После октябрьских событий 1917 г. положение Спасо-Бородинского монастыря год от года ухудшалось, хотя он продолжал действовать. Монахинь стали постепенно вытеснять из монастырских зданий. В официальных документах монастырь именовали «сельхозартелью». В 1929 г. монастырь закрыли. Около 100 монахинь во главе с игуменьей Лидией (Сахаровой) были вынуждены навсегда покинуть монастырские стены; поселились они в близлежащей деревне Семеновское, где их приютили добрые простые крестьяне (позже в 1930-х гг. многие из этих монахинь были репрессированы, сосланы в ссылку, погибли), но некоторые из них вернулись в окрестности Бородино и работали в местных храмах. В 1929 г. в монастыре произошел страшный пожар, который не удавалось потушить целых три дня; он нанес колоссальный ущерб монастырскому комплексу. После этого бедствия обгоревшие монастырские здания передали трудовой коммуне им. К.Е. Ворошилова, члены которой принялись за восстановление сильно пострадавших от пожара зданий. Новые хозяева окончательно сожгли прекрасные иконостасы в трех бывших монастырских храмах, в них сорвали со стен и разбили мемориальные доски с именами героев Бородинской битвы, уничтожили монастырское кладбище с могилами доблестных русских генералов Левина и Волконского. В закрытом храме во имя Нерукотворного Образа Господа Иисуса Христа разместили мастерские, при этом отходы производства сбрасывали в подклет храма, где устроили и туалет. Уничтожили убранство храма, в склепе разбили гробы М.М. Тучковой и ее сына (только в 1962 г. склеп привели в порядок, установили на прежних местах новые гробы, собрав в них сохранившиеся останки).
Монастырские здания очень сильно пострадали в период Великой Отечественной войны 1941–1945 гг., точнее, от боев 1941–1942 гг. В монастырских зданиях работал эвакогоспиталь, а в период оккупации немцы устроили в нем концлагерь.
В зданиях закрытого монастыря в разное время размещались самые разнообразные организации, в том числе военный госпиталь, машинно-тракторная станция (МТС), школа, туристическая база, музей и др.
В 1970-е гг. по инициативе Бородинского военно-патриотического музея начали реставрацию в Спасо-Бородинском монастыре; она продолжалась почти четверть века – до 1987 г. В 1974 г. здесь был организован Военно-исторический музей-заповедник «Бородино». С середины 1980-х гг. на территории Спасо-Бородинского монастыря уже была небольшая музейная экспозиция.
В 1992 г. Спасо-Бородинский монастырь возродился. Монахини и послушницы работают в иконописной, рукодельной, пошивочной мастерских, в просфорне и пекарне; оказывают они и помощь Уваровскому детскому дому-интернату для умственно отсталых детей. Насельницы освоили технику древнего лицевого шитья, вышивают иконы; их изделия отличаются высоким качеством, являются произведениями религиозного искусства.
В Спасо-Бородинском женском монастыре пребывает чудотворная икона Спаса Нерукотворного (это икона Ревельского полка).
В этом монастыре похоронена почитаемая народом старица, выделявшаяся неземной добротой ко всем – Рахиль (Мария Михайловна Короткова, 1833–1928). Над ее могилой за южной стеной монастыря поставлена деревянная часовня (1997 г.). Старица Рахиль была прославлена в лике местночтимых святых в 1996 г. Мощи преподобной Рахили пребывают под спудом в часовне.
Преподобная
Около Спасо-Бородинского монастыря находится святой источник «Бородинский».
Монастырский ансамбль создавался в несколько этапов с 1837 г. до конца ХIХ в. Монастырские постройки возведены в разное время, но благодаря высокому мастерству создавших их зодчих они составляют гармоничное единство.