Показав себя незаурядным и трудолюбивым исследователем, Яковлев, тем не менее, не замыкался исключительно на учебе. В конце XIX – начале XX в. обстановка в общественной среде Российской империи накалилась. Контрреформы Александра III и нежелание нового правителя Николая II идти на уступки требованиям общественности создали ситуацию, когда малейший повод мог привести к открытым проявлениям недовольства. В авангарде антиправительственного движения традиционно стояло университетское студенчество. Не избежал подобных настроений и Яковлев.
К этому времени относится его увлечение марксизмом. Блестяще владея многими иностранными языками, Яковлев перевел с немецкого языка работу В. Зомбарта «Социализм и социальное движение в XIX веке» и труд Т.С. Пепина «Страна рабочих клубов»[274]
. В 1899 г. в стране началась всеобщая студенческая забастовка из-за ужесточения университетских правил, в которой Яковлев активно участвовал[275]. Он входил в Исполнительный комитет бастовавших студентов Московского университета. Из-за инцидента со студентом Дурново, которого Яковлев ударил за то, что тот призывал завершить забастовку, его исключили из университета[276]. В ночь на 11 апреля в квартире Яковлева был проведен обыск и изъяты письма и книги, а сам историк вскоре уехал домой в Симбирск. Его переводы социалистических книг были уничтожены[277]. Первоначально предполагалось навсегда исключить его из университета: ректор Д.Н. Зернов даже подписал соответствующие бумаги. Но на защиту Яковлева встали весьма влиятельные люди. О его прощении ходатайствовали И.Д. Цветаев и В.О. Ключевский. Другом Яковлева был С.А. Попов, племянник Д.Н. Зернова, что тоже способствовало благополучному решению дела. Сохранилось письмо Яковлева своему учителю, где он утверждал, что не имеет никакого отношения к студенческому движению[278] (хотя другие документы свидетельствуют об обратном). За Яковлева перед В.О. Ключевским просили студенты[279], а сам он послал Д.Н. Зернову письмо, где говорил: «Он написал прекрасное сочинение по русской истории для соискания медалей, когда еще состоял на 1-м курсе: редкий случай в истории русских университетов… По неоднократным беседам с ним я составил себе понятие о нем как о благовоспитанном и образованном молодом человеке, даровитом и вдумчивом, с живой научной наблюдательностью… Если Вы поможете смягчению его вины и возможному облегчению постигшей его кары, Вы, может быть, спасете прекрасного работника для русской науки и школы. Я со своей стороны готов вполне поручиться за его благонадежное поведение по возвращении в Московский университет»[280].Благодаря заступничеству профессуры Яковлева вернули в Московский университет, который, несмотря на все перипетии, он благополучно окончил в 1900 г., удостоившись диплома первой степени[281]
. Впоследствии он не принимал активного участия в общественно-политической жизни страны, хотя и отличался самостоятельными взглядами. После окончания университета перед ним встал выбор: начать карьеру ученого или посвятить себя другому делу. В.О. Ключевский настоятельно рекомендовал оставить его при факультете для подготовки к профессорскому званию. Свою поддержку выразил отец, обещав всячески помогать сыну в первое, самое трудное время начала его профессиональной научной деятельности: «Я с своей стороны считаю за лучшее остаться тебе при университете, у Ключевского, и с своей стороны готов высылать тебе ежемесячно до 60–65 рублей, только бы ты занимался и поскорее выдержал магистерский экзамен»[282].Получив поддержку, молодой историк в течение трех лет готовился к магистерским экзаменам, которые он успешно сдал к 1904 г. После чтения пробных лекций его пригласили работать в Московский университет на должность приват-доцента. Началось время активной педагогической и научной работы. В университете он вел курсы по историографии и методологии истории, а также ряд отдельных семинаров, например, по истории крестьянства в XIX в.[283]
. Интерес к теоретическим вопросам исторического познания выразился в том, что молодой историк начал писать фундаментальное методологическое исследование под названием «Эгерсис». Работу над этим исследованием ученый не прекращал на протяжении практически всей своей жизни.