В монастыре были погребены многие выдающиеся церковные и светские деятели России XIV–XVIII вв.: архиепископ Новгородский Геннадий, митрополит Адрианопольский Матфий, всероссийские митрополиты Феодосий, Симон и Афанасий; архиепископы московские Иосиф, Платон (Малиновский), Тимофей; иеромонах и писатель Карион Истомин, справщик книг Епифаний Славинецкий, иконописец и юродивый Тимофей Архипов, воспитатель и родственник царя Алексея Михайловича И. И. Морозов и его жена Анна Ильинична; последний казанский царь Едигер, в крещении Симеон; представители знатных боярских и княжеских родов Морозовых, Оболенских, Трубецких, Хованских, Куракиных, Щербатовых, Стрешневых, Милославских, Салтыковых, Волынских, Пушкиных, Одоевских и многих других; наряду с ними здесь лежали простые монахи монастыря.
Захоронения в монастыре светских лиц были прекращены уже в конце XVIII в., но 4 февраля 1905 г. бомбой террориста И. Каляева у Никольских ворот Кремля был убит генерал-губернатор Москвы великий князь Сергей Александрович. Его останки перенесли в Алексеевский собор и положили у раки с мощами свт. Алексия. По проекту В. Загорского и П. Жуковского под наблюдением академика архитектуры Р. И. Клейна в 1906 г. в подклете Алексеевской церкви был устроен храм-усыпальница великого князя, освященный во имя преп. Сергия Радонежского, со склепом, расположенным точно под ракой святителя. Иконостас в храме выполнил академик живописи К. Степанов в древней темперной технике (44, т. 1, с. 117)
. Этот храм был случайно открыт в 1985 г. во время земляных работ на Ивановской площади. Были обнаружены две камеры, в одной из которых стоял гроб с серебряными накладками. При вскрытии гроба в нем оказались останки тела, облаченные в полуистлевший мундир. Серебро взяли в музей, а храм вновь засыпали и только останки великого князя Сергея Александровича с крестным ходом торжественно перенесли в Новоспасский монастырь и положили в усыпальнице Романовых.В 1911 г. в монастыре была устроена еще одна небольшая церковь во имя свт. Иоасафа Белгородского по инициативе последнего архимандрита, затем епископа в ранге наместника сщмч. Арсения (Жадановского). Эта церковь находилась рядом с кельями наместника, занимая часть подколокольного помещения, и епископ Арсений обыкновенно совершал в ней ежедневную службу. Название храму было выбрано по недавно состоявшейся канонизации свт. Иоасафа (2, № 1033)
.В 1905 г. в монастыре числились: наместник – архимандрит, казначей – архимандрит, 10 иеромонахов, 4 иеродьякона, 34 послушника.
В 1906 г. в Чудовом монастыре была построена усыпальница великого князя Сергея Александровича по проекту архитектора В. П. Загорского (25, с. 105)
.Крестный ход из монастыря в Успенский собор совершался в память свтт. Петра, Алексия, Ионы и Филиппа 5 октября.
Из икон монастыря знаменита была чтимая москвичами чудотворная икона свт. Николая, взятая из питейного дома Хухрикова в 1846 г. и хранившаяся в Благовещенской церкви. В Алексеевском соборе особо почиталась икона свт. Алексия, написанная на доске его гроба и порезанная в 1682 г. фанатиком кальвинистом Фомой Ивановым.
«В монастыре было много редких предметов; в храме свт. Алексия, возле его раки, хранилось его облачение, сделанное в восточном вкусе, – подарок Тайдулы (по поводу облачения свт. Алексия, подаренного ему ханшей Тайдулой, которое включало саккос, епитрахиль и посох, существует предание, что ханша увидела во сне его именно в таком одеянии. Саккос Алексия находится сейчас в Оружейной палате, и вышивка на нем выполнена русскими мастерицами. Впрочем, это тоже ничего не доказывает, так как русских мастериц в Золотой Орде XIV в. было предостаточно. –
В советское время монастырь, как церковный институт, был упразднен вскоре после революции, его здания были отданы во владение различных организаций, монастырские ценности переданы в Гохран, а в 1928 г. прогремели первые взрывы, уничтожавшие здания монастыря. На их месте сейчас находится площадь перед бывшим зданием Президиума Верховного Совета СССР, построенного по проекту архитектора И. И. Рерберга, и западная часть самого здания.