Надо ли говорить, что знаки отличия стали появляться на мундире Ростопчина как грибы после дождя: уже 7 ноября 1796 года он получил чин бригадира и орден Святой Анны 2-й степени, 8 ноября — чин генерал-майора и звание генерал-адъютанта, 12 ноября — орден Святой Анны 1-й степени, 18 декабря — дом в Петербурге, а 1 апреля 1797 года по случаю коронации Павла — орден Святого Александра Невского. В ноябре 1798 года он был произведен в действительные тайные советники.
За короткий срок царствования Павла I Ростопчин успел поруководить несколькими ведомствами: военным, дипломатическим и почтовым. Где бы он ни работал, ему всегда удавалось доказывать значительность занимаемой должности. Многие современники, даже противники, отмечали завидную работоспособность Ростопчина, его хорошие организаторские способности. В этом он был под стать императору, встававшему спозаранку и день-деньской занимавшемуся текущими государственными делами. Павел задумал за несколько лет сделать то, на что обычно требуются десятилетия. Особую заботу нового императора составляли укрепление и централизация царской власти, введение строгой дисциплины в обществе, ограничение прав дворянства (например, император приказал всем дворянам, записанным на службу, явиться в свои полки, а служили тогда с младенчества).
Смысл жизни подданного — служение государю, а всякая свобода личности ведет к революции. Этот постулат павловского времени Ростопчин принял на всю оставшуюся жизнь. Именно Павел «сделал» Ростопчину прививку от либерализма.
Ростопчину потребовалось немного времени, чтобы «закрутить гайки»: ужесточить цензуру, запретить выезд молодежи на учебу за границу.
Ростопчин в 1799 году отмечал, что работает «до изнеможения»: встает в половине шестого утра, через 45 минут — уже у государя, при котором пребывает до часу дня, занимаясь рассылкой приказов и чтением поступающих документов. Ложился спать он в десять часов вечера.
Управляя Военным департаментом и Военно-походной канцелярией императора (с мая 1797 года), Ростопчин написал новую редакцию Военного устава по прусскому образцу. Целью нового устава было превращение армии в хорошо отлаженный механизм с помощью повседневных смотров и парадов. Как глава почтового ведомства (с мая 1799 года) он имел возможность читать проходящую через него почту. Факт немаловажный, особенно для того, кто знает толк в интригах. Но наиболее бурную деятельность Ростопчин развил, занимаясь внешнеполитическими делами Российской империи.
В сентябре 1799 года государь назначил его первоприсутствующим в Коллегии иностранных дел, фактически канцлером (занимавший эту должность Безбородко умер еще в апреле 1799 года). Ростопчин планировал развернуть внешнюю политику России на 180 градусов, избрав в качестве союзника Францию, а не Англию с Австрией. Таким образом, он двигался в русле политики Павла, который «перевернул все вверх дном», как выразился его старший сын Александр. Ростопчин даже планировал тайно отправиться в Париж для ведения переговоров с Бонапартом. Но разве государь мог его отпустить — ведь на дворе стояла уже осень 1800 года, тучи над Михайловским замком сгущались. Из затеи Ростопчина ничего не вышло.
Ростопчин считал, что у России не может быть политических союзников, а есть лишь завистники, которые так и норовят сплотиться в деятельности против нее. Недаром ему приписывают фразу: «Россия — это бык, которого поедают и из которого для прочих стран делают бульонные кубики». Как напишет Ростопчин впоследствии в своей «Записке…о политических отношениях России в последние месяцы павловского царствования», «России с прочими державами не должно иметь иных связей, кроме торговых».
Получается, что Ростопчин задолго до Александра III, провозгласившего главными и единственными союзниками России армию и флот, сформулировал основные постулаты политики царя-консерватора. Поэтому Ростопчина и принято относить к основателям русского консерватизма и даже национализма.
При дворе росло число завистников, надеявшихся, что царствование Павла будет коротким. Ростопчин должен был быть готов, что в любое время он так же быстро сойдет с пьедестала, как и очутился на нем.
Первая отставка последовала в марте 1798 года, когда в результате происков фаворитки Павла Е. И. Нелидовой он был снят со всех постов и выслан в свое имение. Правда, уже через полгода Ростопчин вновь понадобился государю (у Павла вместо Нелидовой появилась новая любимица — А. П. Лопухина). Новые «знаки благоволения», как называл их Ростопчин, не заставили себя ждать — графский титул «с нисходящим его потомством» в феврале 1799 года, а еще три тысячи крепостных и 33 тысячи десятин земли в Воронежской губернии. В марте 1800-го Федор Васильевич назначен членом совета императора.