В конце августа директивой Военного Совета Северо–Западного направления было приказано усилить Восточно–Гогландскую позицию и создать тыловую позицию в районе Нерва — Лавенсари — Курильский риф — Сейвесте — Шепелев.
1, 4 и 26 сентября минзаг участвовал в оборудовании тыловой позиции. 10 сентября «Марти» и эсминец «Сметливый» в обеспечение трех БТЩ и трех МО выставили 380 мин для усиления на Восточно–Гогландской позиции.
В конце сентября минный заградитель стоял в Кронштадтской гавани. Корабли и форты Кронштадта оказывали эффективную поддержку частям Красной Армии, наносили противнику большие потери в технике и живой силе. И тогда немцы бросили на корабли авиацию. 21 сентября в результате близких разрывов авиабомб на «Марти» вышли из строя три орудия. 23 сентября был самый большой налет фашистской авиации на Кронштадт. Несколько десятков самолетов кружились среди массы белых облачков зенитных разрывов, один за другим пикируя на стоящие в гавани корабли. Вокруг «Марти» то и дело взметались перемешанные с илом столбы воды. Нередко они обрушивались на палубу. Все больше погибших. Выведены из строя расчеты еще двух орудий. Откуда-то сбоку, ревя моторами, заходит бомбардировщик. Еще секунда — и полутонная бомба разорвалась в нескольких метрах от форштевня. Образовались множество пробоин в борту. В шкиперском помещении возник пожар. Рядом находился артиллерийский погреб, в случае опасности его следовало затопить. Однако моряки корабля, действуя решительно и умело, не дали огню распространиться дальше. Затопление погреба не потребовалось, корабль был спасен.
Необычным стал выход 26 сентября на усиление тыловой позиции. Необходимо было заградить минами фарватер, который мог быть использован противником. Рано утром «Марти» в сопровождении трех БТЩ и шести малых охотников вышел на выполнение боевой задачи. Постановку заграждения решили начать с западной точки линии, чтобы иметь свободный путь для отхода кораблей. Однако при подходе к восточной точке линии минного заграждения корабли попали под массированный огонь вражеской батареи с мыса Сейвясте. Мины на заградителе были уже окончательно подготовлены к постановке, поэтому попадание даже одного осколка в них вызвало бы взрыв всего боезапаса. В столь критический момент Н.И. Мещерский принял решение вопреки намеченному плану начать постановку не с западной точки заграждения, а с восточной.
Это сокращало время нахождения под обстрелом и исключало попадание под огонь батареи в конце постановки мин. Минзаг шел вперед, закрывая за собой путь и для врага и для себя. Наконец вырвались из зоны обстрела. Приказ был выполнен, и корабль, имея перед собой три тральщика БТЩ, двинулся в обратный путь по немецкому минному заграждению. Прошла минута, другая — и вдруг раздался взрыв, затем второй: оба полутрала перебиты и БТЩ вышел из строя. Еще два взрыва, и второй тральщик потерял оба полутрала. У самого борта, покачиваясь на волнах, проплыло несколько зловещих черных шаров. Шли минуты. Каждая казалась вечностью. Снова взрыв, уже в трале третьего БТЩ. Целым остался только один полутрал. С его помощью и удалось благополучно вывести минзаг на чистую воду. На борту облегченно вздохнули.
10 сентября 1941 г. командиром корабля назначается капитан 2–го ранга Г.С. Абашвили.
В первых числах ноября минный заградитель участвовал в походе на Ханко для эвакуации его героических защитников. 30 октября приказом командующего КБФ был сформирован 1–й отряд кораблей для перевозки войск с Ханко. В состав отряда включили минный заградитель «Марти», эсминцы «Стойкий» и «Славный», пять БТЩ и пять катеров малых охотников. Возглавил отряд командующий эскадрой вице–адмирал В.П. Дрозд. На «Марти» находился командир отряда заградителей капитан 1–го ранга Н.И. Мещерский.
«Марти» стоял в Ленинграде на ремонте, исправляя повреждения, полученные во время бомбежек немецкой авиацией. Получив приказ готовиться к операции, на корабле срочно закончили ремонт, оборудовали трюмы для приемки войск, срезали мачты. 31 октября минзаг перешел из Ленинграда в Кронштадт.
В 3.00 1 ноября минный заградитель снялся с якоря, пройдя боновые заграждения, корабли построились в походный ордер. Утром они прибыли на рейд Сууркюля на острове Гогланд. С наступлением темноты отряд вышел из бухты Сууркюля, обогнул Гогланд с юга и взял курс на запад. Переход на Ханко осуществлялся рекомендованными курсами южным фарватером. Стояла лунная ночь, видимость 90–100 каб., ветер юго–западный 2–3 балла.