Лужецкий монастырь наряду с религиозными выполнял военно-оборонительные функции, ведь он находился на неспокойных западных рубежах Московского княжества, потом – России. Монастырь был боевой крепостью, если требовали обстоятельства. Это хорошо помнил царь Борис Федорович Годунов, при котором Лужецкий монастырь был сильно укреплен. Пограничное расположение неоднократно осложняло жизнь монастыря, тем более, что он страдал и от бедствий мирного времени. В 1570 и 1655 гг. Лужецкий монастырь пострадал от большого пожара и др. Но особенно большой урон ему наносили военные действия. Монастырь не раз разоряли литовцы и поляки, особенно сильно он страдал от них в начале ХVII в. во время польско-литовской интервенции. Великая Отечественная война 1812 г. принесла новые беды Лужецкому монастырю.
К началу ХХ в. в Лужецком монастыре было четыре каменных храма. Вне стен монастыря около ручейка Исавицы находилась деревянная часовня над родником, который называли «колодец преподобного Ферапонта». Достопримечательностью обители был 85-пудовый (1360 кг) «Полиелейный» колокол, отлитый в 1648 г. Монастырь был популярным местом православного паломничества в Подмосковье.
Относительно удаленный от Москвы Лужецкий монастырь жил тихой размеренной жизнью религиозной обители до 1920-х гг. Лужецкий монастырь закрыли в 1926 г. В 1928 г. начали ломать храм во имя преподобного Ферапонта Белозерского и во имя преподобного Иоанна Лествичника с приделом Усекновения главы Иоанна Предтечи, где под спудом почивали святые мощи преподобного Ферапонта; в 1960-е гг. этот храм окончательно разрушили. В годы Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в зданиях монастыря размещались фурнитурная фабрика, цех завода медицинского оборудования; братские кельи использовались как жилые комнаты. Во время гитлеровской оккупации в монастыре был лагерь военнопленных. После освобождения Можайска от фашистов в монастыре тоже был лагерь, но органов НКВД.
В послевоенный период началось осознание историко-архитектурной значимости Лужеского монастыря. Реставрационные работы в нем начались в 1961–1965 гг. До середины 1980-х гг. монастырь оставался бесхозным. В 1992 г. в нем размещался летний трудовой лагерь Всеправославного молодежного движения. А в 1993 г. Можайский Лужецкий Богородицкий Ферапонтов мужской монастырь возродился. Монастырь имеет подворье в Дмитровском районе Московской области – в г. Дмитрове.
Главной святыней монастыря являются мощи преподобного Ферапонта, они покоятся в надвратной Преображенской церкви. Эти мощи почивали под спудом 573 года, они были обретены в 1999 г. и перенесены в Преображенскую церковь.
Около монастыря – в 100 м от него – находится святой родник (колодец) преподобного Ферапонта.