В тяжелую годину выпало вступить на престол юному Федору Борисовичу Годунову. Лишь около двух месяцев отвела история его царствованию. Он даже не успел венчаться на царство и принять сан Богопомазанника.
Шестнадцатилетний, красивый, мужественный, с черными глазами юноша — новый царь всем нравился своей наружностью. Способный от природы, рано познавший науку управления государством, он мог бы дать, вероятно, многое отчизне и народу.
Жители Москвы спокойно присягнули Федору, поклявшись при этом: «И к вору, который называется князем Дмитрием Углицким, не приставать, с ними его советниками не ссылаться ни на какое лихо, не изменять… и того вора, что называется царевичем Дмитрием Углицким, на Московском государстве видеть не хотеть».
Но многие россияне уже искренне верили, что находившийся в Путивле самозванец, созывающий к себе народ и русское воинство, и есть истинный Дмитрий.
Начались измены и в армии. Правительство на смену нерешительным прежним воеводам послало к войску Петра Басманова, недавнего героя Новгород-Северского, считая, что на него можно положиться. Но случилось неожиданное.
Басманов вместе с войском присягнул Дмитрию. Вероятно, он понял, что дни Годуновых сочтены и вряд ли ему был смысл подвергать свою жизнь опасности, видя вокруг ликующие лица россиян, признавших в самозванце Дмитрия. 7 мая 1605 года войско провозгласило самозванца государем и направило к нему своих выборных лиц с мольбой о прощении за то, что «по неведению стояли против него, своего прирожденного государя». Теперь движение Дмитрия на Москву походило на триумфальное шествие победителя. Города и крепости сдавались ему без боя. На всем пути встречали его радостно, с хлебом и солью.
Весть о переходе войска на сторону Дмитрия была смертным приговором Федору. Он хотя и пользовался царской властью, но уже плыл по воле волн, ожидая, чтобы жребий его свершился. Вокруг себя он видел только несколько преданных друзей. Скорее по инерции отдавал он последние указания о подготовке столицы к обороне, но ратные люди работали вяло, неохотно. Все чувствовали, что это теперь ни к чему.
1 июня явились в Москву послы самозванца с грамотой к москвичам. Звоном колоколов созвали на Красной площади народ, который с благоговением слушал царскую грамоту. В ней Дмитрий прощал народ, бывший в неведении о зле Бориса, и обещал награды в случае его признания. Заканчивалась грамота угрозой: «А недобьете челом нашему царскому величеству и не пошлете просить милости, то дадите ответ в день праведного суда, и не избыть вам от Божия суда и нашей царской руки». В толпе поднялось сильное смятение. Одни выкрикивали здравицы: «Буди здрав, царь Дмитрий Иванович!»; другие сомневались: «Да точно ли это Дмитрий Иванович? Может быть, это не настоящий?»
Затем раздались голоса: «Шуйского! Шуйского! Пусть скажет по правде: точно ли похоронили царевича в Угличе?» Шуйского возвели на лобное место. Площадь замерла в ожидании. В руках Шуйского была теперь судьба Годуновых.
«Борис послал убить Дмитрия-царевича, но царевича спасли, а вместо него погребен попов сын!» — провозгласил Шуйский.
Толпа неистово взревела: «Долой Годуновых! Всех их искоренить! Нечего жалеть их, когда Борис не жалел законного наследника!» Людская масса хлынула в Кремль, ворвалась во дворец. Стрельцы отступили перед громадной толпой, и защищать Годуновых больше было некому. Федор кинулся в тронную палату и сел на престол, надеясь, что народ не осмелится наложить руку на своего царя. Трепещущие царица с царевной Ксенией стояли с иконами в руках, умоляя о пощаде. Но в глазах народа Федор уже не был царем. Его стащили с престола и вместе с матерью и сестрой отвезли на водовозных клячах из дворца в дом, где жил Борис, когда был боярином. К дому приставили стражу. Расходившаяся чернь предалась грабежу и разгулу. Царский дворец был опустошен и разграблен. Все в нем, как якобы оскверненное Борисом, было поломано, испорчено и растащено. Были разграблены усадьбы близких к Годунову людей, а также жилища немецких лекарей, которых особенно жаловал Борис.
Дмитрий в это время находился в Туле. К нему были направлены выборные от Москвы с повинной грамотой от всей столицы. Грамота приглашала царя в столицу на престол. Она была написана от лица всех сословий. Впереди всех было поставлено имя патриарха Иова.
10 июня в Москву приехали князья Голицын и Мосальский с приказанием устранить Годуновых и сместить с престола патриарха Иова. С патриархом обошлись жестоко. Прямо во время богослужения вооруженные мятежники ворвались в храм, сорвали с Иова святительскую одежду, надели черную ризу, таскали по храму и площади, а затем вывезли на телеге из города и заключили в монастырь. Немедленно решили и судьбу семейства Годуновых. В дом, где семья Годуновых сидела под стражей, пришли Михаил Молчанов и Шеферединов с тремя дюжими стрельцами.