Республиканцев заверили в том, что им сохранят жизнь и доставят в Тулон. Защитники форта поверили обещанию, но жестоко за это поплатились. Девяносто девять человек были казнены, причем некоторые четвертованы и сожжены. Нельсон мог предотвратить трагедию, но не стал вмешиваться.
«На улицах вновь установился порядок: лаццарони [чернь] больше не жонглировали головами жертв, казненных для потехи адмирала Нельсона и леди Хэмилтон», — написал Шатобриан.
В Неаполь прибыл король Фердинанд. Однако ему было тяжело свыкнуться с мыслью, что у него есть враги в городе, и он вскоре вернулся на Сицилию, где мог и дальше тешить себя иллюзией собственной популярности.
Первая годовщина победы в Нильской баталии была отмечена со всей возможной пышностью, о чем Нельсон написал Фанни:
«Большое судно было оборудовано, как римская галера. К веслам были прикреплены лампы, в центре воздвигнута ростральная колонна с моим именем, а на корме помещены ангелы, поддерживающие картину с моим изображением. Более двух тысяч разноцветных светильников были закреплены вокруг судна, нарядный оркестр состоял из лучших музыкантов и певцов. Музыкальное произведение большей частью восхваляло меня, описывая их бедствия, но приходит Нельсон, непобедимый Нельсон, и мы снова в безопасности, мы снова счастливы».
Нельсон принял титул герцога Бронте от короля Фердинанда и получил имение на вулканических склонах горы Этна.
Ост-Индская компания подарила ему 10 000 фунтов стерлингов в знак признания его заслуг «на Ниле». Эту сумму он разделил с отцом, братьями и сестрами.
После победы при Абукире он стал проявлять высокомерие к коллегам и даже выказывать непослушание. Он трижды игнорировал прямые приказы нового главнокомандующего Средиземноморским флагом Великобритании лорда Кейта, адмирала Эльфинстоуна, направить корабли для защиты Менорки. В итоге он выслал четыре недостаточно вооруженных судна.
В письме Спенсеру, первому лорду Адмиралтейства, он саркастически намекал на неудачу лорда Кейта, который не смог помешать уходу объединенного франко-испанского флота из Гибралтарского пролива в Кадис.
В ответном письме Адмиралтейство поздравило его с успехом — спасением Неаполя, но укоряло за непослушание лорду Кейту. Нельсон реагировал в той же надменной манере:
«Хотел бы я оказаться в ситуации лорда Кейта... Я бы разбил все приказы как кусок стекла: в том случае весь французский флот мог быть уничтожен... Хотя я с сожалением говорю это, но я не верю, что какой-либо морской офицер знает дела Средиземноморья, в том числе сухопутные, лучше меня».
Это самовыдвижение имело достаточно предсказуемый успех: в отсутствие лорда Кейта, покинувшего Средиземное море, адмирал Нельсон был назначен на его место.
В то же время он был обвинен в ряде злоупотреблений. Во-первых, в том, что наживался на закупках вина и нива для своего флота. «Я отвергаю любые инсинуации против меня и моей чести, — ответил флотоводец. — Нельсон настолько выше скандальных или низких поступков, насколько небеса выше земли».
Однако критики поднимали голову. Нельсона обвинили в том, что тысячи арестованных в Неаполе повстанцев содержатся в ужасных условиях.
В сентябре адмирал направил Томаса Троубриджа в порт Чивита-Веккия, расположенный вблизи Рима, и вскоре французы, захватившие «Вечный город», капитулировали. Однажды Нельсон заявил, что способен взять Рим силами флота, и Троубридж доказал это на деле. Адмирал действовал решительно и опередил русских, совершенно не учитывая при этом интересы партнеров по коалиции.
Действия Нельсона в Италии не вдохновляли здравомыслящих людей в Англии. Лидер либералов Чарльз Джеймс Фокс произнес в парламенте речь, нанося сильные удары по репутации Нельсона, хотя и не называя его по имени.
Фокс говорил об отвратительных и беспрецедентных зверствах и выразил опасения, что не одни французы их совершали:
«Например, Неаполь был, что называется, "освобожден", однако, если я правильно информирован, это действие было омрачено позором убийств столь диких и зверствами столь отвратительными, что при упоминании о них дрожит сердце. Говорится не только о том, что несчастные жертвы гнева и жестокости фанатиков были варварски убиты, но и о том, что во многих случаях их плоть ели и проглатывали каннибалы, являющиеся защитниками и инструментами социального порядка. Нет, Англия не свободна от укоров, если циркулирующие слухи верны.