. Афанасия, построенная Василием Дмитриевичем Ермолиным, известным позднее участием в строительстве кремлевских стен, оригинальным решением достройки Вознесенского собора в 1467 г., восстановлением Георгиевского собора в Юрьеве-Польском и строительством других сооружений. Это событие засвидетельствовано только в Ермолинской летописи под 6970 (1462) г.: «Того же лета, месяца июля 27, священа бысть церковь камена святый Афонасей на Москве, во Фроловьскихъ воротехъ, а придел у неа святый Пантелеимонъ, а ставилъ ее Василей Дмитреев сынъ Ермолимна. Того же лета стена поновлена городная отъ Свибловы стрелници до Боровицкихъ воротъ каменемъ, предстательством Василиа Дмитреева сына Ермолина» (49, т. VII, с. 209)
.Василий Дмитриевич Ермолин происходил из купеческой семьи выходцев из крымского города Сурожа (современного Судака), тесно связанной с Троице-Сергиевым монастырем, где приняли пострижение многие его родственники, в том числе отец и дед. По количеству связанных с его именем ответственных построек его считали крупным профессиональным зодчим и реставратором или по крайней мере старостой в артели каменного дела (66, с. 16–23)
, но, по-видимому, он был скорее талантливым организатором строительства и подрядчиком, располагавшим значительными собственными средствами, нередко выступавшим в качестве заказчика, так как считался одним из крупнейших московских купцов, и по его заказу была написана летопись, и поныне носящая его имя. В документах он именуется «предстателем», ответственным за строительный процесс в целом.Относительно посвящения рассматриваемой церкви В. П. Выголов выдвигает оригинальную гипотезу, предполагая патрональную связь этого посвящения с именем родного дяди В. Д. Ермолина – Афанасия, «который мог быть инициатором этого строительства, оказав соответствующее влияние на своего племянника». Предположение странное. Вряд ли можно допустить, чтобы именно в честь патрона простого купца в Кремле позволено было бы строить церковь.
Никаких сведений об архитектуре и пространственном решении Ермолинского храма до нас не дошло, кроме известия о наличии придела во имя вмч. Пантелеимона и освящении храма в день его памяти 27 июля. В. П. Выголов, основываясь на практике устройства в эту эпоху в московских церквах встроенных приделов в Воздвиженской церкви и в церкви Рождества Иоанна Предтечи на Бору, предполагает, что и здесь был встроенный придел внутри самого здания, отмеченный на плане «Кремленаград» второй, малой главой (13, с. 28)
.