Ряд помещений Сухаревой башни использовался следственными и судебными органами. В 1785 году у Екатерины II зародилось подозрение, что московскими масонами готовится заговор с целью отрешить ее от трона и возвести на него ее сына цесаревича Павла.
Она полагала, что во главе заговора стоит Н. И. Новиков, и приказала московскому генерал-губернатору графу Я. А. Брюсу, внучатому племяннику Я. В. Брюса, произвести следствие.
Профессор-историк Московского университета, друг Н. И. Новикова и масон Харитон Андреевич Чеботарев рассказывал (об этом пишет Снегирев, прекрасно знавший университетские предания), что все бумаги Новикова были взяты на Сухареву башню и там допрашивали членов новиковского кружка, в том числе и самого Чеботарева. Екатерина II, не имея доказательств о заговоре, распорядилась «освидетельствовать» издания Новикова на их несоответствие православной вере. Следователи не нашли никаких следов заговора и вообще противоправительственной деятельности Новикова, а архиепископ Платон, которому поручено было его «испытывать в вере», дал ему самую лучшую характеристику. На этот раз Новиков и его друзья избежали наказания, а арестованные бумаги были возвращены из Сухаревой башни их владельцу.
Другое памятное судебное разбирательство в Сухаревой башне происходило сто лет спустя. В 1878 году через Москву проезжала в ссылку группа студентов, осужденных за причастность к народовольческому движению. На их проводах на вокзале между провожавшими московскими студентами и крестьянами-артельщиками произошла драка. Участников драки с той и другой стороны арестовали, и суд должен был происходить в судебной камере Сухаревой башни.
Все московские революционные кружки и сочувствующая им молодежь готовились к этому суду, считая его новым демаршем правительства. Н. А. Морозов, будущий шлиссельбуржец, в своих мемуарах приводит тогдашний разговор по этому поводу:
«— Мы думаем, что тут хотят устроить новое побоище. Заметь: суд назначен в зале нижнего этажа Сухаревой башни, а башня, ты знаешь, стоит на большой площади, где можно собрать тысячи народа, да и края площади сплошь заняты мелкими торговцами, очень темным народом. А со стороны полиции идет внушение и теперь, как тогда мясникам (так почему-то Морозов называет крестьян, участвовавших в драке. —
— Неужели не выдохлась еще эта старая песня?
— Еще нет. Полуграмотные и безграмотные мясники ей искренне верили, да и лабазники у Сухаревой башни поверят тоже».
Студенты, уверенные в жестоком приговоре товарищам, решили протестовать в зале суда и на площади. Они полагали, что будет новая схватка. Как средством защиты запаслись нюхательным табаком, чтобы бросать его в глаза противников, Морозов взял свой револьвер «Смит и Вессон», вооружились револьверами и некоторые из его друзей.
Суд происходил в большой низкой мрачной зале, куда набилось около восьмидесяти зрителей-студентов, остальные стояли на площади.
Морозов описывает суд:
«Мировой судья, надев свою цепь, начал вызывать одного за другим подсудимых, и они выходили и становились перед ним по очереди.
Обвиняемые студенты стали по одну сторону его стола, а несколько молодых мясников — по другую.
Судья стал задавать вопросы.
Никто из студентов не отрицал своего присутствия на проводах товарищей, а один из мясников, к нашему удивлению, даже заявил, что сожалеет о своем вмешательстве в драку, так как не знал, в чем заключается дело».
После трех часов допросов, речей обвинителя и адвоката (выступал известный Ф. Н. Плевако) судья объявил, что зачитывает приговор. Зрители-студенты перешепнулись, условившись свистеть после последнего слова приговора — и бежать на площадь.
«Судья начал важно читать бумагу, — рассказывает Морозов, — и вдруг мы все с изумлением переглянулись. Вместо многих месяцев заключения, которых мы ожидали для своих товарищей, послышались одно за другим слова
Освобожденные и назначенные явиться под арест студенты вышли на улицу, их приветствовала толпа товарищей громкими и радостными криками и поздравлениями.
Однако Морозовым владели другие чувства, о чем он честно признается в воспоминаниях: «Мягкий приговор мирового судьи разрушил для нас возможность сделать большую политическую демонстрацию, о которой понеслись бы телеграммы во все концы России и за границу. Она, по моим тогдашним представлениям, сильно способствовала бы пробуждению окружающего общества от его гражданской спячки, а для царящего произвола была бы напоминанием о неизбежном конце. А между тем я внутренне весь ликовал. Как будто мы только что одержали большую победу! Как будто бы общество уже пробудилось!»