Военнослужащие отдела специального оружия подчинялись только своему начальнику, а тот в свою очередь подчинялся непосредственно командующему своего флота. Отдел специального оружия был подчинен соответствующему управлению Главного штаба ВМФ СССР.
Здесь необходимо добавить, что начиная с того момента, как в 561-м ОМРП появилась специальная автомашина (1975 год), там периодически, примерно один раз в полтора-два года, также стали приезжать представители из Ядерного центра «Челябинск-70». В советском союзе закрытый номерной город Челябинск-70 в целях конспирации проходил как «почтовый ящик — п/я» (адреса не было, а корреспонденция шла на «почтовый ящик Челябинск-70» и уже далее в этом закрытом городе сортировалась по назначению). В настоящее время этот Челябинск-70 официально называется город снежинск Челябинской области России. 561-й ОМРП представители Ядерного центра посещали вместе с офицерами отдела специального оружия из штаба флота. Кроме каких-то работ, которые представители Ядерного центра проводили в специальной автомашине, они также встречались с командованием ОМРП и офицерами третьего подразделения ОМРП. иногда вместе с представителями Ядерного центра в 561-й ОМРП приезжал также «направленец» (соответствующий куратор частей специальной разведки ВМФ) из разведывательного управления Главного штаба ВМФ.
Замена специальных ядерных зарядов происходила не часто. Специальная автомашина очень редко покидала пределы ОМРП.
В самом начале 90-х годов специальная автомашина из 561-го ОМРП была экстренно вывезена. Возможно, одной из причин такого действия могло быть то, что режим президента России Бориса Ельцина всерьез опасался, что подготовленные и самостоятельно мыслящие военные, используя наличие у себя специальных зарядов, могут, шантажируя их применением, отстранить его от власти. Постепенно истерика у новых «демократических» властей прошла. и где-то в конце 1993 — начале 1994 года в 561-й ОМРП пришла другая, более современная специальная автомашина.
Находятся ли специальные ядерные заряды в 561-м ОМРП специальной разведки ВМФ сейчас? достоверной и проверенной информацией о нахождении (или не нахождении) там ядерных зарядов автор этих строк не располагает. А военные предпочитают говорить, что в настоящее время специальных зарядов в 561-м ОМРП, как и других ядерных зарядов в других воинских частях и на кораблях, дислоцированных в Калининградской области, «пока нет».
Так, в феврале 2001 года исполняющий обязанности командующего Балтийским флотом вице-адмирал Владимир валуев заявил на международной конференции «Россия, Калининградская область и регион Балтийского моря — призыв к укреплению сотрудничества»: «Газетные сообщения о наличии тактического ядерного оружия на территории Калининградской области — преувеличение. Эта зона объявлена Россией в одностороннем порядке безъядерной, и мы призываем к этому соседей. Но корабли и самолеты подготовлены для размещения всякого оружия, в том числе и ядерного. Понадобится ли оно Балтийскому флоту, будет зависеть от обстановки».
А в неофициальных беседах военнослужащие Балтийского флота не исключают, что ядерные заряды будут доставлены в Калининградскую область в том случае, если в НАТО будут приняты Латвия, Эстония и Литва. или же, если США разместят в Польше носители ядерного оружия (или будут базировать там самолеты, способные нести ядерное оружие). К этому случаю на Балтийском флоте готовят соответствующие кадры. и уже на флоте проводятся учения с применением ядерных боеголовок. Ядерные заряды могут быть установлены на корабельных комплексах. К примеру, ПКР «Гранит» способны нести различные типы боевого снаряжения. Дальность полета ракеты более 500 км, стартовая масса 7 тонн, длина корпуса 10 метров, скорость полета 2800 км/ч. Такая ракета с ядерным зарядом может быть запущена, к примеру, по надводному кораблю, находящемуся в военно-морской базе или же по месту дислокации войск противника. Корабельный ракетный комплекс «Москит» (П-100) может нести ядерный заряд массой 800 кг и поражать цели на расстоянии до 100 км. Ракеты комплекса «Малахит» могут доставить ядерный заряд на расстояние до 280 км. и так далее.
Главное, подготовленные офицеры специального оружия на Балтийском флоте и, в частности, в Калининградской области есть. В любой момент, если в Калининградскую область с ядерно-технических баз хранения будут доставлены любые ядерные заряды, то эти подготовленные офицеры могут их быстро подготовить (ввести задание) к действию. На операцию по доставке в область и подготовку зарядов к действию может уйти всего примерно 15 часов.