Князь Андрей Можайский послал с гонцом ощутимые пожертвования в обитель Ферапонта и письмо лично Ферапонту. В письме князь просил его прибыть в Можайск по делу, о котором можно говорить только наедине. Ферапонт не хотел уезжать даже ненадолго из созданного им северного удаленного монастыря и собирался отказать князю. Княжеский гонец и братия смогли переубедить его, и Ферапонт отправился в Можайск. Князь Андрей Можайский с большим почетом встретил Ферапонта. Рассказал Ферапонту о его намерении основать и построить монастырь, просил устроить обитель в Можайске. Ферапонт, которому тогда был 71 год, прекрасно понимал, какую сложную задачу ему предлагают решать. Он долго отказывался от столь трудного предложения, но в конце концов все-таки согласился.
Ферапонт выбрал место для основания монастыря на высоком правом берегу Москвы-реки, среди обширных пойменных лугов, которое называли «лужки» (оно и дало название монастырю). В 1408 г. Ферапонт заложил деревянный храм Рождества Пресвятой Богородицы, в 1420 г. вместо него он построил каменный собор (делал он это в весьма почтенном возрасте, когда ему исполнился 71 год, и в 83 года). 18 лет Ферапонт возглавлял устроенный его трудами монастырь. Он умер на 90-м году жизни, и был похоронен в устроенном им Можайском монастыре, который вскоре стали называть в память о нем Можайским Лужеским Ферапонтовым монастырем. В 1547 г. Ферапонт Белозерский был причислен к лику русских святых. В истории он остался как соучастник создания вместе с Кириллом Белозерским Кирилло-Белозерского монастыря на Белом озере как основатель монастыря на Бородавском озере, устроитель Можайского Лужецкого Ферапонтова монастыря.
Еще один яркий церковный деятель – митрополит Московский Макарий (1482–1563, митрополит с 1542 г.) на разных этапах его церковного служения немало сделал для Ферапонтова Лужеского монастыря. В 1523 г. в 41 год он был поставлен архимандритом в Лужецкий монастырь. Игумен Макарий с большим усердием занимался строительством, благоустройством, а также совершенствованием духовной жизни братии, вверенной ему обители. В 1547 г. была выполнена икона с прижизненным изображением Святителя Макария. Другое его прижизненное изображение было создано в 1560 г. в алтаре Успенского собора Свияжского монастыря на фреске «Да молчит всяка плоть человеческая…» Так благодарные потомки начали отдавать растущую и крепнущую год от года дань уважения великому устроителю Русской православной церкви митрополиту Макарию.