Высадившись на полуострове 7 февраля вместе с восемью товарищами, Руффо к концу месяца привлек под свои знамена 17 000 человек. Это импровизированное войско, названное Христианской армией Святой Веры, двинулось на Неаполь.
Кардинал был истинным вождем и быстро завоевывал любовь и доверие людей. В 1799 году, как писал его секретарь-биограф Сачинелли, «не было ни одного бедного крестьянина во всей Калабрии, который не держал бы по одну сторону кровати распятия, а по другую — ружья». Его «крестоносцы» творили бесчинства и разграбили город Котроне. Кардинал не остановил своих «воинов».
Наступление кардинала вызвало движение но всей Южной Италии. Добившись успехов в Калабрии и Апулии, он подошел к воротам Неаполя. Его армия соединилась с русским десантом — моряками адмирала Ушакова. Томас Троубридж блокировал порт, и жители города были на грани голода. Узнав о приближении армии кардинала Руффо, они 11 июня подняли восстание.
Французы оставили в городе лить 500 солдат в форте Святого Эльмо, а профранцузские республиканцы занимали замки Нуово и Уово, что позволяло контролировать порт.
Нельсон решил, что настало время для контрудара, и взял курс на Неаполь вместе с посольской четой. Прибыв в порт, он узнал, что Руффо согласился на перемирие с французами и их союзниками. Нельсон расценил этот шаг как равносильный капитуляции и вызвал кардинала на борт своего флагманского корабля. Его эскадра теперь состояла из девяти боевых судов, производивших устрашающее впечатление на противников.
Протестант Нельсон не доверял католическому кардиналу. Он предложил Руффо разорвать соглашение, но кардинал отказался это сделать. Другой союзник Великобритании в Неаполе, Ахмет, который действовал от имени Турции и России, поддержал позицию Руффо. Он призвал Нельсона уважать подписанный договор, поскольку он «полезный, необходимый и честный... ввиду того, что смертоубийственная гражданская и национальная война была окончена вместе с этим договором без дальнейшего кровопролития, и он способствовал вытеснению вражеской армии из королевства». Договор формально введен в действие, и «честь общества будет ужасным образом поругана, если он будет нарушен».
Только после этого адмирал уступил и нашел другой объект внимания: граф Караччиоло, переметнувшийся к французам и после поражения республиканцев скрывавшийся от роялистского террора. Его выдали и арестовали. Нельсон приказал отдать графа под суд, составленный из неаполитанских офицеров.
Суд, состоявшийся утром 30 июня, быстро приговорил Караччиоло к смертной казни через повешение большинством голосов. Нельсон немедленно привел приговор в исполнение. Он отверг все апелляции и просьбу графа заменить повешение расстрелом. Караччиоло не имел защитника во время суда, и к нему не приходил священник для последней исповеди.
Сэр Уильям Хэмилтон написал:
«Караччиоло и двенадцать наиболее мерзких бунтовщиков должны были в этот день предстать перед лордом Нельсоном... Что за зрелище мы увидели в это утро! Караччиоло, с длинной бородой, бледный, полумертвый и никогда не поднимающий глаз, был притащен на борт судна, где он теперь находился вместе... с другими подлыми предателями... Лорд Нельсон приказал казнить его в пять часов пополудни, повесив на фок-мачте... "Минервы" [неаполитанского фрегата]».
Тело повешенного Караччиоло было выброшено в море, и это шокировало многих жителей Неаполя. Караччиоло был другом и коллегой Нельсона. Он совершенно справедливо обвинял короля Фердинанда в позорном бегстве и ограблении Неаполя, а английского адмирала — в бессмысленном сожжении недостроенных неаполитанских судов, которые можно было взять на буксир.
Нельсон защищал политических банкротов. Он открыто вмешивался в дела другого государства и вершил суд, не будучи судьей. Адмирал, не являясь политиком и не зная иностранных языков, получал сведения о ситуации в Италии большей частью со слов Хэмилтонов.
Теперь Нельсон решил покончить с последним оплотом французов в Неаполе — фортом, в котором засели республиканцы. При этом он попустительствовал разгулу террора против якобинцев, многие из которых подверглись различным видам казней. На улицах города совершались зверства — тела убитых толпой людей сжигались, и убийцы вкушали человеческую плоть. Женщин, обвиненных в симпатиях к якобинцам, подвергали жутким, отвратительным унижениям.
Король и королева жаждали реванша. Руффо и его друзья хорошо понимали, какие опасности таит в себе возвращение монаршей четы в Неаполь. Фердинанд, Мария-Каролина и Хэмилтоны считали, что якобинцы должны быть беспощадно истреблены.
25 июня королева писала Эмме Хэмилтон о том, что она даст адмиралу самые широкие полномочия в борьбе против «каналий-мятежников». Она настойчиво рекомендовала милорду Нельсону относиться к Неаполю как к взбунтовавшемуся ирландскому городу: «Не нужно заботиться о количестве (наказанных), уменьшение числа злодеев (в Неаполе) на несколько тысяч сделает Францию более слабой, а мы почувствуем себя лучше».