Почти столетие простояла деревянная церковь Марии Египетской на Кучковом поле, затем была заменена каменной. В начале XVIII века фабрикант Алексей Яковлевич Милютин, бывший ее прихожанином, построил в ней придел Сретения Господня. В конце XVIII века был произведен ремонт церкви «иждивением коллежского асессора Афанасия Абрамовича Гончарова» — прадеда жены А. С. Пушкина Н. Н. Гончаровой.
Особое внимание оказывал церкви царь Алексей Михайлович, так как Мария Египетская была святой покровительницей его первой жены Марии Ильиничны Милославской, и в день «именин государыни царицы» в храме служил патриарх.
В 1700 году в церковь поступил дар от иерусалимского патриарха Досифея — частица мощей («плюсна правой ноги») преподобной Марии Египетской. Эта святыня хранилась в храме в серебряном ковчеге. С середины XIX века в церкви Марии Египетской «за ее ветхостью» служба не производилась, в 1883 году стены церкви были укреплены железными обручами, внутри поставлены подпорки. Даже на фотографиях середины 1920-х годов храм Марии Египетской — одноглавый, небольшой, с гладкими стенами без украшений, глубоко вросший в землю — производит большое впечатление, от него веет подлинной седой древностью.
В «Указателе московских церквей» 1915 года, составленном М. Александровским по хронологическому принципу — в порядке возведения храмов, церковь Марии Египетской стоит третьей, древнее ее были в Москве лишь две церкви — Спас на Бору и Всех Святых на Кулишках.
Два десятилетия спустя после постройки церкви Марии Египетской рядом с ней был построен еще один храм. Поводом для его возведения послужило событие, на века и до нынешнего времени ставшее памятным в истории Москвы и всего русского государства.
В конце XIV века среди соперничающих, враждующих и воюющих между собой среднеазиатских властителей выделился и занял главенствующее положение монгольский полководец Тимур, объявивший себя наследником империи Чингисхана и присвоивший себе титул великого эмира. Он имел прозвище Тимурленг, или Тамерлан, что значит «Тимур-хромой». На Руси он был известен как Темир Аксак. Летописец XIV — начала XV века объясняет происхождение и смысл имени грозного завоевателя: «Оковал себе железом ногу свою перебитую, отчего и хромал, поэтому и прозван был Темир Аксак, ибо темир значит „железо“, аксак — „хромой“; так в переводе с половецкого языка объясняется имя Темир Аксак, которое значит Железный Хромец».
Тимур подчинил себе Самарканд, завоевал Хорезм, Хоросан, Багдад, покорил Персию и государства Закавказья, совершал успешные грабительские походы в Индию и Китай. Затем он вторгся во владения могущественного властителя Золотой Орды хана Тохтамыша, того самого, который в 1382 году, мстя за поражение Мамая в Куликовской битве 1380 года, сжег Москву.
Весной 1395 года Тимур, разбив войско Тохтамыша на Тереке, перешел Волгу и вступил в пределы Руси. Он разорил пограничный Елец, селения по верховьям Дона и встал станом на Дону.
В Москве с тревогой следили за продвижением монгольского войска. Очевидцы рассказывали о его несметной численности, о жестокости его предводителя Тимура, превосходившей свирепость Батыя: так, разрушив персидский город Исфагань, он приказал убить всех его жителей и из их черепов сложить холм. Москвичи помнили и нашествие Мамая, и разорение Москвы Тохтамышем, когда, как записал летописец, на месте города «не видети иного ничего же, разве дым и земля и трупия мертвых многых лежаща». Тимур Аксак был страшнее Тохтамыша.
В это время великим московским князем был старший сын Дмитрия Донского — Василий. Получив известие о том, что Темир Аксак уже в Рязанском княжестве, откуда прямая дорога в Москву, князь Василий Дмитриевич, не мешкая, собрал войско и с присоединившимися к нему москвичами-ополченцами из простого народа выступил навстречу монгольскому войску.
Князь Владимир Андреевич, двоюродный брат и первый соратник Дмитрия Донского в Куликовской битве, за это сражение получивший от современников прозвище Храбрый, готовил Москву к осаде. Еще прошлой осенью вокруг разросшегося посада начали возводить новую линию укреплений: земляной вал и ров «шириной в сажень, а глубиной в человека стояща». Копать ров начали с Кучкова поля по направлению в одну сторону к Неглинке, в другую — к Москве-реке, однако к этому времени успели построить лишь малую часть укреплений.
Теперь Темир Аксак, считай, стоял под Москвой. Лазутчики, пробиравшиеся в татарский стан, принесли известие, что, судя по слышанным ими разговорам, Темир Аксак помышляет захватить всю Русскую землю и «примучить» христиан. Хотя у московского князя были немалые дружины храбрых воинов, и они готовы были биться, не жалея жизни, но против них двигалось войско, по своей численности намного их превосходящее. День и ночь в Москве были открыты церкви, день и ночь в них молились священники и московский народ, прося Божью помощь русскому войску.