Иван уехал из Новгорода и 5 марта прибыл в Москву. Он выслал вперед бояр к своей матери, сыну и митрополиту с вестями о том, что взял свою вотчину в свою волю и стал таким же государем в Новгороде, как и в Москве. За Иваном ехали люди, которые везли вечевой новгородский колокол, который был повешен на кремлевскую башню и стал звучать вместе с другими колоколами.
Несмотря на истощение, новгородские жители еще не примирились с потерей независимости. В 1479 г. благожелатели Ивана сообщили ему, что новгородцы тайно ведут переговоры с Казимиром, который готовится к войне с Москвой, и побуждают хана Золотой Орды напасть на великого князя. Приблизительно в это же время между Иваном и его братом возникли разногласия, так что время для восстания в Новгороде казалось благоприятным. Иван оценил важность момента и не проявил мягкотелости. Он спешно отправился в Новгород 26 октября всего лишь с тысячей воинов, приказав своему сыну максимально быстро собрать войско и следовать за ним. И хотя на всех дорогах были поставлены дозоры, чтобы не допустить утечки информации об этом в Новгород, в городе узнали, что Иван спешит, чтобы нанести ему удар, и немедленно подняли восстание. Население торопилось укреплять стены; были выбраны посадник и тысяцкий; вновь стало собираться вече. Узнав об этом, Иван остановился на две недели в Бронницах, где ждал, пока к нему подойдут новые войска. Потом он осадил Новгород. Осада была недолгой. Снова начались ожесточенные споры двух группировок и бесконечные измены. Многие перешли на сторону великого князя. Московские пушки разрушали стены, а помощи ждать было неоткуда.
Новгородцы пытались вести переговоры и просили охранную грамоту. Иван отказался, сказав: «Я сам – безопасность для всех, кто ее заслуживает. Открывайте ворота! Когда я войду, я не обижу ни одного невиновного». И они открыли ворота города. Архиепископ и духовенство с крестами в руках, избранные власти, бояре и толпа людей вышли навстречу великому князю и умоляли о прощении. Иван получил благословение архиепископа и сказал, что пришел с миром ко всем невиновным, и пошел молиться в собор. Затем он остановился в доме нового посадника, а уж потом приступил к наказанию.
Новгородцы восстали по глупости, не подумав, что в случае поражения утратят и те немногие привилегии, за которые уже отдали столь многое несколькими месяцами ранее. На этот раз, когда восстание закончилось, Иван отнесся к этим людям как к бунтовщикам и изменникам. Сначала он приказал схватить и пытать главных вожаков. Они заявили, что к восстанию присоединился архиепископ. Иван велел схватить архиепископа и отправить его в Москву. Его богатства – драгоценные камни, золото и серебро – были переданы в казну, и вместо виновного архиепископом стал монах Сергий. Более сотни активных бунтовщиков были казнены, а их имущество было конфисковано. Иван не считал себя связанным ранее данным обещанием не переселять людей из Новгорода на восточные земли и воспользовался этой возможностью, чтобы предотвратить какие-либо восстания в будущем и сломить давнюю гордыню Господина Великого Новгорода.
На восточные русские земли в тот год он переселил тысячу купеческих семей и потомков бояр. Семь тысяч семей простых людей были переселены в Москву и другие большие и малые города. Вместо прежних жителей он отправил в Новгород москвичей. В последующие годы это переселение продолжилось. Дома и земли, отнятые у новгородцев, были отданы переселенцам из Москвы. Благодаря такому перемещению людей изменилось все население. Новгородцы, вывезенные в восточные русские земли и рассеянные по разным городам и весям, уже не могли сохранять свои былые привычки и дух и вскоре растворились среди своих соседей. Многочисленные переселенцы из Москвы привезли с собой новые представления и обычаи и стали опорой нового порядка. Разумеется, такие перемены сопровождались определенными убытками, и ассимиляция новгородцев и москвичей обошлась недешево.
Так закончилось полунезависимое существование Великого Новгорода, которое длилось в той или иной форме более пятисот лет. Падение города колоссально увеличило мощь и престиж Москвы. Иван стал значимой фигурой даже среди коронованных особ Европы и теперь счел себя достаточно сильным, чтобы бросить вызов монголам и покончить с унизительным рабским игом. Существовал обычай: когда из Орды приезжало посольство с портретом хана в качестве доказательства полученных от него полномочий, великий князь должен был выходить к нему навстречу, простираться ниц, предлагать чашу кумыса и расстилать соболью шкурку под ногами человека, зачитывавшего письмо хана. Письмо это выслушивалось в коленопреклоненной позе. В летописи утверждается, что Иван теперь не только отказался простираться ниц, когда приехало посольство от хана Ахмеда, но и схватил портрет хана, стал топтать его ногами, приказал убить всех послов, кроме одного, которому велел вернуться к своему господину и сообщить ему обо всем, что видел и слышал, а также сказать хану, что если тот еще потревожит Русь, то получит по заслугам.