В 1994–1995 гг. в Саввино-Сторожевский монастырь несколько раз приезжал Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Он смог добится договоренности о совместном использовании белокаменного соборного храма в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырем и музеем. В Рождественском соборе стали проводить богослужения, (с 1996 г. – регулярные), а с 1995 г. был возрожден Саввино-Сторожевский монастырь. В 1998 г. в действующем монастыре отмечали 600-летие его основания. Во время юбилейных торжеств патриарх Алексий II особо торжественной процессией перевез в монастырь мощи преподобного Саввы Сторожевского. Долгие годы часть мощей преподобного Саввы (его глава) хранилась в семье Успенских, они в 1985 г. передали эту святыню в Московский Свято-Данилов монастырь. На Пасху 1998 г. вновь зазвучали монастырские колокола, большинство из них были отлиты на пожертвования в 1990-е гг. на заводах Москвы и Урала. Число братии в монастыре год от года увеличивается, теперь в монастыре живут несколько десятков монахов и послушников (2001 г. – 50 насельников).
Главной святыней Саввино-Сторожевского монастыря являются мощи преподобного Саввы. Глава и кости преподобного Саввы Сторожевского в ковчеге-раке пребывают под сенью в юго-восточном углу Рождественского собора. Верующие люди рассказывают о многих чудотворениях, а также исцелениях от слепоты и глухоты по молитвам преподобного Саввы. В 2 км от монастыря находится святой источник преподобного Саввы Сторожевского.
Архитектурно-художественный комплекс Саввино-Сторожевского монастыря в основных его формах, сохранившихся до наших дней, главным образом был создан в середине ХVII в. при царе Алексее Михайловиче Романове, когда монастырь получил значение царской резиденции. Тогда строительство в монастыре велось по указу царя и под руководством русских зодчих: Н.М. Боборыкина и А. Шахова. Автором монастырских укреплений и ряда построек был еще один талантливый русский зодчий И.М. Шарутин.
В ХVIII, ХIХ, ХХ вв. большинство монастырских построек было искажено. С 1952 г. в монастыре начали научную реставрацию, которую силами светских структур проводили по 1989 г. Тогда большинству памятников вернули их первоначальный художественный облик.
Собор Рождества Пресвятой Богородицы является главным сооружением монастыря, он был построен в 1405 г. на средства князя Юрия Звенигородского. Затем в ХVI – ХХ вв. собор неоднократно достраивался, частично перестраивался, подновлялся. Этот белокаменный собор построен в традициях Владимиро-Суздальской архитектуры. Это крестово-купольный четырехстолпный одноглавый храм на высоком цоколе; он является одним из немногих уцелевших памятников московской архитектуры рубежа ХIV – ХV вв. Луковичная глава храма была возведена в ХVII в. В ХVI в. (не ранее 1549 г.) к храму был пристроен придел во имя преподобного Саввы Сторожевского. Стены, столбы и своды собора покрывают фрески 1649–1656 гг. В 1650-е гг. был выполнен пятиярусный иконостас, иконы для которого, как и росписи храма, выполнила артель царских мастеров под руководством Степана Рязанца и Якова Казанца с участием костромских и ярославских живописцев.
Трапезная, храм во им Преображения Господня (Преображенский храм при Трапезной палате) и звонница составляют единый архитектурный комплекс. Над белокаменными подвалами на высоком подклете построены эти кирпичные здания. В обширной Трапезной (1652–1654 гг.) происходили торжественные царские приемы. Трапезную церковь во имя Преображения Господня возвели в 1693 г. на вклад царевны Софьи. Это бесстолпный двухапсидный храм с чертами московского барокко. Большой художественный интерес представляет трехшатровая звонница с открытой наружной лестницей в три яруса, возведенная вместе с трапезной. В среднем ярусе звонницы находится храм во имя Сергия Радонежского.
Надвратный храм во имя Живоначальной Троицы (Троицкий храм, 1652 г., арх. И.М. Шарутин) – это кирпичный бесстолпный одноапсидный храм под декоративным шатром. Он интересен своей планировкой и архитектурно-художественным оформлением своего подклета, где расположена парадная двухмаршевая лестница, ведущая на Соборную площадь. В Троицком храме южный придел – во имя Казанской иконы Божией Матери, северный – во имя святителей Петра, Алексия, Ионы и Филиппа (оба – 1858 г.).
К югу от Троицкого храма находятся остатки старой трапезной и Святые ворота (первая четверть ХVI в.).
Дворец царя Алексея Михайловича (1652–1654 гг., горел и был восстановлен в 1775 г., но не в первоначальном виде, ХIХ – ХХ вв. – претерпел изменения) является редким в русской архитектуре образцом дворцовый постройки ХVII в. Это двухэтажное 100-метровое здание на подклете.