В очерке истории морской пехоты уже упоминалось о том, что накануне второго похода под Азов из чинов Преображенского и Семеновского полков, а также «охочих людей» был сформирован Морской регимент, капитаном и командиром одной из его рот являлся сам Петр. В ее состав и вошли «потешные» (29 чел.). Был объявлен также набор «охочих людей» как в Регимент, так и в эти два полка. 18 февраля 1696 г. 22 ротам Регимента произвели смотр в Москве, а через пять дней его отправили в Воронеж. Путь был неблизкий, и во время похода, по выражению ближайшего сподвижника и наставника Петра I Ф. Лефорта, чины Регимента «дуровали». Тем временем к концу марта в Воронеж стали стягиваться войска. По распоряжению Т.Н. Стрешнева, Ф. Тиммерман привез «гербовое» знамя Регимента. Оно представляло собой прямоугольник с откосом и с надписью «12 марта 7204 г.» (1696 от P. X.). В середине золотой двуглавый орел, держащий в лапах копья, под орлом море с парусными кораблями; в откосе — апостолы Петр и Павел в облаках, с камнем Веры.
На одной из трех спущенных 2 апреля этого же года галер, «Принципиусе», команда гребцов состояла из чинов Преображенского полка (30 чел.), которые частично исполняли обязанности экипажа. Примерно с этого времени в штатах Преображенского и Семеновского полков зарождаются морские команды, которые обслуживали парусники и гребные суда (а позже и не только их), имевшиеся в распоряжении этих частей на постоянной основе.
После победоносного завершения похода 1696 г. Морской регимент со знаменем поротно проследовал при торжественном проходе войск в Москве и вскоре был растасован по разным полкам. Некоторые чины роты, которой командовал Петр, отправились вместе с ним в Европу в составе Великого посольства в 1697–1698 гг. Во время пребывания Петра в Англии Вильгельм III подарил ему яхту «Транспорт Роял», которая в течение последующих десятилетий служила образцом для строительства придворных и царских яхт. Сопровождавшие его «потешные», уже овладевшие навыками не только гребли, но и искусства управления парусом, могли стать первым русским экипажем яхты, однако после неудачной попытки провести ее вверх по системе рек и волоков в Волгу для пополнения Азовского флота яхта была оставлена в Архангельске и в море не выходила.
Вторая, кипарисная яхта была подарена Петру в Амстердаме. На ней в качестве экипажа как раз и находились чины Преображенского полка. Они, а также и семеновцы, офицеры и рядовые, столь уверенно чувствовали себя на воде, что когда адмирал Ф.А. Головин привел отряд судов в Азов, командирами на бригантинах и галиотах были офицеры этих полков, а команду, помимо иностранных матросов, составляли их солдаты.
Тем временем масштабное «корабельное строение» было развернуто в Воронеже. С конца октября до середины декабря 1698 г. Петр осматривал ход работ над «кум-панскими» кораблями, а 19 ноября он лично заложил боевой корабль «Предестинация». Кроме того, Петр участвовал в осмотре готовых многопушечных кораблей. В это время и позже здесь строились также яхты по английским и голландским образцам.
В июне 1699 г. Петр посетил Таганрог, прибыв туда с несколькими галиотами и бригантинами, а также кипарисной яхтой. Вместе с ним на судах находились гребцы и матросы из числа «потешных», а также переведенные туда из гвардейских и армейских полков унтер-офицеры и солдаты — тенденция пополнения судовых и корабельных команд чинами сухопутных частей в петровскую эпоху, как уже отмечалось выше, получила большое распространение. В этой связи показательна челобитная, поданная в это время Петру от имени 200 солдат, в которой они просили за службу на кораблях прибавить жалованье и увеличить хлебное довольствие.
Между тем число «потешных» было ограничено, а государевых яхт и шлюпов становилось все больше, равно как и людей, сведущих в корабельном деле.
26 марта 1700 г. генерал А.М. Головин сообщает Петру в Воронеж, что в его распоряжение уже отправлена команда гребцов из 10 человек, имевших жалованье матросов, кроме того подъемные деньги (по полтора рубля) и комплект обмундирования.
Вскоре началась Северная война и состоялась печально известная Нарвская баталия, в ходе которой под натиском внезапно атаковавших шведов русские войска вынуждены были стремительно отступать через единственную переправу на р. Нарове. При этом возникла паника, которой, правда, не поддались семеновцы и преображенцы, по мере сил отражавшие атаки неприятеля.
К утру команда бомбардирской роты Преображенского полка восстановила разрушенный мост, что позволило остаткам дивизии Головина переправиться на правый берег Наровы.
Из письма Ф.М. Апраксина, адресованного в Приказ Воинского морского флота спустя три года после этих событий, в 1703 г., становится известно, что в наведении переправы участвовали именно чины морской команды этой роты, за что им даны «оборонные» деньги.