В 1788 г., по инициативе Потемкина, для Черноморской гребной флотилии из гренадерских подразделений разных мушкетерских полков был сформирован Свято-Николаевский гренадерский батальон. В конце 1789 г. из него, а также Ярославского пехотного полка комплектуется Николаевский приморский гренадерский полк в составе 3 батальонов. В свете предстоящих операций на Дунае и той роли, которая отводилась в них гребным судам, одного полка в составе флотилии было явно недостаточно. Можно было пойти по уже знакомому «балтийскому» пути, когда в боевых условиях к судам прикреплялись наспех собранные солдатские команды или роты адмиралтейского батальона. Однако такой вариант не вполне себя оправдывал, тем более он был отчасти испробован и на Черном море. Поэтому десантную мощь гребной флотилии усилили еще одним полком: в мае 1790 г. из 2 батальонов Астраханского гренадерского полка формируется Тираспольский гренадерский полк. Вскоре его переименуют в Гренадерский полк легкой пехоты, а 1 августа 1790 г. он получит свое окончательное название — Днепровский приморский гренадерский полк.
Основные функции солдат Черноморской гребной флотилии были такие же, как у их «комбатантов» на Балтике: гребля, караулы, десант. Однако полковая организация морской пехоты в очередной раз была поставлена под сомнение, полки трансформировались в батальоны и составили по указу Военной Коллегии от 27 июня 1794 г. Гренадерский корпус, «полагаемый для гребного флота Черноморского». Его штат включал 4 батальона (по 6 рот в каждом), по 2 от Николаевского и Днепровского полков.
В то же время для Черноморского гребного флота был сформирован и Бомбардирский батальон, вооружение которого состояло из 5 пятипудовых мортир, 6 однопудовых единорогов, 6 двадцатичетырехфунтовых и 3 восемнадцатипудовых пушек.
К концу правления Екатерины Великой морская пехота на Черном море выглядела следующим образом:
— Гренадерский корпус гребного флота;
— 3 батальона корабельного флота (6 рот, 1 гренадерская);
— Адмиралтейский батальон (5 рот).
При императоре Павле Гренадерский корпус отдан в ведение морской администрации, но вскоре распался на несколько отдельных батальонов, а в 1798 г. их постигла участь пехоты гребных судов на Балтике: они передавались в военное ведомство и прекращали свое существование во флоте, оставаясь в качестве потенциального усиления гребных судов «на случай надобности». В конечном итоге они оказались в составе гарнизонных полков.
Усиление морской мощи России происходило также и на Каспии, где 17 декабря 1795 г. учреждена своя эскадра. В ее составе в июле 1796 г. была определена солдатская команда, состоявшая из 2 обер-офицеров и 150 нижних чинов, из коих 116 числились мушкетерами. В Баку и Астрахани дислоцировались солдатские команды (по 30 чел. в каждой) из «престарелых». 1 января 1798 г. для гребных судов Каспийской флотилии образована команда в 2 обер-офицера и 82 нижних чина.
Несколько особняком в хронике российской морской пехоты XVIII в. стоит подразделение, которое относилось к так называемым гатчинским войскам цесаревича Павла Петровича. Речь идет о батальоне Его Императорского Высочества, сформированном из солдат флотских и адмиралтейских пехотных частей для несения караулов в резиденциях наследника на Каменном острове и в Гатчине и участии в воинских экзерцициях.
Назначенный Екатериной II генерал-адмиралом и Президентом Адмиралтейской Коллегии, наследник в духе своего прадеда Петра I с детства большое внимание уделял «марсовым забавам». За образец, правда, был взят военный уклад Фридриха Великого, но тем большее рвение к воинским наукам выказывал Павел Петрович. Его стремление «завести» собственное войско по прусскому образцу наталкивалось на неприятие со стороны матери и ее клевретов. Тем не менее воинство великого князя росло, и одной из его составляющих стали морские солдаты.
Первоначально численность караульных команд была невелика, но со временем она возросла до состава роты, а к 1788 г. уже 5 рот. В свою очередь они были сведены в батальон, который и получил приведенное выше наименование (до этого караульные команды назывались Гатчинской командой, 1-м флотским гренадерским батальоном, Павловским и Каменноостровским гарнизонами).
В течение нескольких последующих лет батальон комплектовался чинами морских и адмиралтейских батальонов, которые, переходя на службу к цесаревичу, обрекались тем самым на ежедневные строевые занятия и муштру в прусском стиле. Гренадеры морских частей все более оказывались втянутыми в атмосферу гатчинских маневров и парадов, утрачивая навыки универсальных морских бойцов.
Тем не менее им пришлось оказаться в боевой обстановке, когда их присоединили к галерным батальонам во время русско-шведской кампании 1789 г. (
Впоследствии часть этого батальона вошла в состав гвардейских Преображенского и Семеновского полков, а часть продолжала нести службу в Павловске и Гатчине. Уже при Александре I несколько его подразделений оказались в составе Гвардейского экипажа.